একজন পর্যালোচক হিসাবে, আমি কী জার্নালটি না করলেও ডেটা এবং কোডের অনুরোধের ন্যায্যতা প্রমাণ করতে পারি?

Question

বিজ্ঞানকে অবশ্যই পুনরুত্পাদনযোগ্য হতে হবে, সংজ্ঞা অনুসারে, ক্রমবর্ধমান স্বীকৃতি রয়েছে যে ডেটা এবং কোড ভাগ করে নেওয়ার জন্য ইয়েল রাউন্ডটেবল দ্বারা আলোচিত হিসাবে ডেটা এবং কোড পুনরুত্পাদনীয়তার একটি প্রয়োজনীয় উপাদান ।

এমন একটি জার্নালের জন্য একটি পান্ডুলিপি পর্যালোচনা করার জন্য যাতে ডেটা এবং কোড ভাগ করে নেওয়া দরকার হয় না, আমি কী ডেটা এবং কোড উপলব্ধ করার জন্য অনুরোধ করতে পারি?

1. পর্যালোচনার সময় আমার কাছে
2. প্রকাশের সময় প্রকাশ্যে (জার্নাল পরিপূরক সমর্থন করে)

এছাড়াও, আমি কীভাবে অনুরোধটির বাক্যটি পারি?

---

আপডেট : যদিও আমি সাধারণ ক্ষেত্রে আগ্রহী, এই বিশেষ কেসটি পূর্বে প্রকাশিত সমস্ত ডেটা সহ একটি মেটা-বিশ্লেষণ নিয়ে গঠিত এবং কোডটি এসএএস-এ সহজ লিনিয়ার মডেলগুলি রয়েছে

সাইড নোট ক্রস-স্টাডি অনুমান করার ক্ষমতা (মেটা-বিশ্লেষণের লক্ষ্য হিসাবে) আরও বাড়ানো হবে যদি আরও গবেষণাগুলি কাঁচা তথ্য সরবরাহ করে

আপডেট 2 :

আমি সম্পাদকের কাছ থেকে পর্যালোচনার উদ্দেশ্যে ডেটা এবং কোডের জন্য অনুরোধ করেছি, সম্পাদক অনুরোধটি যুক্তিসঙ্গত বলে বিবেচনা করেছেন এবং আমি অনুরোধ করা উপাদানটি (যথেষ্ট তবে ক্রিপ্টিক ভেরিয়েবলের নাম, কোনও মেটাডেটা এবং কয়েকটি ইনলাইন মন্তব্য সহ) পেয়েছি।

Comments

ব্যক্তিগতভাবে, আমি কোড বেশ ঠিক যে কোনও পরিস্থিতিতে ঠিক আছে। ডেটা অন্য সমস্যা। এটি ইতিমধ্যে সর্বজনীনভাবে উপলব্ধ না হলে আমার সম্ভবত এটি কারও সাথে ভাগ করার অনুমতি থাকবে না। আমি সন্দেহ করি এটি অনেক ক্ষেত্রে ডেটা অনুরোধকে অযৌক্তিক করে তোলে।

— অ্যান্ডি ডব্লিউ

এটিকে আপনার সহযোগী সম্পাদক বা সম্পাদকের সাথে আলোচনা করা উচিত বলে মনে হচ্ছে। যদি তারা তাদের কাজটি করে চলেছে তবে তাদের উচিত আপনাকে গাইডেন্স সরবরাহ করতে সক্ষম হওয়া এবং সম্ভবত এই জাতীয় কোনও অনুরোধের জন্য লেখকদের যোগাযোগের পয়েন্ট হিসাবে কাজ করা উচিত।

— কার্ডিনাল

আমার কাছে মনে হয় যে উদাহরণ এবং পরবর্তী আলোচনার অনেকগুলি উপাখ্যানিক পরিস্থিতিতে ভিত্তি করে রয়েছে যা শৃঙ্খলা অনুযায়ী এবং আমরা কোন ডেটা নিয়ে কথা বলছি তার মতে প্রচুর পরিমাণে পরিবর্তিত হতে পারে। অবশ্যই কিছু পরিস্থিতি ডেটা ছড়িয়ে দেওয়ার পক্ষে পুরোপুরি যুক্তিসঙ্গত বলে মনে হয় তবে এটি অবশ্যই সমস্ত পরিস্থিতির বৈশিষ্ট্যযুক্ত নয়। এই প্রশ্নটি খুব দ্রুত ভাড়াতে পরিণত হচ্ছে!

— অ্যান্ডি ডাব্লু

@ আপনি কীভাবে কোনও অভিজাত থেকে দূরে সরে যেতে পারেন সে সম্পর্কে কোনও পরামর্শ? যেমন ও.পি.তে তৈরি করা উচিত বা উত্তরে সম্পাদনা করা উচিত (এটি সর্বোপরি সিডাব্লু)।

— আবে

আমি মনে করি এই ফর্মটির একটি নির্বাচন পক্ষপাত রয়েছে :-)। আমাদের বেশিরভাগ এখানে রয়েছেন কারণ আমাদের বেশিরভাগই কোনও উপায়ে ওপি আইডিয়া সমর্থন করে।

— suncoolsu

Answer 1

পর্যালোচক হিসাবে যতটা তথ্য পাওয়া যায় ততই আপনার পর্যালোচনাটি সঠিকভাবে সম্পন্ন করার প্রয়োজন হলে আপনি এটির অধিকারী হবেন। আরও পর্যালোচকদের ডেটা চাইতে এবং এটি মূল্যায়ন করা উচিত। প্রচুর জার্নালের নীতিমালা রয়েছে যেগুলি তাদের পর্যালোচনার উদ্দেশ্যে ডেটা এবং বিশ্লেষণ কোডের প্রয়োজন হতে পারে।

প্রকাশের সময় উপলভ্যতা আমার কাছে পরিষ্কার নয়। দেখে মনে হচ্ছে আপনি বলছেন যে আপনি এই সমস্যাটিকে জোর করে চাপিয়ে দিতে চান যে ডেটা প্রকাশের শর্ত হিসাবে ডেটা প্রকাশ্যে উপলব্ধ করা উচিত। এটি ইতিমধ্যে জার্নাল নীতি না হলে এটি একটি খারাপ ধারণা। আপনি প্রকাশনাকে অন্যায্য চলমান লক্ষ্য হিসাবে পরিণত করছেন। তারা এই প্রত্যাশা জমা দিয়েছিল যে কোনও প্রয়োজন হবে না এবং আপনার বা সম্পাদককে গেমটি পরিবর্তন করা উচিত।

বহু গবেষককে প্রকাশ্যে অর্থায়ন করা গবেষকদের অজানা, তাদের তাদের ডেটা সর্বজনীনভাবে উপলব্ধ করা প্রয়োজন। উদাহরণস্বরূপ, বেশিরভাগ এনআইএইচ অনুদানের এমন ধারা রয়েছে যেখানে গবেষককে অবশ্যই তাদের ডেটা নিয়ে আগমন করা উচিত। বেশিরভাগ সরকারী মঞ্জুরিপ্রাপ্ত সংস্থাগুলির ডেটা শেয়ারিং ক্লজ রয়েছে যা গবেষকরা যা খুঁজে পান তা ভাগ করে নিতে বাধ্য করে (সম্ভবত বলটি কিছুটা শক্তিশালী যে, এর চেয়ে অনুদান হারাতে খুব কঠিন ... সম্ভবত পুনর্নবীকরণ হারাতে হবে)। জনগণ তথ্যের জন্য অর্থ প্রদান করে, সুতরাং জনসাধারণ এটির অধিকারী --- মানব গবেষণার ক্ষেত্রে এটি বেনামে প্রাপ্য।

সংগ্রহ করার জন্য কিছু ব্যয়বহুল এবং সংবেদনশীল ডেটা, হিউম্যান এফএমআরআই ডেটা, কিছু সর্বাধিক সাধারণভাবে প্রকাশ্যে উপলব্ধ। শুধু পিএলওএস নয়, ক্ষেত্রের বড় বড় জার্নালগুলির জন্য ডেটা জমা দেওয়ার প্রয়োজন এবং একটি সর্বজনীনভাবে উপলব্ধ ডেটা ব্যাংক বজায় রাখা দরকার। আমি মনে করি যে লোকেরা ব্যয়ের কারণগুলি (এটি অত্যন্ত ব্যয়বহুল) এবং গোপনীয়তা (এটি ছোট গবেষণা থেকে মানুষের ডেটা এবং কখনও কখনও অনন্য ক্লিনিকাল জনসংখ্যা যা খুব সংবেদনশীল হতে পারে) এর পক্ষে অনেক কিছু বলে। এই কারণগুলি সেই তথ্যগুলি জনসাধারণের জন্য আরও মূল্যবান করে তোলে। যারা গবেষকরা এই জাতীয় ডেটা আটকে রাখেন তারা যে সমস্ত লোকেরা (প্রত্যেককে) কিনেছিলেন তাদের প্রতিবাদ করে চলেছেন এবং তাদের সামান্য ল্যাব এবং প্রকাশনা প্রতিযোগিতার বাইরে কী কী দায়বদ্ধতার দায় রয়েছে তার একটি পাঠের প্রয়োজন রয়েছে।

যদি গবেষণাটি ব্যক্তিগতভাবে অর্থায়িত হয়, প্রকৃতপক্ষে ব্যক্তিগতভাবে অর্থায়ন করা হয়, তবে শুভকামনা রইল।

Comments

এর মধ্যে যা রয়েছে তার বেশিরভাগের সাথে আমি একমত - সাধারণত অন্যান্য যোগ্য গবেষকদের কাছে - এনআইএইচ অর্থায়িত অনুদান এবং এর মতো অন্যান্য ক্ষেত্রে ডেটা প্রকাশ করার প্রয়োজনীয়তা রয়েছে। তবে আমি মনে করি এটি প্রকাশনার জন্য অ্যাডহক প্রয়োজনে প্রসারিত করা কোনও পর্যালোচকের ভূমিকাকে ছাড়িয়ে যায়।

— ফমাইট

(+1) চিন্তাভাবনা করা, ভাল-জবাবযুক্ত উত্তর। একটি বিষয় মনে রাখবেন যে এই সাইটে মোটামুটি আন্তর্জাতিক শ্রোতা রয়েছে। আমি আশাবাদী যে আরও গবেষকরা তাদের গবেষণা এবং উপাত্তগুলির জন্য সম্মিলিত দৃষ্টিভঙ্গি গ্রহণ করবেন এমনকি এনআইএইচ বা অন্য কোনও সংগঠন যদি তাদের হাত দুটো মোচড় না করে।

— কার্ডিনাল

এপিগ্রাড, যদি এটি উত্তর থেকে পরিষ্কার না হয় তবে আমি মনে করি যে প্রকাশনাটির জন্য অ্যাড-হকের প্রয়োজনীয়তা তৈরি করা কেবল পর্যালোচকের সীমানাকে ছাড়িয়ে যায়নি, তবে সম্পাদককেও ছাড়িয়ে গেছে।

— জন

মূল, প্রশংসার জন্য ধন্যবাদ। পাশাপাশি অনুস্মারকটির জন্য ধন্যবাদ। আমি মনে করি যে সাইটটি আন্তর্জাতিক। এনআইএইচ যত বড়, এটি আমার দেশে নেই। ;)

— জন

@John। হ্যাঁ - আমি আপনার সাথে একমত হওয়ার

— সময়ই

Answer 2

দুটি পরিস্থিতিকে পৃথকভাবে সম্বোধন করা:

একজন পর্যালোচক হিসাবে: হ্যাঁ, আমি মনে করি আপনার কাছে ডেটা বা কোড দেখার জন্য কোনও ভিত্তি আছে। তবে আমি যদি আপনি হয়ে থাকি তবে আমি পেয়ারড কোড, বা ডেটা সাবমাইলের মতো জিনিসগুলি দেখতে প্রস্তুত করতাম। লোকেরা ভবিষ্যতে গবেষণাটি তাদের কোডগুলিতে এই কাগজে সর্বদা প্রকাশিত হয় না এবং আপনার কাছে কোডটির কোনও অধিকার নেই। যেহেতু আমি বেশিরভাগ বায়োমেডিকাল গবেষণা করি, তাই আমি বেশ কয়েকটি নিষেধাজ্ঞামূলক ডেটা ব্যবহারের চুক্তিগুলি মোকাবেলা করতেও প্রস্তুত থাকি।

জার্নালে নিজেই: না। কোনও গবেষক যদি আমার ফলাফলগুলি পুনঃপ্রবর্তন করতে চান, তবে তারা কোড জানতে চাইলে তারা আমার কাছে যেতে পারেন - এজন্য আমাদের সংশ্লিষ্ট লেখক রয়েছে। তথ্য জন্য, একেবারে না, কোনও পরিস্থিতিতে। আমার ডেটা আইআরবি এবং গোপনীয়তা চুক্তি দ্বারা পরিচালিত হয় - এটি কেবল সর্বজনীন করা হবে না। যদি আমি চাইএকটি পাবলিক-ইশ ডেটা সেট, আমি একই জাতীয় বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে একটি ডেটাসেট সিমুলেট করতে পারি (যেমন আর এর জন্য একটি নেটওয়ার্ক প্যাকেজগুলির মধ্যে "ফক্স-মেসা" নেটওয়ার্ক ডেটা উপলব্ধ), তবে একটি পর্যালোচক হিসাবে, আপনাকে জোর করার কোনও কল আসেনি force । যদি এটি একটি জার্নাল-বিস্তৃত প্রয়োজন হয়, তবে লেখকরা জানতেন যে এটি জমা দেওয়ার সময় তাদের ডেটা / কোডটি সর্বজনীন হবে, তবে যদি তা না হয় তবে। আপনার ভূমিকা হ'ল কাগজের মান নিজেই মূল্যায়ন করা (অতএব পর্যালোচনার উদ্দেশ্যে এটির সাথে আমার ঠিকঠাক হচ্ছে), মূলত দার্শনিক / রাজনৈতিক বিষয়টিকে চাপ দেওয়ার জন্য কাগজের গ্রহণযোগ্যতা / প্রত্যাখ্যানে অবদান রাখার আপনার দক্ষতা ব্যবহার করবেন না জার্নালের সুযোগ বাইরে।

সর্বোপরি, আমি আপনার মন্তব্যে "আমি লেখকদের তাদের কোড এবং ডেটা, যেখানে সম্ভব সেখানে উপলব্ধ করার জন্য দৃ strongly়ভাবে অনুরোধ করব", তবে আমি এটির চেয়ে শক্তিশালী কোনও শব্দ বলব না, এবং আমি এটিতে রাখব না "এই দিনের আলো দেখার আগে যে জিনিসগুলি আমার কাছে ফিক্সিংয়ের প্রয়োজন বলে মনে হয় তার আনুষ্ঠানিক তালিকা"।

Comments

আপনার সম্পাদনাগুলি কেবলমাত্র খেয়াল করেছেন: এই ক্ষেত্রে, যতক্ষণ কাগজ সম্পর্কিত, উত্তর হিসাবে আসলেই একটি শক্তিশালী 'না' - ধরে নেওয়া কাগজটির উদ্ধৃতিচিহ্ন রয়েছে। যদি অনুরোধের বিন্দুটি 'পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণা' হয় এবং ডেটা প্রকাশ্যভাবে সন্ধানযোগ্য হয়, তবে কোনও গবেষক অনুসন্ধানগুলি নিশ্চিত করতে চাইলে এটি নিজে করতে না পারার কোনও কারণ নেই। তদুপরি, যদি বিষয়টি প্রকৃত পক্ষে বিজ্ঞানের মূল্যায়ন করা হয় তবে কেবল আপনি যে "রান" ক্লিক করতে পারেন এবং একই ফলাফল পেতে পারেন তার চেয়ে বরং আপনি নিজেই সাক্ষরতায় অনুসন্ধান এবং বিমূর্তি প্রক্রিয়াটি চালিয়ে যাওয়া একটি ফলাফল যাচাইয়ের অংশ।

— ফোমাইট

গবেষণামূলক প্রজননযোগ্য হতে, বিশ্লেষণে ব্যবহৃত কোড এবং ডেটা সংস্করণ উপলব্ধ করা উচিত, এবং বিশ্লেষণে ব্যবহৃত কোড প্রত্যাশিত হবে না (বা প্রয়োজনীয়ভাবে প্রাসঙ্গিক)।

— ডেভিড লেবাউর

@EpiGrad: কিছু পর্যায়ে, আমি বেশ এই শক্তিশালী সাথে একমত নই কোন । কিথ ব্যাগারলি ইদানীং এই বিষয়ে প্রচার করেছেন এবং কিছু আকর্ষণীয় পর্যবেক্ষণ করেছেন। দেখুন, উদাহরণস্বরূপ, কা Baggerly এবং কে আর Coombes, সেল লাইন থেকে chemosensitivity আহরিত: ফরেনসিক বায়োইনফরম্যাটিক্স ও উচ্চ থ্রুপুট জীববিদ্যা পুনরায় উত্পাদন গবেষণা , অ্যান। Appl। তাত্ক্ষণিকবাজার। , খণ্ড 3, নং। 4, পিপি। 1309-1334। একটি আর্কসিভ সংস্করণও রয়েছে ।

— কার্ডিনাল

আমি খুব কম অনুদানের তহবিল অনুসন্ধানকারীদের জানি যাদের আইআরবি এবং গোপনীয়তার সমস্যা রয়েছে যা সঠিকভাবে বেনামে তথ্য প্রকাশের ক্ষেত্রে সত্যিকার অর্থেই সীমাবদ্ধ করে। আপনি যদি এই পরিস্থিতিতে থাকেন তবে এটি খুব বিরল ঘটনা।

— জন

@EpiGrad আমিও শক্তিশালী প্রশ্ন কোন । একটি মেটা-বিশ্লেষণে কাঁচা তথ্য থেকে প্রাপ্ত মেট্রিকের জন্য যে পদ্ধতিগুলি ব্যবহার করা হত সেগুলির জন্য প্রায়শই একটি পৃথক গবেষণার স্তরে ঘটে যাওয়া পদ্ধতি এবং ব্যাখ্যার পার্থক্যের সাথে সম্পর্কিত অনুমানের একটি বড় স্যুট প্রয়োজন। এই ক্ষেত্রে, 200 টিরও বেশি অধ্যয়ন প্রতিনিধিত্ব করা হয়েছে, সুতরাং ডেটা সেটটি পুনর্গঠনের জন্য প্রয়োজনীয় সময়টি নিষিদ্ধ হতে পারে - এবং শেষ পর্যন্ত বিজ্ঞানের অগ্রগতির চূড়ান্ত লক্ষ্যকে বাধা দেয়।

— ডেভিড লেবাউর

Answer 3

জন যেমন বলেছিলেন যে পর্যালোচকদের কাছে ডেটা প্রাপ্যতা হ'ল নন-ব্রেইনার হতে হবে; সতর্ক পর্যালোচনা বিশ্লেষণের প্রতিলিপি অন্তর্ভুক্ত করা উচিত এবং যেমন তথ্য অ্যাক্সেস প্রয়োজন।

নিম্নলিখিত প্রকাশের পরে ডেটা জনসাধারণের প্রাপ্যতার ক্ষেত্রে, আমি বলতে পারি যে জার্নালের সাথে একটি নির্দিষ্ট জমা দেওয়ার ক্ষেত্রে সাধারণত যুদ্ধ করা উচিত।

আরও সাধারণ নোটে, তহবিল সংস্থাগুলি এবং আইআরবিগুলি ক্রমবর্ধমানভাবে সচেতন হচ্ছে যে তথ্য ভাগ করে নেওয়া বৈজ্ঞানিকভাবে এবং নৈতিকভাবে গবেষণার জন্য প্রয়োজনীয় উপাদান উভয়ই। পুনরায় বিশ্লেষণের জন্য প্রাপ্যতা বৃদ্ধি করে যা সঠিক ভ্রান্ত প্রতিবেদনের নতুন ফলাফল অর্জন করতে পারে, তথ্য ভাগ করে নেওয়ার ফলে গবেষণার সম্ভাব্য সুবিধাগুলি বৃদ্ধি পায় এবং এরপরে গবেষণার অংশগ্রহণকারীদের সুবিধার্থে ব্যয় / উপকারের ট্রেড অফকে সংশোধন করে। অবশ্যই অংশগ্রহণকারীদের তাদের ডেটা ভাগ করার সম্ভাবনা সম্পর্কে অবহিত করা প্রয়োজন, এবং অংশগ্রহণকারীদের সনাক্তকরণের বর্ধিত ঝুঁকি রোধ করার জন্য সুরক্ষা ব্যবস্থা স্থাপন করাও প্রয়োজনীয়, তবে বেশিরভাগ পরিস্থিতিতে এগুলি অর্জন করা যেতে পারে। আমার নিজস্ব গবেষণায়, আমি অংশগ্রহণকারীদের (এবং আমার আইআরবি) আশ্বাস দিচ্ছি যে (1) ডেটা একটি শক্তিশালী এনক্রিপ্ট করা ফর্ম্যাটে (ডিক্রিপশন প্রযুক্তি অগ্রযাত্রা হিসাবে আপডেট করা) সংরক্ষণ করা হবে,

Answer 4

এটির সাথে আমার কোনও অভিজ্ঞতা নেই তবে আমার কাছে মনে হচ্ছে আপনি তাদের ফলাফল পর্যালোচনা করার ক্ষেত্রে যথাযথ পরিশ্রমের অংশ হিসাবে আপনি # 1 টিতে জিদ করতে সক্ষম হবেন। যদিও আপনি # 2 তে জোর দিতে পারেন তা আমি দেখছি না।