জিপিইউগুলিতে ওডিই সিস্টেমগুলি সমাধান করার বিকল্পগুলি?


16

আমি একটি 'তুচ্ছ সমান্তরাল' সেটিং-এ জিডিইউগুলিতে ওডিই-র সিস্টেমগুলি সমাধান করতে চাচ্ছি। উদাহরণস্বরূপ, 512 বিভিন্ন পরামিতি সেটগুলির সাথে সংবেদনশীলতা বিশ্লেষণ করা।

আদর্শভাবে আমি ফরওয়ার্ড অয়লারের মতো স্থির টাইমস্টেপের পরিবর্তে সিভিওডি-র মতো স্মার্ট অ্যাডাপটিভ টাইমস্টেপ সলভারের সাথে ওডিই সমাধান করতে চাই, তবে এটি সিপিইউয়ের পরিবর্তে এনভিআইডিএ জিপিইউতে চালিত করতে চাই।

কেউ কি এই কাজ করেছে? এর জন্য কি গ্রন্থাগার রয়েছে?


তাই বন্ধনী! আমি অপারেটর-বিভাজন ভিত্তিক কৌশল (কার্ডিয়াক ইলেক্ট্রোফিজিওলজি সিমুলেশন) বিবেচনা করছি, যেখানে আপনি পিডিইর জন্য উত্স শব্দটি পেতে নোডগুলিতে ওডিইগুলি সমাধান করেন, তারপরে পরবর্তী পুনরাবৃত্তির জন্য একটি ওডিডি প্যারামিটার পরিবর্তন করুন।
মিরম


1
আপনি প্রতিটি ওডিইতে একই সময় পদক্ষেপ ব্যবহার করতে চান কিনা তা নির্দিষ্ট করে দেওয়া গুরুত্বপূর্ণ important
ক্রিশ্চান ক্লাসন

এছাড়াও, আপনি যদি বিডোমেন (বা মনোডোমেন) সমীকরণগুলিতে বিশেষভাবে আগ্রহী হন, তবে আপনি কীভাবে সিএআরপি এটি করেন তা একবার দেখে নিতে পারেন
খ্রিস্টান ক্লাসন

বিভিন্ন টাইমস্টেপগুলি, যদি পদ্ধতিটি অভিযোজিত হয় তবে তার জন্য বিভিন্ন প্যারামিটার সেটগুলির জন্য তাদের প্রয়োজন হবে ... সিএআরপি যা করছে তার লিঙ্কের জন্য ধন্যবাদ - যদি আমি এটি সঠিকভাবে পড়ি তবে একটি স্থির টাইমস্টেপ রাশ লারসেন ওডিই সলভার ver
মীরাম

উত্তর:


6

আপনি বুস্টের ওডিন্ট গ্রন্থাগার এবং থ্রাস্ট দেখতে চাইতে পারেন । তারা এখানে একত্রিত হিসাবে মিলিত হতে পারে ।


এটি কিছুটা আলাদা বলে মনে হচ্ছে - জিপিইউতে সমান্তরালভাবে (যোগাযোগের সাথে) বৃহত ওডিই সিস্টেমগুলি সমাধান করা। সেই লিঙ্কটি বলেছে "আমরা অভিজ্ঞতা পেয়েছি যে ভেক্টরের আকার সমান্তরাল হয় তা জিপিইউর পুরো ব্যবহারের জন্য 10 ^ 6 এর ক্রমযুক্ত হওয়া উচিত।" আমি ও (10) বা ও (100) ভেক্টর আকারের তুচ্ছ সমান্তরাল
ওডিই সলভগুলি

আপনি কি সরাসরি চুদা বা ওপেনসিএল লিখতে ভেবেছেন? যদি আমি সঠিকভাবে অনুধাবন করি তবে আপনি যা করছেন তা প্রতিটি থ্রেডে কিছু ওডিই সমীকরণের জন্য পৃথকভাবে পুনরাবৃত্তি করছে, সরাসরি লিখতে অসুবিধা হওয়া উচিত নয়।
হাইড্রো গাই

আমি ভাবি যে কোনও ফরোয়ার্ড এলার বা অন্য নির্দিষ্ট টাইমস্টেপ পদ্ধতিটি কোড করা সম্ভব হবে, যেখানে প্রতিটি জিপিইউ প্রক্রিয়া একই টাইমস্টেপ ব্যবহার করে, মোটামুটি সহজেই, আমি জানতে চাই যে কেউ সিভিওডিইয়ের মতো অভিযোজিত টাইমস্টেপিং গ্রহণ করতে সক্ষম হয়েছে কিনা, বা এটি কিনা জিপিজিইউতে দক্ষ করা অসম্ভব?
মিরামস

জিপিইউতে সমস্যাটি হ'ল আপনাকে ডেটা-প্যারালাল কোড লিখতে হবে। আপনি যদি একই অভিযোজিত রুটিন লিখেন তবে কিছু প্যারামিটারের মানগুলিতে সেই সমস্ত নমনীয়তা শোষিত করেন, সম্ভবত এটি জিপিইউতে দক্ষতার সাথে কোড করা সম্ভব। এর অর্থ হ'ল আপনি নির্দেশাবলীতে শাখা ব্যবহার করতে পারবেন না, এটি সম্ভবত আপনার মনে হয় যা এটি করা অসম্ভব করে তোলে।
হাইড্রো গাই

1
@ মিরামের কাছে ওডিন্টের একটি উদাহরণ রয়েছে যা আপনি যা খুঁজছেন ঠিক তা জুড়ে: boost.org/doc/libs/1_59_0/libs/numeric/odeint/doc/html/… , আরও দেখুন গিথুব / বুস্টর্গ / কোড / ব্লব / মাস্টার / উদাহরণ / খোঁচা /… । এছাড়াও, ওডিন্ট সিভিওডি-তে যেমন অভিযোজিত মাল্টিস্টেপ পদ্ধতিগুলি সমর্থন করে: github.com/boostorg/odeint/blob/master/example/…
খ্রিস্টান ক্লাসন

13

ডিফারফেনিয়ালএকোয়াশনস.জেএল লাইব্রেরি একটি উচ্চ স্তরের ভাষার (জুলিয়া) লাইব্রেরি যা স্বয়ংক্রিয়ভাবে জিডিইউগুলিতে সমান্তরাল সমাধানের জন্য ওডিই সিস্টেমটিকে একটি অনুকূলিত সংস্করণে রূপান্তর করার সরঞ্জামগুলি রয়েছে tools সমান্তরালতার দুটি রূপ রয়েছে যা নিযুক্ত করা যেতে পারে: বড় ওডিডি সিস্টেমগুলির জন্য অ্যারে-ভিত্তিক সমান্তরালতা এবং অপেক্ষাকৃত ছোট (<100) ওডিই সিস্টেমগুলিতে প্যারামিটার অধ্যয়নের জন্য প্যারামিটার সমান্তরালতা। এটি হাই অর্ডার অন্তর্নিহিত এবং স্পষ্ট পদ্ধতিগুলি সমর্থন করে এবং নিয়মিতভাবে আউটফর্ম করে বা বেঞ্চমার্কগুলিতে অন্যান্য সিস্টেমগুলির সাথে মেলে (খুব কমপক্ষে, এটি অন্যকে জড়িয়ে দেয় যাতে এগুলি চেক করা এবং ব্যবহার করা সহজ হয়!)

এই নির্দিষ্ট কার্যকারিতাটির জন্য, আপনি ডিফেকিউজিপিইউ.জেএল একবার দেখতে চাইতে পারেন যা স্বয়ংক্রিয় প্যারামিটার সমান্তরালতার জন্য মডিউল। ডিফারেনটিয়ালএকোয়াশনস.জেএল লাইব্রেরিতে সমান্তরাল প্যারামিটার অধ্যয়নের জন্য কার্যকারিতা রয়েছে এবং সমান্তরালে অধ্যয়নটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে ঘটতে এই মডিউলটি বিদ্যমান কনফিগারেশনগুলিকে বাড়িয়ে তোলে। কি এক নেই তাদের বিদ্যমান রূপান্তরিত ODEProblem(অথবা অন্যান্য DEProblemমত SDEProblemএকটি মধ্যে) EnsembleProblemএবং সঙ্গে উল্লেখ prob_funcকিভাবে অন্য সমস্যা প্রোটোটাইপ থেকে তৈরি হয়। নিম্নলিখিতটি হাই-অর্ডার সুস্পষ্ট অভিযোজিত পদ্ধতির সাথে জিপিইউতে লোরেঞ্জ সমীকরণের 10,000 টি ট্রাজেক্টোরিগুলি সমাধান করে:

using OrdinaryDiffEq, DiffEqGPU
function lorenz(du,u,p,t)
 @inbounds begin
     du[1] = p[1]*(u[2]-u[1])
     du[2] = u[1]*(p[2]-u[3]) - u[2]
     du[3] = u[1]*u[2] - p[3]*u[3]
 end
 nothing
end

u0 = Float32[1.0;0.0;0.0]
tspan = (0.0f0,100.0f0)
p = (10.0f0,28.0f0,8/3f0)
prob = ODEProblem(lorenz,u0,tspan,p)
prob_func = (prob,i,repeat) -> remake(prob,p=rand(Float32,3).*p)
monteprob = EnsembleProblem(prob, prob_func = prob_func)
@time sol = solve(monteprob,Tsit5(),EnsembleGPUArray(),trajectories=10_000,saveat=1.0f0)

লক্ষ্য করুন যে ব্যবহারকারীকে কোনও জিপিইউ কোড লিখতে হবে না, এবং একক আরটিএক্স 2080 দিয়ে এই বেঞ্চমার্কগুলিকে মাল্টিথ্রেডেড সমান্তরালতা সহ 16 টি কোর জিয়ন মেশিন ব্যবহারের চেয়ে 5x উন্নতি হিসাবে চিহ্নিত করা উচিত। এরপরে একসাথে জিপিইউর পুরো ক্লাস্টারটি ব্যবহারের জন্য একাধিক জিপিইউ ব্যবহার এবং মাল্টিপ্রসেসিং + জিপিইউ করার মতো কাজগুলি কীভাবে করা যায় তার জন্য README টি পরীক্ষা করে দেখতে পারেন । নোট করুন যে জিপিইউগুলির পরিবর্তে মাল্টিথ্রেডিংয়ে স্যুইচ করা হ'ল এক লাইন পরিবর্তন: EnsembleThreads()পরিবর্তে EnsembleGPUArray()

তারপর অন্তর্নিহিত সমাধানকারীদের জন্য, একই ইন্টারফেস ধারণ করে। উদাহরণস্বরূপ, নীচে হাই অর্ডার রোজনব্রোক এবং অন্তর্নিহিত রঞ্জ-কত্তা পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়েছে:

function lorenz_jac(J,u,p,t)
 @inbounds begin
     σ = p[1]
     ρ = p[2]
     β = p[3]
     x = u[1]
     y = u[2]
     z = u[3]
     J[1,1] = -σ
     J[2,1] = ρ - z
     J[3,1] = y
     J[1,2] = σ
     J[2,2] = -1
     J[3,2] = x
     J[1,3] = 0
     J[2,3] = -x
     J[3,3] = -β
 end
 nothing
end

function lorenz_tgrad(J,u,p,t)
 nothing
end

func = ODEFunction(lorenz,jac=lorenz_jac,tgrad=lorenz_tgrad)
prob_jac = ODEProblem(func,u0,tspan,p)
monteprob_jac = EnsembleProblem(prob_jac, prob_func = prob_func)

@time solve(monteprob_jac,Rodas5(linsolve=LinSolveGPUSplitFactorize()),EnsembleGPUArray(),dt=0.1,trajectories=10_000,saveat=1.0f0)
@time solve(monteprob_jac,TRBDF2(linsolve=LinSolveGPUSplitFactorize()),EnsembleGPUArray(),dt=0.1,trajectories=10_000,saveat=1.0f0)

এই ফর্মটি আপনাকে জিপিইউতে ব্যবহার করার জন্য একটি জ্যাকবিয়ান প্রদান করার প্রয়োজন রয়েছে (বর্তমানে, শীঘ্রই সংশোধন করা হবে), ডিফারফেনিয়ালএকোভেশনস.জেএল ডকুমেন্টেশনটি দেখায় যে সংখ্যায়িত সংজ্ঞায়িত ফাংশনগুলিতে কীভাবে স্বয়ংক্রিয় প্রতীকী জ্যাকবীয় গণনা করা যায় , সুতরাং এখনও কোনও ম্যানুয়াল নেই শ্রম এখানে। আমি অত্যন্ত এই অ্যালগরিদমগুলিকে সুপারিশ করব কারণ সিভিওডিএর মতো কোনও পদ্ধতির শাখা যুক্তি সাধারণত থ্রেড ডিজাইনের কারণ হয়ে থাকে এবং যাইহোক এই ধরণের পরিস্থিতিতে কোনও রোজনব্রোক পদ্ধতি যেমন সম্পাদন করে না বলে মনে হয়।

ডিফারেন্টিয়ালএকোয়াশনস.জেএল ব্যবহার করে আপনি সম্পূর্ণ লাইব্রেরিতে অ্যাক্সেস পাবেন, এতে গ্লোবাল সংবেদনশীলতা বিশ্লেষণের মতো কার্যকারিতা রয়েছে যা এই জিপিইউ-ত্বরণকে ব্যবহার করতে পারে। এটি দ্রুত স্থানীয় সংবেদনশীলতা বিশ্লেষণের জন্য দ্বৈত সংখ্যার সাথেও সামঞ্জস্যপূর্ণ । জিপিইউ-ভিত্তিক কোড ডিফার্নটিয়ালএকোভেশনস.জেএল এর সমস্ত বৈশিষ্ট্য পেয়েছে, যেমন ইভেন্ট হ্যান্ডলিং এবং বিভিন্ন ধরণের সমস্যার জন্য অনুকূলিত হওয়া ওডিই সল্ভারের বিশাল সেট , যার অর্থ এটি কেবল একটি সহজ এক অফ জিপিইউ ওডিই সলভার নয় বরং পরিবর্তে একটি একটি সম্পূর্ণ বৈশিষ্ট্যযুক্ত সিস্টেমের অংশ যা দক্ষ জিপিইউ সমর্থন পাওয়ার ক্ষেত্রেও ঘটে।

আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.