লিনাক্সে গ্রাফিকাল ইউজার ইন্টারফেস অপারেটিং সিস্টেমের একটি অংশ নয়। বেশিরভাগ লিনাক্স ডেস্কটপগুলিতে পাওয়া গ্রাফিক্যাল ইউজার ইন্টারফেসটি এক্স উইন্ডো সিস্টেম নামক সফ্টওয়্যার দ্বারা সরবরাহ করা হয় , যা স্ক্রিন, কীবোর্ড এবং পয়েন্টার ডিভাইসগুলির সাথে সম্পর্কিত একটি ডিভাইসকে স্বাধীন পদ্ধতি নির্ধারণ করে।
এক্স উইন্ডো যোগাযোগের জন্য একটি নেটওয়ার্ক প্রোটোকল সংজ্ঞায়িত করে এবং যে কোনও প্রোগ্রাম যা জানে যে এই প্রোটোকলটি কীভাবে "কথা বলতে হয়" তা ব্যবহার করতে পারে। একটা C লাইব্রেরি বলা হয় Xlib , এটি সহজ এই প্রোটোকল ব্যবহার করে তোলে যাতে Xlib ধরনের নেটিভ গুই API- টি। এক্স উইন্ডো সার্ভার অ্যাক্সেস করার একমাত্র উপায় নয় এক্সলিব; রয়েছে XCB ।
যেমন টুলকিট লাইব্রেরি জিটিকে + (দ্বারা ব্যবহৃত গনোম ) এবং কিউটি (দ্বারা ব্যবহৃত KDE দ্বারা ), Xlib উপরে নির্মিত ব্যবহৃত কারণ তারা সঙ্গে প্রোগ্রাম করা আরো সহজ হয়। উদাহরণস্বরূপ তারা আপনাকে অ্যাপ্লিকেশনগুলিতে একটি সামঞ্জস্যপূর্ণ চেহারা এবং অনুভূতি দেয়, ড্রাগ-এন্ড-ড্রপ ব্যবহার করা সহজ করে তোলে, আধুনিক ডেস্কটপ পরিবেশে উপাদানগুলির মান সরবরাহ করে ইত্যাদি so
অভ্যন্তরীণভাবে স্ক্রিনে এক্স কীভাবে আঁকবে তা বাস্তবায়নের উপর নির্ভর করে। X.org এর একটি ডিভাইস স্বতন্ত্র অংশ এবং একটি ডিভাইস নির্ভর অংশ রয়েছে। প্রাক্তন স্ক্রিনের রিসোর্স যেমন উইন্ডো পরিচালনা করে, যখন পরবর্তীকরা গ্রাফিক্স কার্ড ড্রাইভারের সাথে যোগাযোগ করে সাধারণত কার্নেল মডিউল। যোগাযোগ সরাসরি মেমরি অ্যাক্সেস বা কার্নেলের কাছে সিস্টেম কলের মাধ্যমে ঘটতে পারে । ড্রাইভার কমান্ডগুলি এমন একটি ফর্মের মধ্যে অনুবাদ করে যা কার্ডের হার্ডওয়্যার বুঝতে পারে।
২০১৩ সালের হিসাবে, ওয়েল্যান্ড নামে একটি নতুন উইন্ডো সিস্টেম ব্যবহারযোগ্য হতে শুরু করেছে এবং অনেকগুলি বিতরণ জানিয়েছে যে তারা কোনও এক সময় এটিতে স্থানান্তরিত হবে, যদিও এখনও স্পষ্ট কোনও তফসিল নেই। এই সিস্টেমটি ওপেনজিএল / ইএস এপিআই-এর উপর ভিত্তি করে, যার অর্থ ভবিষ্যতে ওপেনলএল লিনাক্সের "নেটিভ জিইআইআই এপিআই" হবে। জিটিকে + এবং কিউটি বন্দরে ওয়েল্যান্ডের কাজ চলছে, যাতে বর্তমানের জনপ্রিয় অ্যাপ্লিকেশন এবং ডেস্কটপ সিস্টেমে নূন্যতম পরিবর্তনের প্রয়োজন হয়। যে অ্যাপ্লিকেশনগুলি পোর্ট করা যায় না সেগুলি এক্স 11 সার্ভারের সাহায্যে সমর্থিত হবে, অনেকটা ওএস এক্সের মতো এক্স 11 অ্যাপ্লিকেশনগুলি এক্স কোয়ার্টজের মাধ্যমে এক্স 11 অ্যাপ্লিকেশনগুলিকে সমর্থন করে। জিটিকে + বন্দরটি এক বছরের মধ্যেই শেষ হবে বলে আশা করা হচ্ছে , যখন কিউটি 5 এর মধ্যে ইতিমধ্যে সম্পূর্ণ ওয়েল্যান্ডের সমর্থন রয়েছে।
বিষয়গুলিকে আরও জটিল করার জন্য উবুন্টু ঘোষণা করেছে যে তারা ওয়াইল্যান্ডের সাথে সমস্যার কারণে তারা মীর নামে একটি নতুন ব্যবস্থা তৈরি করছে । এই উইন্ডো সিস্টেমটি ওপেনজিএল / ইএস এপিআইয়ের উপর ভিত্তি করে।