জিন তালিকাগুলি সমৃদ্ধ করার জন্য কোন পরিসংখ্যানের পরীক্ষা ব্যবহার করতে হবে?

Question

আমি নির্দিষ্ট ডিএনএ ক্ষতিগ্রস্থ এজেন্টের সেলুলার সংবেদনশীলতা পরীক্ষা করার জন্য একটি পরীক্ষা করেছি। আমরা 270 জিন খুঁজে পেয়েছি যেগুলি ড্রাগের প্রতি বিশেষ সংবেদনশীল ছিল এবং বিশ্লেষণ করা মোট জিনের সংখ্যা 3668 ছিল। 270 সংবেদনশীল জিনের মধ্যে 38 টি "ডিএনএ মেরামত জিন" হিসাবে শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছে। জিনোমে থাকা "ডিএনএ মেরামত জিন" এর সংখ্যা 112 এবং জিনোমে মোট জিনের সংখ্যা 3668 হলে ডিএনএ মেরামত জিনগুলিতে সংবেদনশীল জিনগুলি সমৃদ্ধ হয়? কোন পরিসংখ্যান পরীক্ষা ব্যবহার করা উচিত? আপনি যদি অনলাইনে পি-মান গণনা করার জন্য আমাকে কোনও সরঞ্জামও বলতে পারতেন তবে আমি প্রশংসা করব।

Answer 1

জিন তালিকাগুলি সমৃদ্ধ করার জন্য পরীক্ষা করার স্ট্যান্ডার্ড অনুশীলন হ'ল হাইপারজেমেট্রিক পরীক্ষা বা সমতুল্যভাবে, একতরফা ফিশারের সঠিক পরীক্ষা করা । আপনার কাছে নিম্নলিখিত $2\times2$ টেবিল রয়েছে:

$$\array{& \text{DNA Repair} & \text{Other} \\\text{Sensitive} & 38 & 232 & 270\\\text{Not Sensitive} & 74 & 3324 & 3398 \\ & 112 & 3556}$$

আপনি Rনিম্নলিখিত হিসাবে পরীক্ষা পরিচালনা করতে পারেন :

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

যা একটি অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ ফলাফল দেয়:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

মনে রাখবেন যে আমরা অতিরিক্ত উপস্থাপনের জন্য (নিম্ন-উপস্থাপনার পরিবর্তে) alternativeপ্যারামিটার সেট করে রেখেছি "greater"।

Comments

ধন্যবাদ আপনার উত্তরের জন্য অনেক। আমি যদিও ফিশারেক্স্যাক্ট পরীক্ষাটি বিশ্লেষণের জন্য একটি ভাল পদ্ধতি হতে পারে। আমি অন্যান্য পরীক্ষামূলক শ্রেণীর জন্য ফলাফল সম্পাদন করতে আমার কাছে কোনও পরিসংখ্যান সংক্রান্ত সফ্টওয়্যার নেই যা আমিও পরীক্ষা করতে চাই। সমস্ত দশমিকের সাহায্যে মান খুঁজে পাওয়ার কোনও "অনলাইন" সরঞ্জাম আপনি কী জানেন?

— লরা

আপনি বিনামূল্যে ডাউনলোড করতে পারেন আর। R-project.org দেখুন সুতরাং কোনও সফ্টওয়্যার না থাকা দ্রবণীয় (এবং অনলাইনে গণনা করার জন্য আপনার কোনও উপায়ের প্রয়োজন ভেবে ভুল)। তবে দয়া করে নিজের জন্য এই জিনিসগুলি খুঁজতে কিছুটা অনুসন্ধান করুন। একটি ভাল প্রশ্ন জিজ্ঞাসা করার জন্য stats.stackexchange.com/help/how-to-ask এ পরামর্শ দেখুন ।

— নিক কক্স

@ নিক আপনার পরামর্শটি ভাল, তবে দয়া করে এটি পোস্টারের বৈশিষ্ট্য হিসাবে বিবেচনা করবেন না: এই ধরনের শব্দবন্ধগুলি খুব সহজেই আক্রমণ হিসাবে ভুল বোঝা যায়, যা আমি সন্দেহ করেছিলাম যে আপনি উদ্দেশ্য করেছিলেন। অতএব আমি আপনার মন্তব্যে প্রাথমিক বাক্যাংশ সরিয়ে ফেললাম (এতে কোনও তথ্য যুক্ত হয়নি)।

— whuber

এটির

আপনি কি দয়া করে অতিরিক্ত হিসাবে ব্যাখ্যা করতে পারবেন, ঠিক কী গণনা করা হচ্ছে তার উপস্থাপনা?

— sdgaw erzswer