প্রোটিনগুলি সাধারণত কার্টুন আকারে প্রতিনিধিত্ব করা হয়, ar শীটের সাথে তীর এবং α হিলিকেলগুলি কুণ্ডলী হিসাবে:
আমি ভাবছি, কোথাও কোনও উল্লেখ রয়েছে যা এই উপস্থাপনের নির্মাণের বর্ণনা দেয়? অর্থাৎ এই গ্রাফিকগুলি তৈরি করতে কোন গাণিতিক অবজেক্ট ব্যবহার করা হয় এবং এগুলি কোন পরমাণু / দিকনির্দেশে নির্মিত?
উত্তর:
বিভিন্ন প্যাকেজগুলির উত্স কোড থেকে কিছু অ্যালগরিদম পাওয়া যায়। পাইমল এমন একটি এবং ভিএমডির উত্সটিও অ্যাক্সেসযোগ্য।
আমি 1990 এর দশকে ভিএমডির ফিতা অ্যালগরিদম বাস্তবায়ন করেছি। প্রথম পদক্ষেপটি কাঠামো নির্ধারণ - অ্যামিনো অ্যাসিডগুলি কোথায়? কোন চেইনে সংযুক্ত আছে? সি-আলফা পরমাণু কোথায়?
এরপরে কাইল যেমন বলেছেন, তেমন স্প্লাইন। ভিএমডি একটি ক্যাটমুল – রোম স্প্লাইন ব্যবহার করে, সি-আলফাসগুলি নিয়ন্ত্রণ পয়েন্ট হিসাবে। এটি তৃতীয় অর্ডার স্প্লাইন এবং স্প্লাইজগুলি সি-আলফাসের মধ্য দিয়ে যায়। আপনি যদি গণিতটি পরিচালনা করেন তবে একটি একক ফ্রি প্যারামিটার রয়েছে যা নিয়ন্ত্রণ পয়েন্টের চারপাশে স্প্লাইনটি কতটা শক্ত to আমি কয়েকটি মান চেষ্টা করেছি যতক্ষণ না আমি এমন একটিকে খুঁজে পাই যা মহিমান্বিতভাবে আনন্দদায়ক ছিল।
শেষটি কীভাবে পরিচালনা করা যায় সে সম্পর্কে কিছু কৌশলও রয়েছে, যার পর্যাপ্ত সি-আলফা নেই al অন্যান্য পয়েন্টগুলি পেতে আমি এক্সট্রাপোলটেড করেছি।
যে পথ দেয়। পথ ধরে একটি বৃত্তাকার এক্সট্রুশন একটি নল দেয়। উপবৃত্তান্ত দিতে আপনি ক্রস-বিভাগের রেডিয়িকে আলাদা করতে পারেন এবং আরও কিছু কাজ দিয়ে পটিটি সংজ্ঞায়িত করতে পারেন।
সমস্যাটি সঠিক আদর্শটি খুঁজে বের করার জন্য, যাতে ফিতাগুলি একটি আলফা হেলিক্সের সাথে সংযুক্ত থাকে। আমি তখন হাল ছেড়ে দিয়ে বিভিন্ন জিনিস চেষ্টা করেছিলাম, রাস্টার 3 ডি বাস্তবায়নের দিকে নজর দিয়েছি, এটি ব্যবহারের অনুমতি পেয়েছি এবং ভিএমডিতে এটি যুক্ত করেছি। এটি পূর্ববর্তী ভেক্টর রীতি এবং সি-আলফা ট্রেস দ্বারা সংজ্ঞায়িত বর্তমান আদর্শের সংশ্লেষক যোগফল। এটি আবার কীভাবে কাজ করে তার জন্য উত্সটি আমাকে দেখতে হবে। মজার বিষয় হচ্ছে, রাস্টার 3 ডি লেখক ইথান মেরিট উল্লেখ করেছিলেন যে তিনি ফ্রিডোর কাছ থেকে এই বিট কোডটি পেয়েছিলেন, তাই এটির দীর্ঘ ইতিহাস রয়েছে।
ভিএমডির এখন "নিউ রিবনস" রয়েছে, যা আমার সময়ের পরে প্রয়োগ করা হয়েছিল। আমি জানি না এটি কীভাবে কাজ করে।
একটি আলফা হেলিক্স করার সহজ উপায় হ'ল প্রথম থেকে শেষের অবশিষ্টাংশের জন্য একটি লাইন আঁকুন; লাইন বরাবর একটি বৃত্ত extrude এবং আপনার একটি সিলিন্ডার আছে। আপনি হিলিক্সের সাথে সবচেয়ে উপযুক্ত-রৈখিক এক লাইনও করতে পারেন, তবে আমি মনে করি যে এটি শর্ট হেলিকেলের সমস্যা তৈরি করেছে। কাইলের পরামর্শ মতো উপায়গুলি সহ এটি করার আরও বেশি চালাক উপায় সম্ভবত রয়েছে, যা নরম বাঁকগুলিকে অনুমতি দেয়।
বিটা স্ট্র্যান্ডগুলি সহজ। দুটি নিয়ন্ত্রণের পাথ রয়েছে, প্রতিটি পক্ষের জন্য একটি। যারা স্ট্র্যান্ডের পথ এবং সাধারণকে সংজ্ঞায়িত করে। আপনি টুইস্টগুলি সম্পর্কে কিছুটা সতর্কতা অবলম্বন করতে হবে, যাতে আপনার স্ট্র্যান্ডটি 70 ডিগ্রিটি পাকানো উচিত যখন 290 ডিগ্রিটি পাক না করে তবে এটি পরিচালনা করা খুব কঠিন ছিল না।
একটি শক্ত অংশ, যা আপনি উল্লেখ করেন নি, তা হল আলফা-হেলিক্স এবং বিটা-স্ট্র্যান্ডগুলি কোথায় অবস্থিত তা সনাক্ত করতে। কিছু পিডিবি রেকর্ডগুলিতে সেগুলি রয়েছে তবে সমস্তটি নয়। আমি তার জন্য তৃতীয় পক্ষের সরঞ্জাম, স্ট্রাইডকে খোঁচা দিয়েছি এবং ব্যবহার করেছি। ওয়ারেন তার নিজস্ব অ্যালগোরিদম প্রয়োগ করেছিলেন। রজার সায়েল তার নিজের ডিএসএসপি-র সংস্করণটি রাস্টার 3 ডি-র জন্য প্রয়োগ করেছে।
আমি এতে ছুরিকাঘাত করব।
প্রোটিন কার্টুন (ফিতা হিসাবে পরিচিত) তিনটি প্রোটিন গৌণ কাঠামোর সাথে মিলিত তিনটি অংশ নিয়ে গঠিত ation
ফিতা ডায়াগ্রামের উইকিপিডিয়া পৃষ্ঠায় প্রোটিন কাঠামো দেখানোর জন্য এই ধরণের ভিজ্যুয়ালাইজেশনের উত্স সম্পর্কে অতিরিক্ত তথ্য রয়েছে।