কোন বায়োইনফরম্যাটিকস এবং কম্পিউটেশনাল বায়োলজি সরঞ্জাম উপলব্ধ?


12

আজ, আমাকে উবুন্টুর বৈজ্ঞানিক সংস্করণ (গুলি) সন্ধান করতে বলা হয়েছিল। তারা আসলে ডিএনএ সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ, প্রোটিন যাচাইকরণ, অনুমান এবং জীববিজ্ঞান সম্পর্কিত অনেকগুলি কার্য সম্পাদন করার জন্য সরঞ্জামগুলি সন্ধান করছে।

প্রথম:

  1. উবুন্টুর কোনও বৈজ্ঞানিক, জৈবমুখী সংস্করণ আছে কি?

  2. উপরে উল্লিখিত পয়েন্টগুলির মতো বৈজ্ঞানিক বিশ্লেষণ করার জন্য কি সরঞ্জাম রয়েছে?


আমি একই লাইনে কিছু পোস্ট করতে চলেছিলাম। এই বিষয়টিকে আলোকে আনার জন্য ধন্যবাদ :)
চিরাগ

উত্তর:


15

আমি বিভিন্ন দেবিয়ান, আরএইচইল এবং ভার্টাল মেশিন ভিত্তিক অপারেটিং সিস্টেম এবং গবেষণা সরঞ্জাম এবং গণ্য জীববিজ্ঞান এবং বায়োইনফরম্যাটিক্সের জন্য কিছু গুগলিং করেছি। কয়েকটি উল্লেখযোগ্য নীচে সংক্ষিপ্তসারিত হয়:

ডেবিয়ান মেড : একটি দেবিয়ান অপারেটিং সিস্টেম যা চিকিত্সা অনুশীলন এবং বায়োমেডিকাল গবেষণার প্রয়োজনীয়তার জন্য বিশেষভাবে উপযুক্ত।

ডিএনএলিনাক্স : হ'ল একটি ভার্চুয়াল মেশিন যা বায়োইনফর্ম্যাটিক সফ্টওয়্যারটি পূর্বেই ইনস্টল করা আছে।

বায়োকনপপিক্স : নোপপিক্স লিনাক্স লাইভ সিডির একটি স্বনির্ধারিত বিতরণ। এটি আণবিক জীববিজ্ঞানীর জন্য লক্ষ্যযুক্ত অ্যাপ্লিকেশনগুলির সাথে আসে। কিছু র‌্যাম ব্যবহারের পাশাপাশি, বায়োকনপপিক্স হোস্ট কম্পিউটারটিকে স্পর্শ করে না (কারণ এটি একটি লাইভ-সিডি), এবং বিক্ষোভ, আণবিক জীববিজ্ঞানের শিক্ষার্থী, কর্মশালা ইত্যাদির জন্য আদর্শ is

বিজ্ঞান : ("বিজ্ঞান" এর অর্থ হিন্দিতে "বিজ্ঞান" But তবে এটি আমার খুব বেশি বৈজ্ঞানিক লিনাক্স নয়)। বিজ্ঞান হ'ল বায়োইনফর্ম্যাটিক্স, কম্পিউটেশনাল বায়োলজি এবং গণ্য রসায়নবিদ্যার জন্য একটি বৈদ্যুতিন ওয়ার্কবেঞ্চ। এটি উভয় প্রারম্ভিক এবং বিশেষজ্ঞদের চাহিদা পূরণের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। বিজ্ঞানসিডি একটি লাইভ লিনাক্স সিডি যা কম্পিউটার বুট করার জন্য প্রয়োজনীয় মডেলিং সফ্টওয়্যার ব্যবহারের জন্য প্রয়োজনীয় সমস্ত সফ্টওয়্যার ধারণ করে। বিজ্ঞানসিডি ভি 1.0 কেএনওপিপিক্স ভি 3.7 এর উপর ভিত্তি করে।

ভিএলিনাক্স : বায়োইনফরম্যাটিকসের শিক্ষার্থী এবং গবেষকদের জন্য একটি লিনাক্স বিতরণ এবং সরঞ্জাম app এটি ওপেনসুএস-এর উপর ভিত্তি করে এবং নোভেলের সুস স্টুডিও ব্যবহার করে নির্মিত হয়েছে।

বায়োস্লাক্স : বায়োইনফরম্যাটিক্স সরঞ্জামগুলির একটি নতুন লাইভ সিডি / ডিভিডি স্যুট যা বায়োইনফরম্যাটিক্স সেন্টার (বিআইসি), সিঙ্গাপুরের জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয় (এনএসএস) এর রিসোর্স টিম প্রকাশ করেছে। যে কোনও পিসি থেকে বুটেবল, এই সিডি / ডিভিডি লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমের সংকুচিত স্ল্যাকওয়ারের স্বাদকে স্ল্যাক্স নামেও চালায়।

বায়ো-লিনাক্স 6.0 : একটি সম্পূর্ণ বৈশিষ্ট্যযুক্ত, শক্তিশালী, কনফিগারযোগ্য এবং বায়োইনফরম্যাটিকস ওয়ার্কস্টেশন বজায় রাখা সহজ। বায়ো-লিনাক্স একটি উবুন্টু লিনাক্স 10.04 বেসে 500 টিরও বেশি বায়োইনফরম্যাটিক্স প্রোগ্রাম সরবরাহ করে। বায়োইনফরম্যাটিক্স প্রোগ্রামগুলির জন্য একটি গ্রাফিকাল মেনু রয়েছে, পাশাপাশি বায়ো-লিনাক্স বায়োইনফরম্যাটিক্স ডকুমেন্টেশন সিস্টেমের সহজ অ্যাক্সেস এবং পরীক্ষার প্রোগ্রামগুলির জন্য দরকারী নমুনা ডেটা রয়েছে। নতুন প্রজন্মের সিক্যুয়েন্স ডেটা ধরণের হ্যান্ডেল করতে আপনি বায়ো-লিনাক্স প্যাকেজও ইনস্টল করতে পারেন।


বায়োইনফর্মেশিয়ান হিসাবে আমার মতামতটি আপনার পক্ষে উপযুক্ত কোনও লিনাক্স গন্ধ ডাউনলোড এবং চালানো। প্রায় সবই ডাউনলোড এবং ব্যবহারের জন্য নিখরচায় myআমার গবেষণামূলক কাজে আমি উবুন্টু এবং সেন্টস ব্যবহার করি। আমি আমার অভিজ্ঞতা শেয়ার করব।

CentOS : আপনি যদি সেটআপের সময় সমস্ত লাইব্রেরি ইনস্টল করেন তবে পরে আপনার খুব বেশি সমস্যার মুখোমুখি হবে না। আমি এটিতে মলিকুলার ডায়নামিক্স প্যাকেজ AMBER এবং ডেসমন্ড ব্যবহার করেছি। এটি সাধারণত খুব সমস্যা না করে চলে।

উবুন্টু: যেহেতু এটি অনেকগুলি লাইব্রেরি প্রাক ইনস্টলড সহ আসে না, সুতরাং এটিতে একটি সফ্টওয়্যার চালানোর বিষয়ে কোথায় আপনাকে তথ্য খুঁজে পেতে হবে তা অবশ্যই আপনাকে জানতে হবে। তবে গবেষকদের মধ্যে উবুন্টু যেহেতু খুব জনপ্রিয় , আপনার চেষ্টা না করার কোনও কারণ খুঁজে পাচ্ছি না। আপনার যদি কোনও সফ্টওয়্যার ইনস্টল করা বা চালাতে সমস্যা হয় তবে আপনি সেই নির্দিষ্ট সফ্টওয়্যার সম্পর্কিত নির্দিষ্ট মেলিং তালিকায় প্রশ্ন পোস্ট করতে পারেন। উবুন্টু সফটওয়্যার সেন্টারে প্রোগ্রাম যেমন পিমল , অটোডক , ইউনিপ্রো ইউজেন ইত্যাদি পাওয়া যায়। গ্রোমাক্স আগে পাওয়া গিয়েছিল (আমি এটি 12.04 এ পাইনি)।

আমি আপনাকে দৃ time়ভাবে পরামর্শ দিচ্ছি যে এক সময় চেষ্টা করুন এবং আপনার সমস্ত দরকারী সফটওয়্যার উবুন্টুতে ইনস্টল করুন এবং তারপরে আপনার ওএসের অনুলিপিগুলি তৈরি করতে পুনরায় পোস্টারসিস ব্যবহার করুন এটি আপনার ইচ্ছামতো ডেস্কটপ এবং ওয়ার্কস্টেশনগুলিতে স্থাপন করুন।

ব্যক্তিগতভাবে, আমি জীববিজ্ঞান এবং রসায়ন গবেষণা দর্শকদের জন্য একটি বিশেষীকৃত লিনাক্স ওএসকে লক্ষ্য করার একটি বিশাল সুযোগ দেখতে পাচ্ছি।

আশা করি এটা সাহায্য করবে.


2
ভাল এটি একটি খুব ভাল গবেষণা উত্তর। ধন্যবাদ চিরাগ। আপনার পরামর্শ আমলে নেবে।
লুইস আলভারাডো

2
সম্প্রদায় যদি এই সম্পর্কে গুরুতর হয়। বিষয়টি নিয়ে আমি আরও জরিপ করতে পারি। আমি বৈজ্ঞানিক সফ্টওয়্যারগুলির জন্য লাইব্রেরি সমর্থন সম্পর্কিত গণ্য রসায়নবিদ এবং জীববিজ্ঞানীদের জন্য অনলাইন পোল জেনার করতে পারি। আমি নিশ্চিত, উবুন্টুকে আরও গবেষণামূলক বান্ধব ডিস্ট্রো করা যায় :) আমার অনেক সহকর্মী উবুন্টু ব্যবহার করেন। আমি তাদের সাথে একটি কথা বলব এবং আপনাকে আরও জানাতে চাই।
চিরাগ

7

বায়ো-লিনাক্স একটি উবুন্টু বেসে একটি বায়োইনফরম্যাটিকস ওয়ার্কস্টেশন।

এর বাইরে উবুন্টুর জন্য জীববিজ্ঞান ভিত্তিক প্রোগ্রাম / সরঞ্জামগুলির একটি সম্পূর্ণ হোস্ট রয়েছে, এখানে অঙ্কিত এবং বিশদযুক্ত ।


আপনি যদি নিম্নলিখিতগুলি যুক্ত করতে পারেন: distro.ibiblio.org/bio-linux/iso আমি এটির জন্য সর্বশেষতম এবং আপ টু ডেট সংস্করণ পেয়েছি। আমি ভেবেছিলাম এটি 2 বছর পুরাতন তবে সেখানে আমি এটি আপডেট হতে দেখছি।
লুইস আলভারাডো

1
দেখা যাচ্ছে যে বায়ো-লিনাক্স এখনও সক্রিয় বিকাশে রয়েছে। এটি এলটিএস-এর উপর ভিত্তি করে। এই bugs.launchpad.net/bio-linux/+bug/998144 অনুসারে , উবুন্টু 12.04 এর উপর ভিত্তি করে সংস্করণ 7, অক্টোবরের কিছু সময় বাইরে থাকা উচিত। বর্তমান সংস্করণ (6) 10.04 এর উপর ভিত্তি করে।
শ্রদ্ধেয় 01

5

যতদূর আমি জানি, এই উদ্দেশ্যে একটি বিশেষ বিতরণ নেই।

(এখানে বৈজ্ঞানিক লিনাক্স নামে একটি বিতরণ রয়েছে যা রেডহ্যাট / সেন্টোস ভিত্তিক, তবে এটি মূলত উচ্চ শক্তি পদার্থবিজ্ঞানের প্রয়োজনগুলি দ্বারা বিকাশ লাভ করেছে এবং স্ট্যান্ড উবুন্টুর অভাবের কোনও সাধারণ ক্ষমতা নেই)।

প্যাকেজ সংগ্রহ সহ একটি জীববিজ্ঞান বিভাগ (বিজ্ঞান / প্রকৌশল অধীনে) রয়েছে, যদিও উবুন্টুতে প্যাকেজযুক্ত বিশেষায়িত বৈজ্ঞানিক অ্যাপ্লিকেশনগুলির সংখ্যা তুলনামূলকভাবে কম (এবং আমি আশা করি যে এটি অন্যান্য বিতরণগুলির ক্ষেত্রেও হতে পারে)। বিজ্ঞান + ইঞ্জিনিয়ারিং / জীববিজ্ঞান কয়েকটি তালিকাবদ্ধ করে কিন্তু আপ টু ডেট বলে মনে হয় না।

এতে বলা হয়েছে, অনেকগুলি বিজ্ঞানের সরঞ্জাম, সরকারী শরণার্থে না থাকলেও আপনি উবুন্টু-সামঞ্জস্যপূর্ণ (.deb) প্যাকেজগুলি সরবরাহ করতে পারেন (যেমন libSBML ), বা জেনেরিক লিনাক্স বাইনারি (যেমন কপাসি ), বা প্ল্যাটফর্ম নিরপেক্ষ (জাভাতে লেখা, পাইথন ইত্যাদি) এবং তাই উবুন্টুতে (যেমন ইমেজজে ) বেশ আনন্দের সাথে চালানো উচিত ।

আমি কম্পিউটেশনাল বায়োলজি কাজের জন্য উবুন্টু ব্যবহার করি, যদিও এতে বিশেষত বিশেষায়িত অ্যাপ্লিকেশনগুলির চেয়ে সাধারণ উদ্দেশ্য সরঞ্জামগুলি (যেমন, আর, পাইথন) নিয়ে কাজ করা জড়িত।


খুব সুন্দর বিশ্লেষণ। কোনও ডেবিয়ান / উবুন্টু ভিত্তিক ডিস্ট্রো সম্পর্কে কোনও চিন্তা।
লুইস আলভারাডো

1
সত্য, আমি মনে করি একটি বিশেষ বিতরণে খুব কমই আছে। অবশ্যই এটি কার্যকর হবে যদি আরও বিশেষজ্ঞ অ্যাপ্লিকেশনগুলি ডেবিয়ান / উবুন্টুর জন্য প্যাকেজ করা হয় তবে পুরো বিতরণ বজায় রাখার প্রয়াসের পরিবর্তে সেই অ্যাপ্লিকেশনগুলির জন্য পিপিএ স্থাপন করা আরও বেশি উপযুক্ত বলে মনে হয় - উবুন্টু একটি পুরোপুরি ভাল ডেস্কটপ সরবরাহ করে, এবং এটি আমার কাছে স্পষ্ট নয় যে একটি ভাল জীববিজ্ঞান প্ল্যাটফর্মের জন্য সিস্টেম-ব্যাপী পরিবর্তনগুলি প্রয়োজন, সাধারণ প্ল্যাটফর্মের জন্য সহজেই ইনস্টলযোগ্য এবং পরীক্ষিত সরঞ্জাম। এটি বলেছে যে, এই সফ্টওয়্যারটির বেশিরভাগ অনিশ্চিত লাইসেন্স দেওয়া কঠিন করে তুলতে পারে।
ক্রোনাইটিস

2

আমি দেখতে পাচ্ছি যে বেশ কয়েকটি উবুন্টু বিজ্ঞানের রিমিক্স উপলব্ধ, তবে তারা সমস্ত মারা গেছে বলে মনে হচ্ছে। অনেকগুলি উবুন্টু রিমিক্সের সাথে এটিই মনে হয়, কারণ অনেক সময় তারা কিছু অ্যাপ্লিকেশন স্বয়ংক্রিয়ভাবে ইনস্টল করার পাশাপাশি পুরো কিছু সরবরাহ করে না, তাই তারা বিকাশকারীদের এগুলি বজায় রাখতে প্রয়োজনীয় সমালোচনা করে না ।

আমার পরামর্শ হ'ল সায়েন্টিফিক লিনাক্সের মতো একটি শক্ত বিজ্ঞান-ভিত্তিক ডিস্ট্রো ব্যবহার করা হবে যা ফার্মিলাব, সিইআরএন ইত্যাদি দ্বারা ব্যবহৃত (এবং এটি দ্বারা বিকাশিত) ব্যবহার করা হয় This এটি এমন একটি ডিস্ট্রো যা শীঘ্রই কোথাও কোথাও চলে না, এবং দুর্দান্ত has বৈজ্ঞানিক সম্প্রদায় থেকে সমর্থন। দুর্ভাগ্যক্রমে, এটি রেড হ্যাট উপর ভিত্তি করে, তাই এটি আপনার প্রয়োজনগুলি পুরোপুরি ফিট করে না।

আপনার যদি উবুন্টু ব্যবহার করার প্রয়োজন হয় তবে রেপোগুলিতে এমন বেশ কয়েকটি বৈজ্ঞানিক অ্যাপ্লিকেশন রয়েছে যা কেবল উবুন্টু সফটওয়্যার সেন্টারকে জ্বালিয়ে দিন এবং "বিজ্ঞান এবং প্রকৌশল" -> জীববিজ্ঞান ব্রাউজ করুন। আমি এই প্রোগ্রামগুলির কার্যকারিতা সম্পর্কে নিশ্চিত নই, কারণ এটি আমার দক্ষতার বাইরে। যদি সেগুলি পর্যাপ্ত ছিল তবে আপনি একটি নতুন মেশিন সেট আপ করার সময় আপনি একটি দ্রুত বাশ স্ক্রিপ্ট সেট আপ করতে পারেন that

আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.