একক অণুগুলির একটি চিত্র থেকে ডিএনএ ফাইবারের দৈর্ঘ্য পরিমাপ

Question

আমি ইমেজ প্রসেসিংয়ের সাথে খুব কম অভিজ্ঞতার সাথে একজন জীববিজ্ঞানী তবে ম্যাটল্যাব সম্পর্কে পর্যাপ্ত জ্ঞান পেয়েছি এবং ইমেজ প্রসেসিং সরঞ্জামবক্স রয়েছে। আদর্শভাবে আমি একটি ম্যাটল্যাব ভিত্তিক সমাধান খুঁজছি, তবে কীভাবে কীভাবে চলতে হবে তার রূপরেখার একটি পদ্ধতিও সহায়ক হবে।

আপডেট (২৮ নভেম্বর ২০১১) দেখা যাচ্ছে যে যৌগিক চিত্রগুলি ব্যবহার করার সময় কিছু সমস্যা রয়েছে (যেমন সংকেত এবং রঙের সংজ্ঞাতে ওভারল্যাপগুলি) (যা আমি প্রাথমিক প্রশ্নে উপস্থাপন করেছি)। আমি দুটি চ্যানেল থেকে পৃথক চিত্র সংযুক্ত করছি: সবুজ এবং লাল (যৌগিক চিত্রের ফিরোজা অঞ্চলগুলি উপেক্ষা করা যেতে পারে) এবং কপোসাইট চিত্রটি । লাল চ্যানেলটি 2 কারণে খারাপ: 1. উচ্চতর পটভূমির কারণে এটির কম বৈপরীত্য রয়েছে, ২. যেহেতু লাল ব্যাকগ্রাউন্ড স্তরে সবুজ রঙের মধ্যে রক্তক্ষরণ বলে মনে হচ্ছে।

একটি বৈশিষ্ট্যটি সংমিশ্রিত চিত্রের অঞ্চল হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে যার মধ্যে সবুজ-লাল-ফিরোজা-লাল-সবুজ রয়েছে বা সমানভাবে 2 টি সংলগ্ন লিনিয়ার অংশগুলি সবুজ এবং লাল রঙে রয়েছে যা কলিনিয়ার এবং সংক্রামক।

আমি আশা করছি যে দুটি পৃথক চ্যানেল থেকে চিত্রগুলি দেখলে বৈশিষ্ট্যগুলির সনাক্তকরণ আরও সহজ হয়ে যায়।

অ্যালগরিদমের জন্য আমার কাছে নিম্নলিখিত পরামর্শ রয়েছে:

1. প্রথমে সহ-লিনিয়ার সবুজ বিভাগগুলি চিহ্নিত করুন (এবং সবুজ বিভাগগুলির দৈর্ঘ্য নির্ধারণ করুন)

2. লাল চ্যানেলে সংলগ্ন সংক্রামক এবং কলিনিয়ার বিভাগগুলি একে অপরের দিকে মুখ করে (যেমন সবুজ-> লাল-> <-red <গ্রীন) রয়েছে তা নির্ধারণ করুন। যদি হ্যাঁ বৈশিষ্ট্যটির অন্যান্য লাল বিভাগের নিকটতম রেড সেগমেন্টের বিন্দু পর্যন্ত সবুজ বিভাগগুলি শেষ হওয়ার বিন্দু থেকে লাল বিভাগটির দৈর্ঘ্য নির্ধারণ করে (কারণ তারা সবুজ বিভাগগুলির সাথে ওভারল্যাপ করবে)। (অর্থাত্ লাল অংশের এক প্রান্তটি ওভারল্যাপিং সবুজ বিভাগের শেষের দিকে সেট করা আছে)।

অনেক ধন্যবাদ!

পটভূমি :

আমার প্রশ্নটি কোনও চিত্র থেকে বৈশিষ্ট্য আহরণের সাথে সম্পর্কিত:

মূল চিত্রটি এখানে রয়েছে:

চিত্র উদাহরণ 1 (ড্রপবক্স)

এই চিত্রটি 3 টি চ্যানেলের সংমিশ্রণ (টিফ আকারে): লাল, সবুজ এবং ফিরোজা। ফিরোজা রঙের ফাইবারগুলি কেবল আমাদের সমস্ত ডিএনএ চিহ্নিত করে যা কাভারস্লিপটিতে রয়েছে। আগ্রহের বৈশিষ্ট্য হ'ল সবুজ-লাল - ফিরোজা - একক ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের লাল-সবুজ বৈশিষ্ট্য যা চিত্রটির মাঝখানে।

লাল সাধারণত গোলমাল হয়। এই উদাহরণটি ভাল কারণ বৈসাদৃশ্যটি ভাল। তবে, কখনও কখনও চিত্রগুলি খুব সুন্দর হয় না এবং পুরো চিত্র জুড়ে রঙ থাকে, তাই সবুজ এবং লাল রঙের জন্য একটি নির্দিষ্ট আরজিবি মানকে হার্ড-কোডিং করা সমস্ত চিত্রের জন্য কাজ নাও করতে পারে। এছাড়াও, নোট করুন যে তন্তুগুলি প্রয়োজনীয়ভাবে অনুভূমিক নয়, তারা ঘোরানো হতে পারে (তবে কখনও উল্লম্ব নয়)।

উদাহরণস্বরূপ এই চিত্রটি দেখুন:

মূল চিত্রটি এখানে রয়েছে:

চিত্র উদাহরণ 2 (ড্রপবক্স)

এছাড়াও, কখনও কখনও একক চিত্রের এমন অনেকগুলি বৈশিষ্ট্য থাকে এবং কখনও কখনও একই ডিএনএ স্ট্র্যান্ডে একাধিক বৈশিষ্ট্য থাকে। অবশেষে কখনও কখনও কেবলমাত্র আংশিক বৈশিষ্ট্য থাকতে পারে (যেমন বিচ্ছিন্ন সবুজ বা বিচ্ছিন্ন লাল বা বিচ্ছিন্ন সবুজ-লাল অংশগুলি, তবে অবিবাহিত)।

প্রশ্ন:

আমি কৃতজ্ঞ হব যদি কেউ আমাকে সবুজ এবং লাল বিভাগের পৃথক বিভাগগুলির দৈর্ঘ্য পেতে সহায়তা করতে পারে যেমন আগ্রহের বৈশিষ্ট্য সবুজ-লাল - ফিরোজা - লাল-সবুজ, প্রতিটি বৈশিষ্ট্যের 5 টি মানের একটি অ্যারে থাকবে (প্রথম সবুজ বিভাগের দৈর্ঘ্য, প্রথম লাল বিভাগের দৈর্ঘ্য, ফিরোজা বিভাগের দৈর্ঘ্য, দ্বিতীয় লাল বিভাগের দৈর্ঘ্য এবং দ্বিতীয় সবুজ বিভাগের দৈর্ঘ্য)।

Comments

হ্যালো, এই প্রশ্নটি সিগন্যাল প্রসেসিংয়ে স্থানান্তরিত হতে চলেছে । আমাদের ফোকাস ইমেজ প্রসেসিং এবং অ্যালগরিদমগুলিতে রয়েছে এবং আমি আপনার প্রশ্নটি জিজ্ঞাসা করার জন্য এটি সম্পাদনা করেছি। যদিও ম্যাটল্যাবে জ্ঞানযোগ্য লোক থাকতে পারে তবে আপনি অন্যান্য ভাষায় (বা সিউডোকোড) সমাধান পেতে পারেন যা আপনাকে উত্তরের দিকে পরিচালিত করবে। আপনি যদি এখনও ম্যাটল্যাজে সমাধানটি বাস্তবায়নে আটকে থাকেন (ধরে নিলেন যে আপনি ইতিমধ্যে একটি ম্যাটল্যাব উত্তর পেয়েছেন না), অনুবাদে সহায়তা চাইতে আপনি সর্বদা স্ট্যাক ওভারফ্লোতে ফিরে আসতে পারেন।

— Lorem Ipsum

প্রথম পদক্ষেপটি প্রতিটি সিগন্যালকে তার স্বাধীন চ্যানেলে সঞ্চয় করা উচিত। হ্যাঁ, সিএফপি হ'ল ফিরোজা, তবে আপনাকে সবুজ চ্যানেল থেকে এর সংকেত আনমিক্স করা উচিত নয়।

— জোনাস

Answer 1

গণিতের উদাহরণ:

(* Get your image*)
img = Import["http://dl.dropbox.com/u/18072545/c_29.tif"];
(*Detect the extended minima and remove background*)
nB = ImageSubtract[img, ColorNegate@FillingTransform@ColorNegate[img]]  

(*Separate RGB channels*)
cS = ImageAdjust /@ ColorSeparate[img]

(*Binarize*)
bcS = Binarize[#, .4] & /@ cS  

(*Remove large elements*)
tH = TopHatTransform[#, DiskMatrix[2]] & /@ bcS  

(*Detect lines using a Hough Transform*)
lines = ImageLines[#, .01, .8] & /@ tH
(*Plot them*)
Show[img, Graphics[{
   Thickness[.01], Red, Line /@ (lines[[1]]),
   Thickness[.006], Green, Line /@ (lines[[2]]),
   Thickness[.004], Blue, Line /@ (lines[[3]])}]]
(*Red and green are superimposed*)  

সম্পাদন করা

এখানে আপনি লাল এবং সবুজ ক্লাস্টারগুলি পৃথকভাবে দেখতে পাবেন। আপনি কল্পনা করতে পারেন হিসাবে, আপনি সিদ্ধান্ত নিতে যখন কিছু অংশ লাল!

Comments

আপনার উত্তরের জন্য অনেক ধন্যবাদ। এই চিত্রটিতে কেবল একটি বৈশিষ্ট্য আছে বলে নীল রেখাটি উপস্থাপনের জন্য কী বোঝায় তা আমি পরিষ্কার নই। আপনি যে রেখায় লাল / সবুজ রঙের সুপারপোজ করেছেন সেখানে কেবল লাল এবং সবুজ বিভাগগুলির দৈর্ঘ্য পাওয়া সম্ভব ?.

— লি স্যান্ডে

@ লী অবশ্যই এটা সম্ভব! একবার আপনার হাফ রূপান্তরিত হয়ে গেলে, প্রসারণযুক্ত রেখাটি মাস্ক হিসাবে ব্যবহার করুন এবং কাছাকাছি লাল পয়েন্টগুলি পরিমাপ করুন।

— ড। বেলিসারিয়াস

@ লাই সম্পর্কে কেবলমাত্র যত্ন নেওয়ার চিন্তা আছে "রেড" এর একটি ভাল সংজ্ঞা আছে :)

— ডঃ বেলিসারিয়াস

@ লী যদি আপনার গাণিতিকের অ্যাক্সেস থাকে তবে আমি বিভাগগুলি আলাদা করার জন্য আরও কিছু কোড পোস্ট করতে পারি

— ড। বেলিসারিয়াস

আপনার প্রতিক্রিয়া জন্য অনেক ধন্যবাদ। আমি আপনার প্রতিক্রিয়া থেকে বুঝতে পেরেছি যে লাল চ্যানেলটি সমস্যাযুক্ত এবং সংলগ্ন সবুজ বিভাগে ওভারল্যাপিং সংকেতটি কেটে যেতে হবে। আমি সমস্যাটি আপডেট করেছি - আপনি কি দয়া করে একবার দেখুন এবং তা বোঝাতে পেরেছেন?

— লি স্যান্ডে