পূর্ববর্তী 'না' উত্তরের উপর কিছুটা প্রসারিত করার জন্য, এটি কেবল কার্নেল নয়, ওএসের বাকী অংশ যা একটি বড় পার্থক্য করে। লিনাক্সের জন্য তৈরি অ্যাপ্লিকেশনগুলি একটি নির্দিষ্ট গ্রন্থাগার (কোডের বিট বিট) উপস্থিত থাকতে পারে এবং অ্যাপ্লিকেশনটি যা প্রত্যাশা করে তা করে। তারা কখনও কখনও একটি নির্দিষ্ট ফাইল সিস্টেম কাঠামো এবং অন্যান্য নির্ভরতাও আশা করে।
সমস্ত লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশনে একই লাইব্রেরি, ফাইল সিস্টেম লেআউট বা অন্য পার্থক্য থাকে না। এজন্য আপনি প্রায়শই লিনাক্স অ্যাপ্লিকেশনগুলিকে একটি স্ক্রিপ্টের সাহায্যে নিজেকে একটি সংকলনের জন্য .tar.gz ফাইল হিসাবে বিতরণ করতে দেখবেন; এটি এটিকে আরও কিছুটা ক্রস প্ল্যাটফর্ম করে তোলে।
কিছু এক্সিকিউটেবল, যেমন কমান্ড-লাইন ইউটিলিটিগুলি, অ্যান্ড্রয়েডে কাজ করার জন্য ক্রস-সংকলন করা যেতে পারে কারণ তাদের কাছে Eclipse এর মতো বৃহত জটিল অ্যাপ্লিকেশনটির মতো জটিল প্রয়োজনীয়তা নেই। অ্যান্ড্রয়েডের পক্ষে যথেষ্ট আলাদা যে এটিতে কাজ করার জন্য স্ট্যান্ডার্ড লিনাক্স জিইউআই অ্যাপ্লিকেশনগুলি সংকলনের সোজা উপায় নেই (এখনও)।