আণবিক কম্পনগুলি কল্পনা করার জন্য কোন মুক্ত উত্স সরঞ্জামগুলি উপলব্ধ?

Question

আমি একটি আণবিক কম্পন যে ঠাহর করতে চাই না একটি স্বাভাবিক মোড। আমি গতিটির স্থির, ভেক্টোরিয়াল উপস্থাপনা উপস্থাপন করতে চাই এবং আমি ভেক্টর শৈলীতে (আকার, রঙ ইত্যাদি) কিছুটা নমনীয়তা চাই। আমি কম্পনের একটি ভিডিও তৈরি করতে আগ্রহী।

আণবিক কম্পন প্রদর্শন করার জন্য কিছু ভাল সংস্থানগুলি কী কী?

আমার পছন্দ ওপেন সোর্স সরঞ্জামগুলির জন্য, তবে আমি বাণিজ্যিক সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে বিনোদন উপস্থাপন করব যদি বিকল্পগুলির বিকল্পগুলি এটি আরও ভাল হয় তবে।

Comments

আমি বিশ্বাস করি vtk ওপেন সোর্স এবং বহুমুখিতা এবং ব্যবহারকারী-বন্ধুত্বের দিক থেকে এটি বেশ দুর্দান্ত।

— শুহাও কাও

Answer 1

আপনার ভিডিওর প্রয়োজনের জন্য কি পাইমল বা ভিএমডি উপযুক্ত সরঞ্জাম হতে পারে? (ভিএমডি কমপক্ষে টাকা / টিসিএল স্ক্রিপ্টিং বৈশিষ্ট্যগুলি অন্তর্ভুক্ত করে)) ভিএমডি ব্যবহার করার জন্য আপনার জ্যামিতির একটি পিডিবি-জাতীয় বিবরণ প্রয়োজন; এটি সম্ভবত পিমলের পক্ষেও যথেষ্ট হবে (তবে আমি পাইমল ব্যবহার করি নি, তাই সম্ভবত অন্য কেউ এ বিষয়ে মন্তব্য করতে পারে)।

Answer 2

আমি যেভাবে এটি করতাম সম্ভবত তা হ'ল:

1. আভোগাড্রোতে আণবিক জ্যামিতি রাখুন
2. আমার মতো দেখতে ভিউটি সেট আপ করুন
3. POVRay এ রফতানি করুন , রেন্ডারিং নয় বরং ইনপুট ফাইলটি রেখে দিন
4. POVRay ফাইলে কোন পরমাণু তা নিয়ে কাজ করুন
5. সিলিন্ডার এবং শঙ্কু ব্যবহার করে ভেক্টর যুক্ত করুন (সম্ভবত এটি ভ্যাক্টরটিকে আরও সহজ এবং দৃশ্যমানভাবে সামঞ্জস্যপূর্ণ করতে সংজ্ঞায়িত করতে ম্যাক্রো ব্যবহার করছেন)

অ্যাভোগাড্রো POVRay এবং ffmpeg ব্যবহার করে এক্সওয়াইজেড-ফর্ম্যাটড ইনপুটগুলির অনুক্রমগুলিও সরবরাহ করতে পারে তবে আমি এমন কিছু নয় যেহেতু আমি এই মুহুর্তে উইন্ডোজ ব্যবহার করছি এবং অ্যাভোগাড্রো যেখানে পোভারি এক্সিকিউটেবল তা নির্দিষ্ট করার বিকল্প নেই বলে মনে হচ্ছে যদি এটি আপনার পথে না থাকে is

আবার আপনি পাইথন আফিকোনাডো কিনা তা নির্ভর করে আপনি বিকল্পভাবে অ্যাভোগাড্রো পাইথন কনসোল ব্যবহার করে পরমাণুগুলিতে বাহিনী স্থাপন করতে সক্ষম হবেন এবং তারপরে অ্যাভোগাড্রোতে বলবাহী ভেক্টর প্রদর্শন ব্যবহার করতে পারবেন, তবে এটি আমি চেষ্টা করেছি এমন কিছু নয়।

আমি কোনও পুরোপুরি সুবিধাজনক সরঞ্জাম সম্পর্কে অবগত নই যা আপনাকে কম্পনের পরামিতিগুলি সরাসরি রাখতে দেয় এবং এগুলি দৃশ্যমান করতে বা সঞ্জীবিত করতে দেয়।

Answer 3

একটি নতুন ভিএমডি প্লাগইন এনএমউইজ রয়েছে যা সহায়ক হতে পারে। এনএমউইজ এর অর্থ নরমাল মোড উইজার্ড, তবে এটি কোনও কম্পনের বর্ণনা দেয় এমন কোনও ভেক্টরকে ভিজ্যুয়ালাইজ করতে সহায়তা করবে। এনএমউইজ ভিএমডি এর সর্বশেষ সংস্করণে পাওয়া যায়, 1.9.1, যা এখন বিটা টেস্টিং।

এনএমউইজের জন্য ইনপুট ফাইল ফর্ম্যাটটি একটি সাধারণ যা এনএমডি নামে পরিচিত । স্থানাঙ্কের জন্য একটি লাইন এবং আপনার ভেক্টরের জন্য অন্য লাইন যথেষ্ট। আপনি তীরগুলি, স্কেল, আকার পরিবর্তন, আপনার পছন্দ মতো রঙ করতে পারেন। এটি ফ্লাইটিতে একটি ট্র্যাজেক্টরি তৈরি করে অ্যানিমেশন (কম্পন) তৈরি করতে পারে এবং ভিএমডি ব্যবহার করে আপনি এটি থেকে একটি উচ্চ মানের চলচ্চিত্র তৈরি করতে পারেন।

Answer 4

আমি এই কাজের জন্য প্রস্তুত রেডিমেড ("পয়েন্ট-ও-ক্লিক") সরঞ্জাম সম্পর্কে অবগত নই। তবে এর সংমিশ্রণটি ব্যবহার করে

1. একটি সংক্ষিপ্ত পাইথন স্ক্রিপ্ট
2. আনবিক মডেলিং টুলকিট
3. চিমেরা বা ভিএমডি

পাইথনের কিছু জ্ঞান দিলে আপনি খুব ভাল ফলাফল পেতে পারেন। প্রকৃতপক্ষে, একটি খুব অনুরূপ স্ক্রিপ্ট মলিকুলার মডেলিং টুলকিট সহ একটি উদাহরণ হিসাবে সরবরাহ করা হয়। উদাহরণ / ভিজ্যুয়ালাইজেশন / ভেক্টর_ফিল্ড_চিমেরা.পি বা উদাহরণ / ভিজুয়ালাইজেশন / ভেক্টর_ফিল্ড_ভিএমডি.পি দেখুন। স্ক্রিপ্টটিতে আপনার কম্পনের ডেটা পেতে যা কিছু লাগে তার দ্বারা আপনাকে সাধারণ মোড গণনা প্রতিস্থাপন করতে হবে।

Answer 5

আপনি কি মুল্কেলকে দেখেছেন ? আপনার যদি কেবল (কম-ভগ্নাংশ) কম্পনের সুপারপজিশনগুলির প্রয়োজন হয়, মোলকেলে আপনার প্রয়োজনীয়তা পূরণ করতে হবে।

Answer 6

এনডাব্লুচেমে xyz স্থানাঙ্কের একটি তালিকা একটি সিনেমায় রূপান্তর করার জন্য একটি স্ক্রিপ্ট অন্তর্ভুক্ত করেছে। এনডাব্লুচেম অ্যাপাচি-স্টাইল লাইসেন্সের আওতায় রয়েছে যাতে আপনি নিজের পছন্দ মতো পুনরায় ব্যবহার করতে পারেন।

আণবিক কম্পনগুলির দৃশ্যধারণের জন্য, আমি মোলডেন, ইসিসিই, অ্যাভোগাড্রো এবং জেমল ব্যবহার করি। সকলেই ওএসএস (ইসিসিই মাত্র সম্প্রতি)। আপনি যা চান তা করতে আপনি তাদের হ্যাক করতে সক্ষম হতে পারেন।