একটি ফাইল থেকে গ্রাফ পড়তে আমার একই সমস্যা ছিল। প্রক্রিয়াকরণটিতে 200,000x200 000 ফ্লোট ম্যাট্রিক্স (একবারে এক লাইন) মেমরির সাথে খাপ খায় না এমন গণনা অন্তর্ভুক্ত ছিল। gc.collect()
সমস্যাটির স্মৃতি-সম্পর্কিত দিকটি স্থির করে কম্পিউটেশনের মধ্যে মেমরি মুক্ত করার চেষ্টা করা হয়েছিল তবে এর ফলে কর্মক্ষমতা সংক্রান্ত সমস্যা দেখা দিয়েছে: কেন জানি না তবে যদিও ব্যবহৃত মেমরির পরিমাণ স্থির ছিল, প্রতিটি নতুন কল থেকে gc.collect()
আরও কিছুটা সময় নিয়েছিল আগেরটি এত তাড়াতাড়ি আবর্জনা সংগ্রহ করা বেশিরভাগ গণনার সময় নিয়েছিল।
মেমরি এবং পারফরম্যান্স উভয় সমস্যার সমাধান করার জন্য আমি কোথাও একবার পড়েছি এমন মাল্টিথ্রেডিং ট্রিকটি ব্যবহার করতে শুরু করেছি (দুঃখিত, আমি সম্পর্কিত পোস্টটি আর খুঁজে পাচ্ছি না)। আমি ফাইলের প্রতিটি লাইন একটি বড় for
লুপে পড়ার আগে , এটি প্রক্রিয়াজাতকরণ gc.collect()
এবং মেমরির জায়গা মুক্ত করার জন্য একবার এবং একবার চালাচ্ছিলাম । এখন আমি একটি ফাংশন বলি যা একটি নতুন থ্রেডে ফাইলের একটি অংশ পড়ে এবং প্রক্রিয়া করে। থ্রেডটি শেষ হয়ে গেলে অদ্ভুত পারফরম্যান্স সমস্যা ছাড়াই মেমরিটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে মুক্ত হয় is
ব্যবহারিকভাবে এটি এর মতো কাজ করে:
from dask import delayed # this module wraps the multithreading
def f(storage, index, chunk_size): # the processing function
# read the chunk of size chunk_size starting at index in the file
# process it using data in storage if needed
# append data needed for further computations to storage
return storage
partial_result = delayed([]) # put into the delayed() the constructor for your data structure
# I personally use "delayed(nx.Graph())" since I am creating a networkx Graph
chunk_size = 100 # ideally you want this as big as possible while still enabling the computations to fit in memory
for index in range(0, len(file), chunk_size):
# we indicates to dask that we will want to apply f to the parameters partial_result, index, chunk_size
partial_result = delayed(f)(partial_result, index, chunk_size)
# no computations are done yet !
# dask will spawn a thread to run f(partial_result, index, chunk_size) once we call partial_result.compute()
# passing the previous "partial_result" variable in the parameters assures a chunk will only be processed after the previous one is done
# it also allows you to use the results of the processing of the previous chunks in the file if needed
# this launches all the computations
result = partial_result.compute()
# one thread is spawned for each "delayed" one at a time to compute its result
# dask then closes the tread, which solves the memory freeing issue
# the strange performance issue with gc.collect() is also avoided