B3LYP কীভাবে গাউসিন 0 *, গেমস-ইউএস, মলপ্রো,… ইত্যাদিতে প্রয়োগ করা হয়?


15

বিশেষত আমি বি 3 এলওয়াইপি জড়িত কাজটি গাউসিয়ান 03 দিয়ে শুরু করে গেমস-ইউএস দিয়ে চালিয়ে যেতে চাই। ডিফল্ট B3LYP পদ্ধতি দ্বারা সরবরাহ করা শক্তি একই নয়। গেমস-মার্কিন ম্যানুয়ালটিতে এটি সম্পর্কে একটি আলোচনা রয়েছে (আরও তথ্যের বিভাগ):

নোট করুন যে গেমসে বি 3 এলওয়াইপি অংশটি ভিডব্লিউএন 5 ইলেক্ট্রন গ্যাস পারস্পরিক সম্পর্ক কার্যকারী উপর ভিত্তি করে। স্থানীয় পারস্পরিক সম্পর্কের বিষয়ে ভিডব্লিউএন কাগজে দুটি সম্ভাব্য প্যারামিটারাইজেশনযুক্ত পাঁচটি সূত্র যেহেতু অন্যান্য প্রোগ্রামগুলি অন্যান্য পছন্দগুলি ব্যবহার করতে পারে এবং তাই বিভিন্ন বি 3 এলওয়াইপি শক্তি তৈরি করতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, এনডাব্লুচেমের ম্যানুয়ালটিতে বলা হয়েছে যে এটি "আরপিএ পরামিতিগুলির সাথে VVN 1 ক্রিয়ামূলক হিসাবে মন্টে কার্লো প্যারামিটারগুলির বিপরীতে" এটির ডিফল্ট হিসাবে ব্যবহার করে। আপনি যদি এই ভিডাব্লুএন 1 সূত্রটি কোনও B3LYP হাইব্রিডে ব্যবহার করতে চান তবে কেবল "DFTTYP = B3LYP1" চয়ন করুন।

এটি বলে যে খেলাপিগুলি খেলনা এবং এনডাব্লুএইচইএম এর মধ্যে পৃথক এবং এনডাব্লুএইচইএম ডিফল্টরূপে যেভাবে গণনা করছে গেমসকে একই গণনা করার জন্য একটি বিকল্প রয়েছে।

আমি সম্মত হওয়ার জন্য কীভাবে একটি জি03 এবং একটি গেমস বি 3 এলওয়াইপি গণনা পেতে পারি?

বিভিন্ন সফ্টওয়্যার প্যাকেজগুলির বি 3 এলওয়াইপি ডিফল্ট বাস্তবায়ন এবং তাদের ক্ষমতাগুলির মধ্যে পার্থক্যগুলি কী, অর্থাত্ তাদের বি 3 এলওয়াইপি সংজ্ঞা / বাস্তবায়ন সামঞ্জস্য করা যায়?

উত্তর:


8

আইসিন ইতিমধ্যে আপনার প্রশ্নের অংশটির উত্তর দিয়েছেন। আমি আপনাকে গেমস (মার্কিন) সম্পর্কিত আরও কিছু তথ্য সরবরাহ করতে পারি।

গেমস (মার্কিন) কে বিএসএলওয়াইফের একই ধরণের 'গাউসিয়ান 03' জাতীয় ব্যবহার করা সম্ভব this এর জন্য আপনাকে আপনার প্রশ্নে ইতিমধ্যে উল্লিখিত হিসাবে "DFT = B3LYP1" উল্লেখ করতে হবে। এটি ভিডব্লিউএন সূত্র 1 আরপিএ স্থানীয় সংযোগের সাথে বি 3 এলওয়াইপি নির্বাচন করে যা আমার জ্ঞানের সর্বোত্তম, তারা অন্য কিছু প্রোগ্রামে ভিডাব্লুএন সূত্র III বলে যা তার সাথে মিল (যেমন গাউসিয়ান 03)।

অবশ্যই, উভয় প্রোগ্রামে একই কার্যকরী বাছাই করা অভিন্ন ফলাফল পাওয়ার একমাত্র প্রয়োজন নয়। কিছু অন্যান্য বিষয় বিবেচনা করতে হবে:

  • বেসিস সেট। উভয় প্রোগ্রামেই ঠিক একই বেস সেট ব্যবহার করতে হবে। আপনি যদি গাউসিতে কোনও অভ্যন্তরীণভাবে সঞ্চিত ভিত্তিক সেট ব্যবহার করছেন (যেমন, উদাহরণস্বরূপ, -3-1১ জি (ডি, পি)), আপনি রুশ বিভাগে জিএফআইএনপিউট কীওয়ার্ড যুক্ত করে গাউসিয়াকে বেস সেট বিশদটি মুদ্রণ করতে পারবেন। গেমস (মার্কিন) মুদ্রণের ভিত্তিতে এর প্রধান আউটপুটটিতে বিশদ সেট করে।

  • গ্রিড আকার. ডিফল্টরূপে, গাউসিয়ান 03 একটি (75,302) গ্রিড ব্যবহার করে যখন গেমস (মার্কিন) একটি (96,302) গ্রিড ব্যবহার করে। গাউসিতে গ্রিডের আকারটি আইএনটি কীওয়ার্ড দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হতে পারে। গেমস (মার্কিন) এ, আপনার $ ডিএফটি গ্রুপের এনআরএডি এবং এনএলইবি কীওয়ার্ডগুলি একবার দেখে নেওয়া উচিত। গ্রিডের ধরণটিও একটি পার্থক্য আনবে, তবে আমার জ্ঞানের সেরাটি গেমস (মার্কিন) এবং গাউসিয়ান একই ধরণের গ্রিড ব্যবহার করে।

  • ইন্টিগ্রাল কাট অফ। উভয় প্রোগ্রামই খুব ছোট অবিচ্ছেদ্য বিষয়গুলিকে অবহেলা করে, কারণ এটি নির্ভুলতার উপর উল্লেখযোগ্য প্রভাব না নিয়ে গণনার গতি বাড়িয়ে তুলবে। যাইহোক, দুটি প্রোগ্রামের মধ্যে কাটঅফের কারণগুলি পৃথক হতে পারে, যা কিছুটা ভিন্ন ফলাফলের দিকে নিয়ে যেতে পারে। গাউসিয়ান 03 এ, আপনি আইওপি (3/27) এর সাথে কাটফ্যাক্ট ফ্যাক্টরটি নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন। গেমস (মার্কিন) এ, আপনি ONT CONTRL এ ICUT কীওয়ার্ডটি ব্যবহার করতে পারেন।

  • এসসিএফ রূপান্তর। গাউসিয়ান সাধারণত এসসিএফ পদ্ধতির জন্য ইডিআইআইএস এবং সিডিআইআইএস ব্যবহার করে যখন গেমস (ইউএস) ডিআইআইএস বা এসওএসসিএফ ব্যবহার করে। উভয় পদ্ধতির একই সমাধানের দিকে একত্রিত হওয়া উচিত, যদি আপনার কেস ডিএফটি-তে খুব জটিল না হয়। যাইহোক, আপনি উভয় প্রোগ্রামের সাথে প্রাপ্ত শক্তিগুলি তুলনা করতে চাইলে আপনার খুব কড়া কনভার্জেন্সের মানদণ্ড নির্দিষ্ট করা উচিত।

  • জ্যামিতি অপ্টিমাইজেশনের ক্ষেত্রে: গাউসিয়ান এবং গেমস (মার্কিন) খুব আলাদা সমন্বিত সিস্টেম, জ্যামিতি অপ্টিমাইজার এবং রূপান্তর মানদণ্ড ব্যবহার করে। উভয় প্রোগ্রামকে ঠিক একই জ্যামিতিতে অনুকূল করা কঠিন, এমনকি এমনকি অসম্ভবও বটে।

আপনার বিবেচনায় নেওয়াতে অন্যান্য ছোট ছোট পার্থক্য থাকতে পারে। সম্ভবত হার্ট্রি-ফক গণনা দিয়ে শুরু করা ভাল এবং দেখুন যে দুটি প্রোগ্রাম একই এসসিএফ শক্তি অর্জন করে - এটি সমীকরণের বাইরে ফাংশনাল এবং ডিএফটি গ্রিডের মধ্যে পার্থক্য নেয়।

আশাকরি এটা সাহায্য করবে.


6

ম্যানুয়াল অনুসারে বি 3 এলওয়াইপি-র গাউসীয় বাস্তবায়ন ভিডাব্লুএন 3 ব্যবহার করে ।

এর পরিবর্তে গাউসিয়ানকে ভিডাব্লুএন 5 ব্যবহারযোগ্য করা কিছুটা জটিল, তবে রুট লাইনে নিম্নলিখিতটি সংযুক্ত করে স্পষ্টতই করা যেতে পারে:

  • bv5lyp - কোন কার্যকরী উপাদানগুলি নির্দিষ্ট করতে - বেক এক্সচেঞ্জ এবং ভিডব্লিউএন 5 স্থানীয়, এলওয়াইপি অ-স্থানীয় সম্পর্ক।
  • iop(3/76=1000002000) - 20% এইচএফ এক্সচেঞ্জ, প্লাস
  • iop(3/77=0720008000) - 72% বেক অ-স্থানীয় এক্সচেঞ্জ, এবং 80% স্লেটার লোকাল এক্সচেঞ্জ, প্লাস
  • iop(3/78=0810010000) - ৮১% এলওয়াইপি অ-স্থানীয় সম্পর্ক, এবং ভিএলএলপি ভিডাব্লুএন 5 স্থানীয় পারস্পরিক সম্পর্কের 100%।

(আপনি দেখতে পাচ্ছেন কেন লোকেরা কেন আইওপি কীওয়ার্ডটি ব্যবহার এড়াতে চেষ্টা করে)) এগুলি ব্যবহারের আরও তথ্য পূর্বোক্তটিতে রয়েছে 'ব্যবহারকারী-সংজ্ঞায়িত মডেলগুলি' এর অধীনে গাউসিয়ান ম্যানুয়ালটির ডিএফটি কীওয়ার্ড পৃষ্ঠায় রয়েছে

আমি গেমস-এর সাথে তেমন পরিচিত নই, তবে এটিতে B3LYP এর ভিডাব্লুএন 3 সংস্করণ ব্যবহার করার বিকল্প নেই বলে মনে হয় না, সুতরাং আপনি অন্যভাবে যেতে পারেন বলে মনে হয় না।

এগুলি এবং অন্যান্য প্যাকেজগুলির মধ্যে অভিযোজনযোগ্যতার জন্য, আমি জানি টার্বোমোল বি 3 এলওয়াইপি (ভিডাব্লুএন 5 ব্যবহার করে) এবং বি 3 এলওয়াইপ_গাউসিয়ান (ভিডাব্লুএন 3 ব্যবহার করে) উভয়কে তালিকাভুক্ত করেছে, এবং এডিএফের ম্যানুয়ালটিতে আপনি কেবল বি 3 এলওয়াইপি-র জন্য ভিডাব্লুএন 5 ব্যবহার করতে পারবেন তবে আপনি এইচএফ এর পরিমাণটি সন্ধান করতে পারেন আপনি যদি কিছু করতে চান তা বিনিময় করুন।


3

এনডাব্লুচেমের অন্তর্নির্মিত বি 3 এলওয়াইপি গৌসির, মডুলো গ্রিড এবং সহনশীলতার বিষয়গুলির সাথে থম এর উত্তরে উল্লিখিত একমত হওয়ার কথা। সুস্পষ্ট এক্সসি ইন্টারফেস ব্যবহার করে উপাদানগুলি সমর্থিত এমন কোনও কার্যকরী ফর্ম আপনি নির্ধারণ করতে পারেন: http://www.nwchem-sw.org/index.php/Density_Functional_Theory_for_Molecules#XC_and_DECOMP_--_Exchange-Crerelation_Potentials

আমি স্বীকার করেছি যে ইতিমধ্যে প্রশ্নের উত্তর দেওয়া হয়েছে তবে আমি সম্পূর্ণতার জন্য এনডাব্লুচেমের বিবরণ যুক্ত করতে চেয়েছি কারণ প্রশ্নটি গেমস = এনডাব্লুচেম = গউসিয়ান করার ইচ্ছাকে ইঙ্গিত করে।

পার্শ্ব নোট হিসাবে, ডাল্টন B3LYP এবং B3LYP-G সমর্থন করে। পরেরটি গাউসির সাথে সম্মত হন যদিও পূর্ববর্তীটি আরও প্রচলিত সংস্করণ যা গেমসের সাথে একমত হতে পারে।

আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.