মার্কভ চেইন এবং লুকানো মার্কভ মডেলগুলি শেখার সংস্থানগুলি


57

আমি মার্কভ চেইন এবং এইচএমএম সম্পর্কে জানতে সংস্থানসমূহ (টিউটোরিয়াল, পাঠ্যপুস্তক, ওয়েবকাস্ট ইত্যাদি) সন্ধান করছি। আমার ব্যাকগ্রাউন্ড একজন জীববিজ্ঞানী হিসাবে রয়েছে এবং আমি বর্তমানে বায়োইনফরম্যাটিকস সম্পর্কিত প্রকল্পে জড়িত।

এছাড়াও, মার্কোভ মডেল এবং এইচএমএম সম্পর্কে আমার যথেষ্ট পরিমাণে বোঝার জন্য প্রয়োজনীয় গাণিতিক পটভূমি কী কী?

আমি গুগল ব্যবহার করে প্রায় ঘুরে দেখছি তবে, এখনও পর্যন্ত আমি একটি ভাল প্রারম্ভিক টিউটোরিয়াল খুঁজে পাইনি। আমি নিশ্চিত যে এখানে কেউ আরও ভাল জানেন।


2
সঠিক উত্তর না থাকায় সম্ভবত আপনার পোস্টটিকে সম্প্রদায় উইকি করা উচিত।
csgillespie

1
আমি সবেমাত্র এটিকে রূপান্তর করেছি।

উত্তর:


19

এখানে কয়েকটি টিউটোরিয়াল (পিডিএফ হিসাবে উপলব্ধ):

  1. দুগাদ ও দেশাই, লুকানো মার্কভ মডেলগুলির একটি টিউটোরিয়াল
  2. ভ্যালেরিয়া ডি ফঞ্জো 1, ফিলিপো আলুফি-পেন্টিনি 2 এবং ভ্যালারিও প্যারাসি (2007)। বায়োইনফরমেটিক্সে লুকানো মার্কভ মডেলবর্তমান বায়োইনফরম্যাটিকস , 2 , 49-61।
  3. স্মিথ, কে। হিডেন মার্কভ মডেলগুলি বায়োইনফরম্যাটিকসে অ্যাপ্লিকেশন টু জিন ফাইন্ডিং ইন হিউম্যান ডিএনএ-তে

বায়োকন্ডাক্টর টিউটোরিয়ালও একবার দেখুন ।

আমি ধরে নিচ্ছি আপনি বিনামূল্যে সংস্থান চান; অন্যথায়, পোলানস্কি এবং কিমেল (স্প্রঞ্জার, 2007) এর বায়োইনফরম্যাটিক্স একটি সুন্দর ওভারভিউ (.82.8-2.9) এবং অ্যাপ্লিকেশনগুলি (দ্বিতীয় খণ্ড) সরবরাহ করে।


12

অলিভার ক্যাপে এবং একটি সত্যই ভাল বই আছে। আল: লুকানো মার্কভ মডেলগুলিতে অনুমান । তবে এটি অ্যাপ্লিকেশনগুলিতে মোটামুটি তাত্ত্বিক এবং খুব হালকা।

আর-তে উদাহরণ সহ আরও একটি বই রয়েছে, তবে আমি এটি দাঁড়াতে পারিনি - টাইম সিরিজের জন্য লুকানো মার্কভ মডেল

পিএস ভাষণ স্বীকৃতি সম্প্রদায়েরও এই বিষয়টিতে প্রচুর সাহিত্য রয়েছে।


8

এটি অবাক করে দেখতে পেলাম যে উত্তরের কোনওটিতেই এইচএমএস-রবিনার টিউটোরিয়াল কাগজ উল্লেখ নেই ।

ব্যবহারিক বাস্তবায়ন (কাগজের শেষ অংশ) বক্তৃতার স্বীকৃতির দিকে দৃষ্টি নিবদ্ধ করা হলেও এই কাগজটি সম্ভবত এইচএমএম সাহিত্যে সবচেয়ে সাধারণভাবে উদ্ধৃত হয়েছে, এটি পরিষ্কার এবং সুস্পষ্টভাবে উপস্থাপিত প্রকৃতির জন্য ধন্যবাদ।

এটি মার্কভ চেইনগুলি পরিচয় করিয়ে শুরু হয় এবং তারপরে এইচএমএসগুলিতে চলে যায়।


5

বায়োইনফরম্যাটিক্স অ্যাপ্লিকেশনগুলির জন্য, এইচএমএমগুলিতে ক্লাসিক পাঠ্য হবে ডুর্বিন, এডি, ক্রু এবং মিশিগন, " জৈবিক সিকোয়েন্স অ্যানালাইসিস - প্রোটিন এবং নিউক্লিক অ্যাসিডের সম্ভাব্য মডেল", কেমব্রিজ ইউনিভার্সিটি প্রেস, 1998, আইএসবিএন 0-521-62971-3। এটি প্রযুক্তিগত, তবে খুব পরিষ্কার এবং আমি এটি খুব দরকারী বলে মনে করি।

এমসিএমসির জন্য রবার্ট এবং ক্যাসেলার একটি সাম্প্রতিক (সংস্করণ) বই রয়েছে, " মন্টে কার্লো পদ্ধতিগুলি আর-এর সাথে পরিচয় করিয়ে দিচ্ছি " , স্প্রিংগার, যা দেখতে ভাল লাগছে, তবে এখনও এটি পড়ার সুযোগ পাইনি (উদাহরণস্বরূপ আর ব্যবহার করে, যা শেখার একটি ভাল উপায় তবে আমার প্রথমে আর শিখতে হবে; ও)


5

ইতিমধ্যে সুন্দর পরামর্শ, আমি নীচের নিবন্ধগুলি যোগ করতে চাই যা শান এডি দ্বারা জীববিজ্ঞানের প্রয়োগের দৃষ্টিকোণ থেকে এইচএমএমগুলি বর্ণনা করে।


5

আমি ওয়াল্টার জুচিনি এবং আইইন এল। ম্যাকডোনাল্ডের দুর্দান্ত বইটি ব্যবহার করে এইচএমএমগুলি শিখেছি

সময় সিরিজের জন্য লুকানো মার্কভ মডেল: আর ব্যবহার করে একটি পরিচিতি

এটি সত্যই ভাল এবং আর এর উদাহরণগুলি দেখায়


3

কটাক্ষপাত (HMM) মতলব জন্য টুলবক্স কেভিন মারফি দ্বারা এবং অধ্যায় প্রস্তাবিত HMMs উপর পড়া এই সাইটে।

আপনি মার্কোভ চেইনস এবং এইচএমএম ব্যবহারের কয়েকটি উদাহরণ সহ মতলব / অষ্টাভের জন্য প্রাবিলিস্টিক মডেলিংয়ের সরঞ্জামকিটটিও পেতে পারেন ।

আপনি এইচএমএম-তে বক্তৃতা এবং ল্যাবগুলিও খুঁজে পেতে পারেন, উদাহরণস্বরূপ:



3

এখানে প্রিন্সটনের রামন ভ্যান হ্যান্ডেলের কয়েকটি নোট রয়েছে :

এই কোর্সটি লুকানো মার্কোভ মডেলগুলির কয়েকটি বুনিয়াদি গাণিতিক, পরিসংখ্যান এবং গণনার পদ্ধতিগুলির একটি ভূমিকা introduction

প্রথম বিভাগে জীববিজ্ঞান, অর্থ, ...


2

এখানে মার্কোভ চেইনগুলির একটি সুন্দর ইন্টারেক্টিভ ভূমিকা http://setosa.io/ev/markov-chains/


প্রশ্নটি যেহেতু মার্কভ চেইনগুলি শেখার জন্য সংস্থানগুলির জন্য জিজ্ঞাসা করছে, তাই একটি টিউটোরিয়ালটির লিঙ্কটি এখানে উপযুক্ত - এটি এমন একটি ক্ষেত্রে যেখানে আমরা আপনার উত্তরটি স্ব-অন্তর্নিহিত হওয়ার আশা করি না এবং লিঙ্কের বিষয়বস্তুগুলি সম্পূর্ণরূপে সংক্ষিপ্ত করার চেষ্টা করি না would - তবে আপনি যদি এই সংস্থানটি কীভাবে বিভক্ত করেন তবে উদাহরণস্বরূপ এটি কোন স্তরের (কোনও গাণিতিক পূর্বশর্ত?) কী কী বিষয় অন্তর্ভুক্ত করে তার সংক্ষিপ্ত বিবরণের সাথে আপনি যদি লিঙ্কটির সাথে থাকতে পারেন তবে এটি আরও ভাল।
সিলভারফিশ 18

0

লুকানো মার্কভ মডেলের পিছনে গণিত বোঝার জন্য আমি কেবলমাত্র 3 টি ভিডিও পেয়েছি-

https://www.youtube.com/watch?v=E3qrns5f3Fw
https://www.youtube.com/watch?v=cjlhpaDXihE
https://www.youtube.com/watch?v=5sGEF-e82yY

এগুলি সত্যিই ভাল এবং আইআইটি কেজিআর-এর সেরা ভারতীয় অধ্যাপকরা শেখিয়েছেন।

আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.