পার্ল কেন বায়োইনফরম্যাটিকসে এত বেশি ভারী ব্যবহার হয়? [বন্ধ]


14

পার্ল সম্পর্কে এটি কী যা এটি বায়োইনফর্ম্যাটিকসে এত দরকারী করে? কেন সি ++ বা মতলব বা পাইথন বড় ভাষা নয়?

উত্তর:


13

কী পার্ল বায়োইনফরমেটিকসের জন্য এতটাই দরকারী করে তোলে যে 1) এটি তুলনামূলকভাবে সহজ ভাষা শেখার জন্য, 2) প্রচুর প্রাক-বিদ্যমান স্ক্রিপ্টগুলি বায়োপারল এবং 3 সহ ব্যবহার করার সম্ভাবনা রয়েছে) আপনি যে ল্যাবটিতে কাজ করছেন তা শত শত স্ক্রিপ্ট এবং মডিউল রয়েছে chan , ইতিমধ্যে পার্ল লিখিত।

প্রোগ্রামারের স্তরটি ভাষার পছন্দ নিয়ে কম কাজ করে, তারপরে তার কাছে জিজ্ঞাসিত কাজগুলি। যে কোনও উন্নত বা গণনার ব্যয়বহুল কাজ সাধারণত জাভা বা সি-তে লেখা থাকে এবং একটি ক্লাস্টারে চালিত হয়।

বায়োইনফরম্যাটিকস সম্পর্কে একটি বিষয় বুঝতে হবে, তা হ'ল এটি একটি বিবিধ ক্ষেত্র, যারা এটি অনুশীলন করে তাদের উপর বিবিধ কাজ জিজ্ঞাসা করা হয়। পার্ল, আর এবং জাভা একদিনে ব্যবহার করা আমার পক্ষে অস্বাভাবিক নয়। স্ক্রিপ্টিং স্টাফ, পারফরম্যান্স ফাইল, জিনিসগুলি ডাউনলোড করা, কিছু প্রাথমিক তথ্য বিশ্লেষণ ইত্যাদির জন্য পার্ল, ডেটা ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য আর, এবং অ্যালগরিদমিক গণনার জন্য জাভা / অ্যাপ্লিকেশনগুলির সাথে কাজ করা এবং সংশোধন করা। বলা হচ্ছে, বেশিরভাগ কাজগুলির জন্য আমি পার্লের ব্যবহার প্রয়োজন, তবে আমি রুবিতে স্যুইচ করতে চাই, কারণ এটিতে আরও উন্নত ফাংশন, ল্যাম্বডাস এবং প্রাকস রয়েছে যা আরও সংক্ষিপ্ত কোডের দিকে নিয়ে যেতে পারে এবং পুরোপুরি অবজেক্ট ওরিয়েন্টেড।


1
আপনাকে স্বাগতম আপনার যদি আরও কোনও প্রশ্ন থাকে বা আপনি মাঠে নামার কথা ভাবছেন তবে এখানে আরও একটি প্রতিক্রিয়া যা আপনাকে সাহায্য করতে পারে।
wespiserA


24

পার্লের সহজাত গুণাবলী বাদে এর একটি অংশ হ'ল ইতিহাস। হিউম্যান জিনোম প্রকল্পের কারণে শতাব্দীর শুরুতে বায়োইনফরম্যাটিক্সের একটি বড় বিস্তৃতি ছিল। সেই সময় পার্ল সাধারণ ব্যবহারের মধ্যে সর্বাধিক জনপ্রিয় স্ক্রিপ্টিং ভাষা ছিল । রুবি এবং পাইথন অবশ্যই আশেপাশে ছিলেন তবে আজকের দিনে তারা সমর্থন / মনের প্রায় ভাগীদারিত্ব পায় নি। এটি পার্লকে মাঠে প্রচুর গতি দিয়েছে।

আমি মনে করি বায়োইনফরম্যাটিকসে পার্লের ব্যবহার হ্রাস পাচ্ছে এবং আর জনপ্রিয়তার সাথে দ্রুত বৃদ্ধি পাচ্ছে। তবে যে নামটি আপনার নামকরণ করতে আগ্রহী, আপনি সম্ভবত এটি ব্যবহার করে বায়োইনফরম্যাটিক ল্যাব খুঁজে পেতে পারেন।


2
একমত। আমার একটি নিবন্ধ মনে আছে, আমি ডক ডবস বা 90 এর দশকের মাঝামাঝি "হাউ পার্ল হিউম্যান জিনোম প্রজেক্টকে কীভাবে বাঁচিয়েছি" শিরোনামযুক্ত বা এর খুব কাছের কিছু হিসাবে বিশ্বাস করি something আমি প্রায় 10 বছর ধরে বায়োইনফরম্যাটিক্স স্পেসে কাজ করেছি এবং এখনও পার্ল ব্যবহার করে এমন কারও মুখোমুখি হতে পারি নি। এটি বেশিরভাগ ক্ষেত্রেই কম পরিমাণ মতলব এবং পাইথন সহ আর।
জিওফজেন্ট্রি

6
এটি আর এর মতো নয় পার্লকে প্রতিস্থাপন করতে চলেছে। আর গবেষণামূলক তথ্যের জন্য ডেটা বিশ্লেষণ / ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য আর ব্যবহৃত হয়। সাধারণ স্ক্রিপ্টিংয়ের কাজগুলি এখনও পার্ল দিয়ে সম্পন্ন হবে।
wespiserA

+1: এছাড়াও, মনে হয় যে জাপানিরা এখনও পাইথন বা রুবির তুলনায় অনেক বেশি পার্ল ব্যবহার করেন (আমি যে জাপানি নিয়োগকারীদের সাথে চ্যাট করি) তার চেয়ে বেশি প্রভাব ফেলতে পারে, প্রযুক্তিগুলি জাপানের গবেষণার সাথে জড়িত ছিল, যেমন বায়োইনফর্মেটিকের মতো যেখানে তারা আমেরিকার সাথে নেতা?
ক্লাইম

@ জিওফজেন্ট্রি: আমি পার্লে বেশ কিছু প্রক্রিয়াজাতকরণ দেখেছি, যদিও আমার মাঠে 10 বছর নেই (2, এখনও অবধি, কয়েক বছর আগে কিছু সংক্ষিপ্ত অভিজ্ঞতা)। আর, তবে রাজা যখন গাণিতিক গণনাগুলি প্রত্যাশিত হয় (বড় ডেটাসেটের পরিসংখ্যান বিশ্লেষণ মনে আসে) এবং ভাল ভিজ্যুয়ালাইজেশন তৈরি করতে (আসলে অনেকগুলি সমাধান কেবল তাদের নিজস্ব রোল করার চেয়ে আর ইঞ্জিনের সাথে সংহত করতে পছন্দ করে)।
হাইলেম

যে আট বছরের মধ্যে আমি লিখেছিলাম যে আমাকে আমার বিবৃতিটি পুনরায় পাঠাতে হবে, আমি এখন পার্ল ব্যবহার করতে দেখেছি :)। এই ক্ষেত্রে যদিও এটি এখনও historicalতিহাসিক প্রকৃতির বলে মনে হচ্ছে - পুরানো কোড বা এমন কেউ যিনি পার্ল ব্যবহার করে দাঁত কাটেন এবং কেবল এটির সাথে আটকে থাকেন। আমার নতুন কাজের বেশিরভাগ গণ্য জীববিজ্ঞানী পাইথন এবং আর এর কিছু মিশ্রণ (ব্যক্তির উপর নির্ভর করে) ব্যবহার করেন, কিছু মাতলাব নিক্ষেপ করে এবং উল্লিখিত পার্ল দিয়ে।
জিওফজেন্ট্রি

10

আমি এখানে একটি উত্তর যুক্ত করতে যাচ্ছি কারণ আমি মনে করি তাদের অনেকগুলি একটি মূল বিষয় মিস করেছে ...

পার্ল বায়ো ইনফরম্যাটিকসে জনপ্রিয় কারণ এটি মূলত একটি পাঠ্য-প্রক্রিয়াকরণ ভাষা

পাঠ্য রাজা

পার্ল এটি সহজ করে তোলে:

  • এনএলপি এবং বায়ো-ইনফরম্যাটিকস অ্যালগরিদমগুলি প্রয়োগ করুন,
  • পাঠ্য ডেটা উত্তোলন,
  • পাঠ্য ডেটা উত্পন্ন।

ভাষাটি (অর্ধেক) খারাপ নয়

এটির সুবিধাও রয়েছে:

  • একটি শালীন মত প্রকাশ ,
  • তুলনামূলকভাবে কম শিক্ষার বক্ররেখা (আপনার সমস্ত কৌশল এবং হ্যাকগুলি আবিষ্কার না করা অবধি) ,
  • কিন্তু একটি শালীন পারফরম্যান্স

যদিও এটি সি সমতুল্য হিসাবে দ্রুত চলমান প্রসেসিং প্রোগ্রামগুলি তৈরি করতে দেয় না, বিকাশের সময় অনেকটা নিকৃষ্ট হয় এবং পাঠ্য প্রক্রিয়াকরণের ক্ষেত্রে এটি ব্যাটারি অন্তর্ভুক্ত থাকে ( শক্তিশালী নিয়মিত প্রকাশ , যে কেউ?), সুতরাং এটি সহজ করে তোলে এই কাজগুলি সমাধান করতে একটি ল্যাব প্রসঙ্গে বেছে নিতে এবং ব্যবহার করতে।

বহনযোগ্যতা এবং এক্সটেনসিবিলিটি সহজ করে তোলে

এছাড়াও, এটি স্পষ্টতই:

  • হয় অনেক প্ল্যাটফর্ম জুড়ে পোর্টেবল ,
  • এক্সটেনশনের খুব বড় লাইব্রেরি সহ আসে ।

তবে পার্লের জন্য প্রথমদিকে অনেকগুলি বায়োইনফরম্যাটিকস (এবং সাধারণভাবে বৈজ্ঞানিক) এক্সটেনশন এবং মডিউল থাকার কারণটি উপরে বর্ণিত কারণগুলির কারণে। অনেক বড় ক্ষেত্রে, ভাষার নকশা এবং দক্ষতা এটিকে কাজের জন্য একেবারে নিখুঁত ফিট করে তোলে (অনেকগুলি সম্ভাব্য অভিযোগ সত্ত্বেও যে কেউ এর বিরুদ্ধে রাখতে পারে)।


এই সমস্ত পার্ল বৈজ্ঞানিক গবেষণার জন্য একটি ভাল প্রতিযোগী করে তোলে, বিশেষত ক্ষেত্রগুলিতে যেখানে প্রক্রিয়া করার ডেটা বেশিরভাগ ক্ষেত্রে পাঠ্য বিন্যাসে থাকে।

অবশ্যই, অন্যান্য ভাষাগুলি উত্থিত হয়েছে এবং বিভিন্ন কারণে মার্কেট শেয়ারের দাবি করেছে (বর্ধিত ভাব, ভাল পাঠযোগ্যতা, স্পষ্টভাবে অস্পষ্ট হ্যাক এবং গুরু-ইশ ওয়ান লাইনারগুলি এড়ানো ...) তবে তারা এখনও পার্লের সাথে নির্দিষ্ট দিকগুলির প্রতিযোগিতা করে (রুবি হ'ল ডেটা প্রক্রিয়া করা যেমন ধীর, তত দ্রুত শিখুন)। সুতরাং, বায়োইনফরম্যাটিকসের ডোমেনে (বা এনএলপি) যেখানে আপনি পাঠ্য বিন্যাসগুলি, দ্রুত গবেষণা চক্র এবং আরও অনেক বেশি বড় ডেটা ব্যবহার করেন যা বড় হতে থাকে (আপনাকে ধন্যবাদ, জিনোমিক্স এবং এনজিএস), পার্ল এখনও খুব প্রাসঙ্গিক।


প্রকৃতপক্ষে, কেবল ম্যাপেল_শ্যাফ্ট , চার্লস এবং জিওফজেন্ট্রির মন্তব্যগুলি লক্ষ্য করা গেছে, যা নিয়মিত প্রকাশের গুরুত্বকেও উল্লেখ করেছে, তাই সকলেই এটিকে উপেক্ষা করে না। :)


6

বায়োইনফরম্যাটিকসে পার্লের জনপ্রিয়তার পিছনে অন্যতম বড় কারণ হ'ল প্রাসঙ্গিক ডেটা নিয়ে কাজ করার জন্য মডিউলগুলির একটি বিস্তৃত সেট বায়োপার্ল

এটা তোলে দেখে মনে হচ্ছে মডিউল অধিকাংশ আসলে অন্যান্য প্রোগ্রামের দ্বারা উৎপন্ন তথ্য দিয়ে কাজ করা হয়। পার্ল সর্বোপরি দুর্দান্ত প্রতিবেদনের নালী টেপ তৈরি করে।


5

সরঞ্জামগুলি অপারেটরদের দক্ষতার স্তর এবং গ্রহণযোগ্যতার স্বাচ্ছন্দ্য দ্বারা নির্বাচিত হয় - একটি সংকলিত প্রোগ্রাম বা আইডিইতে একটি সহজ ব্যাখ্যামূলক ভাষাকে ছাড়িয়ে যেতে সময় লাগে।

পার্লের কয়েকটি সিরিয়াস চপস, সিরিয়াস ডকুমেন্টেশন, সিরিয়াস লাইব্রেরি এবং বিস্তৃত বিনামূল্যে উপলভ্যতা রয়েছে। এর কোনটিই পছন্দ না করে কি?


2

পার্লের সমস্ত ভাষার একই ক্ষমতা, ডেটা গঠন এবং অন্যান্য ভাষার পদ্ধতি এবং এরপরে সর্বাধিক শেখা সহজ। প্রোগ্রামিং নিয়ে খুব অভিজ্ঞ নয় এমন গবেষকরা এবং বিজ্ঞানীদের পক্ষে এটি ভাল, কারণ তারা সহজেই পার্ল বাছাই করতে এবং তাদের পছন্দসই কাজটি সম্পাদন করতে পারে

উপরন্তু:

প্রচুর অনলাইন সমর্থন এবং ফ্রি স্ক্রিপ্ট পাওয়া যায় যা স্পষ্টভাবে সুবিধাজনক! =)

সংক্ষেপে, বেশিরভাগ বিজ্ঞানী এবং গবেষক কেবলমাত্র কাজটি করতে চান এবং যত তাড়াতাড়ি সম্ভব সম্পন্ন করতে চান এবং পার্ল এটির জন্য উপযুক্ত উপযুক্ত

আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.