আমি একটি বড় ফাইল (একটি রাসায়নিক ডাটাবেস) আছে, এবং আমি শুধুমাত্র হেডার রেকর্ড, যা লাইন দিয়ে শুরু করো না হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয় প্রদর্শন করা প্রয়োজন: ATOM, CONNECT, HETATM, TER, অথবা END। আমার এটি করার জন্য ব্যবহার grepকরার কথা । এখানে ফাইলের একটি নমুনা রয়েছে (পুরো ফাইলটি এখানে রয়েছে ):
HEADER TRANSFERASE 15-OCT-12 4HKD
TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MST2 SARAH DOMAIN
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 3;
COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D;
COMPND 4 FRAGMENT: SARAH DOMAIN, UNP RESIDUES 436-484;
COMPND 5 SYNONYM: MAMMALIAN STE20-LIKE PROTEIN KINASE 2, MST-2, STE20-LIKE
COMPND 6 KINASE MST2, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE KRS-1, SERINE/THREONINE-
COMPND 7 PROTEIN KINASE 3 36KDA SUBUNIT, MST2/N, SERINE/THREONINE-PROTEIN
COMPND 8 KINASE 3 20KDA SUBUNIT, MST2/C;
COMPND 9 EC: 2.7.11.1;
COMPND 10 ENGINEERED: YES
SOURCE MOL_ID: 1;
SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;
SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;
SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 9606;
SOURCE 5 GENE: STK3, KRS1, MST2;
SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;
SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21 (DE3) CODON PLUS;
SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
SOURCE 10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: HT-PET28A
KEYWDS HOMODIMERIZATION, HETERODOMERIZATION, SAV1, NEK2, RASSF, TRANSFERASE
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
AUTHOR G.G.LIU,Z.B.SHI,Z.C.ZHOU
REVDAT 1 04-SEP-13 4HKD 0
JRNL AUTH G.G.LIU,Z.B.SHI,Z.C.ZHOU
JRNL TITL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MST2 SARAH DOMAIN
JRNL REF TO BE PUBLISHED
JRNL REFN
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION. 1.50 ANGSTROMS.
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT.
REMARK 3 PROGRAM : PHENIX (PHENIX.REFINE: 1.8_1069)
REMARK 3 AUTHORS : PAUL ADAMS,PAVEL AFONINE,VICENT CHEN,IAN
REMARK 3 : DAVIS,KRESHNA GOPAL,RALF GROSSE-
REMARK 3 : KUNSTLEVE,LI-WEI HUNG,ROBERT IMMORMINO,
REMARK 3 : TOM IOERGER,AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL
REMARK 3 : MORIARTY,REETAL PAI,RANDY READ,JANE
REMARK 3 : RICHARDSON,DAVID RICHARDSON,TOD ROMO,JIM
REMARK 3 : SACCHETTINI,NICHOLAS SAUTER,JACOB SMITH,
REMARK 3 : LAURENT STORONI,TOM TERWILLIGER,PETER
REMARK 3 : ZWART
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT TARGET : ML
REMARK 3
REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT.
REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.50
REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 34.86
REMARK 3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) : 1.380
REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 91.9
REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 29481
REMARK 3
REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.
REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.197
REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.195
REMARK 3 FREE R VALUE : 0.231
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 5.080
REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1497
REMARK 3
REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS).
REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE COMPL. NWORK NFREE RWORK RFREE
REMARK 3 1 34.8685 - 3.3427 0.97 2878 149 0.1998 0.2322
REMARK 3 2 3.3427 - 2.6535 0.98 2711 175 0.2033 0.2452
REMARK 3 3 2.6535 - 2.3182 0.96 2660 155 0.1968 0.2148
REMARK 3 4 2.3182 - 2.1063 0.94 2620 114 0.1875 0.2318
REMARK 3 5 2.1063 - 1.9553 0.91 2533 113 0.1909 0.2295
REMARK 3 6 1.9553 - 1.8400 0.91 2476 143 0.1883 0.2137
REMARK 3 7 1.8400 - 1.7479 0.90 2465 128 0.1840 0.2029
REMARK 3 8 1.7479 - 1.6718 0.90 2446 130 0.1783 0.2144
REMARK 3 9 1.6718 - 1.6074 0.90 2419 129 0.1864 0.2400
REMARK 3 10 1.6074 - 1.5520 0.90 2487 120 0.1938 0.2588
REMARK 3 11 1.5520 - 1.5030 0.85 2289 141 0.1993 0.2471
REMARK 3
REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING.
REMARK 3 METHOD USED : FLAT BULK SOLVENT MODEL
REMARK 3 SOLVENT RADIUS : 1.11
REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.90
REMARK 3 K_SOL : NULL
REMARK 3 B_SOL : NULL
REMARK 3
REMARK 3 ERROR ESTIMATES.
REMARK 3 COORDINATE ERROR (MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 0.130
REMARK 3 PHASE ERROR (DEGREES, MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 21.520
REMARK 3
REMARK 3 B VALUES.
REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : NULL
REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : NULL
REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE.
REMARK 3 B11 (A**2) : NULL
REMARK 3 B22 (A**2) : NULL
REMARK 3 B33 (A**2) : NULL
REMARK 3 B12 (A**2) : NULL
REMARK 3 B13 (A**2) : NULL
REMARK 3 B23 (A**2) : NULL
REMARK 3
REMARK 3 TWINNING INFORMATION.
REMARK 3 FRACTION: NULL
REMARK 3 OPERATOR: NULL
REMARK 3
REMARK 3 DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.
REMARK 3 RMSD COUNT
REMARK 3 BOND : 0.007 1771
REMARK 3 ANGLE : 1.179 2367
REMARK 3 CHIRALITY : 0.083 255
REMARK 3 PLANARITY : 0.006 317
REMARK 3 DIHEDRAL : 14.379 737
REMARK 3
REMARK 3 TLS DETAILS
REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : NULL
REMARK 3
REMARK 3 NCS DETAILS
REMARK 3 NUMBER OF NCS GROUPS : NULL
REMARK 3
REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL
REMARK 4
REMARK 4 4HKD COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11
REMARK 100
REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 22-OCT-12.
REMARK 100 THE RCSB ID CODE IS RCSB075574.
REMARK 200
REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS
REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION
REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 16-APR-12
REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 100
REMARK 200 PH : 4.6
REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1
REMARK 200
REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y
REMARK 200 RADIATION SOURCE : SSRF
REMARK 200 BEAMLINE : BL17U
REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL
REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M
REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 0.97915
REMARK 200 MONOCHROMATOR : SI 111 CHANNEL
REMARK 200 OPTICS : NULL
REMARK 200
REMARK 200 DETECTOR TYPE : CCD
REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : ADSC QUANTUM 315
REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : HKL-2000
REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : HKL-2000
REMARK 200
REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 29548
REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 1.500
REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 50.000
REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : 2.000
REMARK 200
REMARK 200 OVERALL.
REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 92.3
REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 5.300
REMARK 200 R MERGE (I) : NULL
REMARK 200 R SYM (I) : NULL
REMARK 200 <I/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET : 17.1000
আমার যে কোনও চিন্তাই হ'ল গ্রেপ-ভি এটিএম 4 এইচকেডি এবং এটি পরমাণু ছাড়াই সমস্ত লাইন মুদ্রণ করবে।
—
ফার্নান্দো মার্টিনেজ
পুরো ফাইলটিতে অ্যাটম কনটেক্ট হেতম টের বা শেষ রয়েছে।
—
ফার্নান্দো মার্টিনেজ
আচ্ছা পরমাণু ব্যতীত লাইনগুলি প্রদর্শন করা গ্রিপ-ওয়েভ এটিএম 4 এইচকেডি হবে, তারপরে টের ছাড়া লাইনগুলি প্রদর্শন করতে গ্রেপ-ডাব্লুভিও TER 4HKD হবে। এবং অন্যান্য প্যাটার্নের জন্য উদাহরণস্বরূপ সংযুক্ত করুন। তবে রহস্যটি হ'ল আপনি এটি কীভাবে একটি শিরোনাম করেন। বা এগুলি যথেষ্ট পরিমাণ ফাইল থেকে সরানো হচ্ছে। একটি উবুন্টু এক্স ফাইল।
—
ফার্নান্দো মার্টিনেজ 21