আর ব্যবহার করে পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণা সম্পূর্ণরূপে উদাহরণ

Question

প্রশ্ন: নিখরচায় অনলাইনে উপলব্ধ যে আর ব্যবহার করে পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণার কোনও ভাল উদাহরণ আছে ?

আদর্শ উদাহরণ: বিশেষত আদর্শ উদাহরণগুলি প্রদান করবে:

• কাঁচা ডেটা (এবং আদর্শভাবে ডেটা ব্যাখ্যা করে মেটা ডেটা),
• ডেটা আমদানি, প্রক্রিয়াকরণ, বিশ্লেষণ এবং আউটপুট উত্পাদন সহ সমস্ত আর কোড,
• চূড়ান্ত আউটপুটটিকে চূড়ান্ত নথির সাথে সংযুক্ত করার জন্য সোয়েভ বা অন্য কোনও পদ্ধতি,
• এমন একটি ফর্ম্যাট যা সহজেই ডাউনলোডযোগ্য এবং পাঠকের কম্পিউটারে সংকলনযোগ্য in

আদর্শভাবে, উদাহরণটি হ'ল জার্নাল নিবন্ধ বা একটি থিসিস যেখানে স্ট্যাটিস্টিকাল শিক্ষার উদাহরণের বিপরীতে প্রকৃত প্রয়োগ হওয়া বিষয়ের উপর জোর দেওয়া হয়।

আগ্রহের কারণ: আমি জার্নাল নিবন্ধ এবং থিসগুলিতে প্রয়োগিত বিষয়গুলিতে বিশেষভাবে আগ্রহী, কারণ এই পরিস্থিতিতে বেশ কয়েকটি অতিরিক্ত সমস্যা দেখা দেয়:

• ডেটা পরিষ্কার এবং প্রক্রিয়াজাতকরণ সম্পর্কিত সমস্যাগুলি দেখা দেয়,
• মেটাডেটা পরিচালনা সম্পর্কিত সমস্যাগুলি দেখা দেয়,
• জার্নাল এবং থিসগুলির প্রায়শই সারণী এবং চিত্রগুলির উপস্থিতি এবং ফর্ম্যাট সম্পর্কিত স্টাইল গাইড প্রত্যাশা থাকে
• অনেক জার্নাল এবং থিসিতে প্রায়শই বিশ্লেষণের বিস্তৃত পরিসীমা থাকে যা ওয়ার্কফ্লো সম্পর্কিত সমস্যা উত্থাপন করে (যেমন, কীভাবে বিশ্লেষণগুলি সিকোয়েন্স করতে হবে) এবং প্রক্রিয়াকরণের সময় (যেমন, ক্যাশে বিশ্লেষণের বিষয়গুলি ইত্যাদি)।

পরিপূর্ণ কাজের উদাহরণগুলি দেখে গবেষকরা পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণা দিয়ে শুরু করার জন্য ভাল শিক্ষামূলক উপাদান সরবরাহ করতে পারে।

Answer 1

ফ্র্যাঙ্ক হ্যারেল বহু বছর, বহু বছর ধরে প্রজননযোগ্য গবেষণা এবং রিপোর্টগুলিতে ড্রাম মারছেন। আপনি এই উইকি পৃষ্ঠায় শুরু করতে পারেন যা প্রকাশিত গবেষণা সহ প্রচুর অন্যান্য সংস্থানগুলি তালিকাভুক্ত করে এবং চার্লস জিয়েরের পৃষ্ঠাটিও অন্তর্ভুক্ত করে।

Answer 2

বায়োস্ট্যাটিক্সস জার্নালটিতে প্রজননযোগ্যতার জন্য একটি সহযোগী সম্পাদক রয়েছে এবং এর সমস্ত নিবন্ধ চিহ্নিত করা হয়েছে:

প্রজননযোগ্য গবেষণা

আমাদের পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণা নীতিটি জার্নালে থাকা কাগজপত্রকে ঘুড়ি চিহ্নিত ডি করার জন্য, যদি তারা যে তথ্যের উপর ভিত্তি করে থাকে সেগুলি নিখরচায়ভাবে উপলব্ধ থাকে, লেখকদের কোড অবাধে উপলভ্য থাকে এবং আর যদি উভয় ডেটা এবং কোড উপলব্ধ থাকে এবং আমাদের প্রজননযোগ্যতার জন্য সহযোগী সম্পাদক কাগজে ফলাফলগুলি পুনরুত্পাদন করতে এগুলি ব্যবহার করতে সক্ষম হন। তথ্য এবং কোড জার্নালের ওয়েবসাইটে পরিপূরক পদার্থ হিসাবে বৈদ্যুতিনভাবে প্রকাশিত হয়।

http://biostatistics.oxfordjournals.org/

এটা কতটা ভাল ধারণা?

http://biostatics.oxfordjournals.org/content/12/1/18.abstract পরিপূরকগুলিতে একটি আর প্যাকেজ নিয়ে আসে যা বিশ্লেষণ করে - এটি নিজে চেষ্টা করে দেখিনি। এছাড়াও, উন্মুক্ততার রেটিং কোথায় নির্দিষ্ট করা হয়েছে তা সন্ধান করতে পারছি না। সহযোগী সম্পাদককে কিছু প্রশ্ন সহ ইমেল করছি ...

[সম্পাদনা]

সহযোগী সম্পাদক রজার পেং আমাকে বলেছে সম্ভবত পিডিএফ না পেয়ে পুনরুত্পাদনযোগ্য কাগজপত্র সন্ধানের কোনও উপায় নেই। পুনরুত্পাদনযোগ্যতার জন্য তিনি আমাকে এটি দেখিয়েছিলেন যার উপরে একটি দুর্দান্ত বড় 'আর' রয়েছে (যার অর্থ আর মুভিগুলির মতো আর-রেট নয়):

http://biostatistics.oxfordjournals.org/content/10/3/409.abstract

অবশ্যই জার্নালটি নিখরচায় নয় ... # ব্যর্থ

ব্যারি

Comments

প্রজননযোগ্যতা অগ্রাধিকার জার্নাল দেখতে দুর্দান্ত। আপনি আর চিহ্নিত চিহ্নিত নিবন্ধগুলির কোনও ভাল উদাহরণ দেখেছেন?

— জেরোমি অ্যাংলিম

তারা প্রকাশের জন্য এটিকে অগ্রাধিকার দেয় না, আমি মনে করি তারা কেবল এটি হাইলাইট করতে চায়। আমি একটি উত্তর দিয়ে আমার উত্তর সম্পাদনা করব।

— স্পেসডম্যান

Answer 3

কেমোথেরাপির এনসিআই 60 প্রেডিকটারগুলির অপ্রতিরোধ্যতা

এটি একটি পুনরুত্পাদনযোগ্য বিশ্লেষণ যা খবরে প্রকাশিত হয়েছে এমন একটি কাগজের পুনরুত্পাদনযোগ্যতার অভাবকে দেখায়। অপ্রত্যাশিত কাগজের মিথ্যা উপসংহারের ভিত্তিতে একটি ক্লিনিকাল ট্রায়াল স্থগিত করা হয়েছিল, পুনরায় তদন্ত করা হয়েছিল, আবার স্থগিত করা হয়েছিল, ... এটি সংবাদে পুনরুত্পাদনযোগ্য বিশ্লেষণের একটি ভাল উদাহরণ।

Answer 4

আমার গবেষণামূলক কাগজের পৃষ্ঠায় আমার এরকম কয়েকটি উদাহরণ রয়েছে । (নতুন সদস্য হিসাবে আমাকে একাধিক হাইপারলিংক পোস্ট করার অনুমতি নেই So সুতরাং আমি কেবলমাত্র সেই ওয়েবসাইটে থাকা কাগজপত্রগুলি বর্ণনা করব))

(1) "র্যান্ডমাইজড এক্সপেরিমেন্টসে ইফেক্ট ম্যানিফেস্ট মেকিং" আর এর ভিগনেট সিস্টেম ব্যবহার করে।

(২) "একটি ক্লাস্টার এলোমেলোভাবে প্রভাবগুলি এলোমেলোভাবে গেট-আউট-দ্য-ভোট প্রচারে" কিছু সময় ব্যয়কারী সিমুলেশনগুলির সাথে জড়িত একটি আরও জটিল কাগজ। আমরা একটি মেকফাইল ভিত্তিক সিস্টেম ব্যবহার করেছি এবং এটি ডেটাওয়াসারে পোস্ট করেছি

(3) "এইচএলএম এর জন্য ইডিএ" আমার প্রথমতম প্রচেষ্টা ছিল। এখানে আমি কেবল একটি টারবলে ডেটা এবং সম্পর্কিত সোয়েভ ফাইল রেখেছি।

আমাদের জাসা সংরক্ষণাগারটি তৈরি করার সময় আমরা যে সমস্যাটি আবিষ্কার করেছি তা হ'ল সিআরএন প্যাকেজগুলির সংস্করণ এবং ডিফল্ট পরিবর্তন হয়েছিল। সুতরাং, সেই সংরক্ষণাগারে, আমরা যে প্যাকেজগুলি ব্যবহার করি সেগুলির সংস্করণগুলিও অন্তর্ভুক্ত করি। লোকেরা তাদের প্যাকেজ পরিবর্তন করার সাথে সাথে সম্ভবত উইগনেট ভিত্তিক সিস্টেমটি ভেঙে যাবে (প্যাকেজটির মধ্যে কীভাবে অতিরিক্ত প্যাকেজ অন্তর্ভুক্ত করা যায় তা নিশ্চিত নয়) Comp

অবশেষে, আমি নিজেই যখন আর নিজেই পরিবর্তন হয় তখন কী করতে হবে তা নিয়ে আমি ভাবছি। বলার মতো কোনও ভার্চুয়াল মেশিন উত্পাদন করার কোনও উপায় আছে যা একটি কাগজের জন্য ব্যবহৃত সমস্ত কম্পিউটারের পরিবেশকে পুনরায় উত্পাদন করে যে ভার্চুয়াল মেশিনটি বিপুল নয়?

যাইহোক, আমি আশা করি যে এই উদাহরণগুলি সাহায্য করবে। কমপক্ষে তারা এই ক্ষেত্রে আমার নিজস্ব কিছু পরীক্ষা-নিরীক্ষা দেখায়।

(এখানে কিছু সাধারণ পাঠ্য হাইপারলিঙ্কস রয়েছে))

  [২]: http://jakeboers.org/manifesteffects-compendium-howto.txt
  [3]: http://hdl.handle.net/1902.1/12174
  [4]: http://hdl.handle.net/1902.1/13376

Comments

আপনি কিছু আকর্ষণীয় প্রশ্ন উত্থাপন। : আমি একটি আলাদা প্রশ্ন উদ্ধৃত পোস্ট করেছেন stats.stackexchange.com/questions/4466/...

— Jeromy Anglim

Answer 5

কোয়েঙ্কার এবং জেইলিস অপেক্ষাকৃত সম্পূর্ণ উদাহরণ সহ একটি ওয়েবপৃষ্ঠা সরবরাহ করে। তারা ভাগ:

• আরএনডব্লু (সোয়েভ কোড)
• বিশ্লেষণ কোড
• ফাইনাল পিডিএফ
• সংস্করণ নিয়ন্ত্রণ বিষয় নিয়ে আলোচনা

Answer 6

মাইক্রোআরাই ডেটা বিশ্লেষণ করার সময় আমরা কীভাবে আর / বায়োকন্ডাক্টর ব্যবহার করব তা ব্যাখ্যা করে একটি কাগজ লিখেছিলাম। কাগজ সোয়েভে লেখা ছিল এবং গ্রাফ তৈরি করতে ব্যবহৃত সমস্ত কোড পরিপূরক উপাদান হিসাবে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।

গিলেস্পি, সিএস, লেই, জি।, বয়েজস, আরজে, গ্রিনাল, এজে, উইলকিনসন, ডিজে, ২০১০. বায়ো কন্ডাক্টর ব্যবহার করে ইস্ট টাইম কোর্স মাইক্রোয়ারে ডেটা বিশ্লেষণ: ইস্ট 2 অ্যাফাইমেট্রিক্স অ্যারে বিএমসি গবেষণা নোটস ব্যবহার করে একটি কেস স্টাডি , 3:81।

Answer 7

সোয়েভে চার্লস জিয়েরের পৃষ্ঠার একটি থিসিসের একটি উদাহরণ রয়েছে, যা আপনার কিছু প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে (কাঁচা তথ্য কেবল একটি আর প্যাকেজ থেকে পাওয়া যায় তবে আর / সোয়েভ কোড এবং চূড়ান্ত পিডিএফ পাওয়া যায়):

ইউন জু সুংয়ের থিসিসের তত্ত্ব সম্পর্কিত একটি গবেষণাপত্রে, মন্টে কার্লো সম্ভাব্যতা ইনফারেন্স ফর মিসিং ডেটা মডেলগুলি (প্রিপ্রিন্ট) কম্পিউটারের উদাহরণ রয়েছে। কাগজের প্রতিটি নম্বর এবং প্রতিটি প্লট সোয়েভে করা একটি "পরিপূরক উপকরণ" নথি থেকে (কাট-পেস্ট করে, আমাকে স্বীকার করতে হবে) নেওয়া হয়েছিল।

( উত্স ফাইলটি "একটি কাগজের জন্য পরিপূরক উপকরণ" বিভাগের অধীনে লিঙ্কযুক্ত is)

আমি জানি আমি এর আগে ReproducibleResearch.net উপাদান পৃষ্ঠাটি ব্রাউজ করে কমপক্ষে একটি আর উদাহরণ পেয়েছি , তবে দুর্ভাগ্যক্রমে এটি বুকমার্ক করে নি।

Answer 8

সাইমন জ্যাকম্যানের একটি সমীক্ষার ফলাফল বিশ্লেষণের একটি বিশেষ উদাহরণ রয়েছে: "আমেরিকান এবং অস্ট্রেলিয়ানরা 9/11 এর 10 বছর পরে"। এটিতে সারণী এবং চিত্রগুলি একীকরণের একাধিক উদাহরণ রয়েছে।

তিনি এই ব্লগ পোস্টের মাধ্যমে সোয়েভ নথি এবং পিডিএফ প্রতিবেদন তৈরি করেছেন ।

যদিও কাঁচা তথ্য সরবরাহ করা হয়নি (যতদূর আমি বলতে পারি), সুতরাং এটি সোয়েভ উদাহরণগুলি চালানো সম্ভব নয়, আমি মনে করি সোয়েভ কোড অধ্যয়ন করার মাধ্যমে একটি সামান্য কিছু শেখা যায়।

Answer 9

নীল স্যান্ডার্স একটি সম্মেলনের সাথে যুক্ত অনলাইন ইন্টারঅ্যাকশন বিশ্লেষণ করেছেন। বেশ কয়েকটি বৈশিষ্ট্য যা এটিকে দরকারী সোয়েভ উদাহরণ হিসাবে অন্তর্ভুক্ত করে:

• Rnw ফাইল সরবরাহ করা হয়
• গ্রাফ ব্যবহার করে উত্পন্ন হয় ggplot
• ভাল আকার এবং সহজে বোধগম্য ডোমেন

উপকরণগুলি এখানে পাওয়া যায়:

• ব্লগ পোস্ট
• গিথুব সংগ্রহস্থল
• গিথুবে আরএনডাব্লু ফাইল

Answer 10

এছাড়াও তাকান পরিসংখ্যানগত সফটওয়্যার জার্নাল ; তারা সোয়েভে কাগজপত্র তৈরি করতে উত্সাহ দেয়।

Comments

না, আনুষ্ঠানিকভাবে নয় - ল্যাটেক্স জমা দেওয়ার জন্য উত্সাহ দেওয়া হয় তবে আপনি যদি নির্দেশের পৃষ্ঠাটি দেখেন তবে এতে সোয়েভ শব্দটি নেই। লেখকরা এটি ব্যবহার করেন এবং / অথবা কাগজটি দিয়ে আর কোডটি শিপ করেন তবে আমার কাছে প্যাকেজ ভিগনেট সম্পর্কে এই ইকো শেনের বক্তব্য।

— ডিস্ক এডেলবুয়েটেল

ঠিক আছে, এখনও বেশিরভাগ সাবমিটাররা এটি ব্যবহার করে (এছাড়াও জার্নাল স্টাইলে সোয়েভ.স্টাই অন্তর্ভুক্ত); মূল সমস্যাটি হ'ল কোনও রনউজ প্রকাশিত হয়নি, এখনও সোয়েভের তৈরি কাগজপত্র স্ট্যাংলে আউটপুট নিয়ে আসে।

Answer 11

আমি অতীতে ভাল পেয়েছি এবং একবার তাদের খনন করার পরে পোস্ট করব তবে কিছু দ্রুত সাধারণ পরামর্শ:

1. আপনি কীওয়ার্ড এবং ext: rnw (যা সোয়েভ এক্সটেনশানযুক্ত ফাইলগুলির সন্ধান করবে) সহ গুগল অনুসন্ধান করে কিছু আকর্ষণীয় উদাহরণ পেতে সক্ষম হতে পারেন search এখানে একটি উদাহরণ অনুসন্ধান । এটি আমার অনুসন্ধান থেকে তৃতীয় ফলাফল: http://www.ne.su.se/paper/araietal_source.Rnw । আমার অনুসন্ধান থেকে এখানে আরও একটি উদাহরণ: http://www.stat.umn.edu/geyer/gdor/ ।
2. অনেকগুলি R প্যাকেজগুলিতে আকর্ষণীয় ভিগনেট রয়েছে যা মূলত একই জিনিসটির সমান। একটি উদাহরণ: https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/paper/maxLik.Rnw

Answer 12

রবার্ট জেন্টলম্যান "প্রজননযোগ্য গবেষণা: একটি বায়োইনফরম্যাটিকস কেস স্টাডি" নামে একটি নিবন্ধ লিখেছিলেন

এটি আর প্যাকেজ হিসাবে বিশ্লেষণের একটি সংক্ষিপ্ত সেট প্রয়োগ করে এবং সোয়েভ ব্যবহার করে। এটি আরও সাধারণভাবে সোয়েভ ব্যবহার সম্পর্কে আলোচনা করে।

ব্যবহৃত সমস্ত ফাইল এবং ফোল্ডারগুলির সংরক্ষণাগার ফাইলের জন্য নিবন্ধ পৃষ্ঠার "সম্পর্কিত ফাইলগুলি" বিভাগটি দেখুন ।

রেফারেন্স:

• জেন্টলম্যান, রবার্ট (2005) "পুনরুত্পাদনযোগ্য গবেষণা: একটি বায়োইনফরম্যাটিকস কেস স্টাডি," জেনেটিক্স এবং মলিকুলার বায়োলজিতে পরিসংখ্যান প্রয়োগসমূহ: খণ্ড। 4: ইস্যু। 1, ধারা 2।
• ডিওআই: 10.2202 / 1544-6115.1034
• উপলভ্য: http://www.bepress.com/sagmb/vol4/iss1/art2

Answer 13

http://genome.cshlp.org/content/early/2011/06/09/gr.117523.110/suppl/DC1

আমার একটি ল্যাব সাথীর দ্বারা একটি দুর্দান্ত কাগজ। আমাদের পিআই খুব খুশি হয়েছিল যখন এর জন্য ফ্যান মেলের সদৃশ কিছু উপস্থিত হয়েছিল। এখন গ্রুপটির সমস্ত প্রকাশনাগুলি লটেক্স / সোয়েভের পরিপূরক পদ্ধতি রয়েছে। কিছু কাগজপত্রও (লাইএক্স / সোয়েভের ক্ষেত্রে আমার রাখবেন বা ভাঁজ এবং কেবল সোয়েভের পরিপূরকগুলি করবেন কিনা তা সিদ্ধান্ত নিতে পারে না)।

Answer 14

উদাহরণ এবং অনুশীলনগুলির সন্ধান করা শেখার একটি ভাল উপায়, তবে আমি কেবল উল্লেখ করতে চেয়েছিলাম যে প্রজননযোগ্যতা কেবল প্রযুক্তিগত / স্ক্রিপ্ট পুনর্নির্মাণের দিকই নয়, কোড শৈলী এবং কাঠামোগত দিক, মূল কার্যাদিগুলিতে পার্শ্ব প্রতিক্রিয়া হ্রাস করা ইত্যাদিও আমি ব্যক্তিগতভাবে খুঁজে পেয়েছি found ডেটা বিশ্লেষণের জন্য চেম্বারস বইয়ের সফ্টওয়্যার আরও গভীরভাবে কৌশলগুলি বুঝতে সহায়তা করে যা আর কোড স্তরে নির্ভরযোগ্যতা এবং পুনরুত্পাদনযোগ্যতা সমস্যাগুলি এড়াতে সহায়তা করে।

Answer 15

যদি এখনও একটি সম্পূর্ণরূপে গঠনকর বিশ্লেষণ প্লাস একটি কাগজ একটি বড় উদাহরণ প্রয়োজন, ব্যবহার এই রেপো ।

@ Jscamac তার বিশ্লেষণকে অগ্রণীযোগ্য করে একটি দুর্দান্ত কাজ করেছে এবং আমি ব্যক্তিগতভাবে এটিকে বৈধতা দিয়েছি।

remakeপুনরুত্পাদনযোগ্যতা নিশ্চিত করতে আপনি কীভাবে প্যাকেজের মতো নির্দিষ্ট নির্দিষ্ট ফাংশন ব্যবহার করবেন তা ঝুঁকতে পারেন।

দেখুন / গণনাগুলি সম্পূর্ণ হতে এক ঘন্টা সময় নেয়।

এটি সমস্ত স্ক্রিপ্টযুক্ত এবং পরিসংখ্যান সহ শেষ পর্যন্ত একটি ল্যাকেক্স পেপার তৈরি করে।