জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে প্রধান উপাদানগুলি কী কী?

Question

ইন জিনোম-যে ব্যাপক চর্চা (GWAS):

1. প্রধান উপাদানগুলি কী কী?
2. কেন তারা ব্যবহার করা হয়?
3. তারা কিভাবে গণনা করা হয়?
4. পিসিএ ব্যবহার না করে জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি করা যেতে পারে?

Comments

এই প্রশ্নগুলি জিজ্ঞাসা করার আগে, আপনি "পিসিএ" এর জন্য এই সাইটটি অনুসন্ধান করেছিলেন বা "পিসিএ" ট্যাগটি অন্বেষণ করেছেন? আপনার বেশিরভাগ প্রশ্নের উত্তর ইতিমধ্যে সেখানে দেওয়া আছে।

— হোবার

@ যেহেতু আমি মনে করি যে প্রদত্ত ফলাফল (অবিচ্ছিন্ন ফিনোটাইপ বা কেস / নিয়ন্ত্রণ স্টাডি) এবং ডিএনএ মার্কার্স (এসএনপি) মডেলিংয়ের সময় ওপি পিসিএর হিসাবরক্ষণের জন্য এবং জনসংখ্যা স্তরের জন্য সামঞ্জস্য করার উপায় হিসাবে ব্যবহারের সন্ধান করছে। আমি এখানে একটি রেফারেন্স দিয়েছি: stats.stackexchange.com/questions/1708/variation-in-pca-weights/… ।

— সিএল

GWAS অবশ্যই মূল উপাদানগুলি ছাড়া করা যেতে পারে। জনসংখ্যা স্তরবিন্যাসের অভাবে, আপনার কেবলমাত্র হাজার হাজার টেস্টেস বা হাজার হাজার চি-স্কোয়ার্ড টেস্ট দরকার tests $t$

— onestop

@ অনস্টপ (+1) আমি আপনাকে ২ য় প্রশ্নের উত্তর বিবেচনা করব, যা আমি নিজের প্রতিক্রিয়াতেও বিবেচনা করি নি।

— সিএল

@ অনস্টপ, লিঙ্গ / জাতি দ্বারা কেবল স্তরবদ্ধ হলে কী হবে? আপনার উত্তরটি বিস্তারিতভাবে বর্ণনা করতে পারেন?

— suprvisr

Answer 1

এই নির্দিষ্ট প্রসঙ্গে, তদন্তের অধীনে পিসিএ মূলত এসএনপিগুলিতে (বা অন্যান্য ডিএনএ চিহ্নিতকারী, যদিও আমি কেবল এসএনপি কেসের সাথে পরিচিত) অ্যালিল বিতরণে জনসংখ্যা-নির্দিষ্ট পার্থক্যের জন্য অ্যাকাউন্টে ব্যবহৃত হয়। এই জাতীয় "জনসংখ্যার কাঠামো" মূলত জিনগতভাবে দূরবর্তী পূর্বসূরীদের (যেমন জাপানি এবং কালো-আফ্রিকান বা ইউরোপীয়-আমেরিকান) বিভিন্ন ক্ষেত্রে ছোটখাটো অ্যালিলের বিভিন্ন ফ্রিকোয়েন্সিগুলির ফলাফল হিসাবে দেখা দেয়। প্যাটারসন এট আল দ্বারা পপুলেশন স্ট্রাকচার এবং ইজিজেনালাইসিসে সাধারণ ধারণাটি ভালভাবে ব্যাখ্যা করা হয়েছে । ( পিএলওএস জেনেটিকস 2006, 2 (12)), বা জেনেটিক মহামারীবিদ্যায় ল্যানসেটের বিশেষ সংখ্যা (2005, 366; বেশিরভাগ নিবন্ধ ওয়েবে পাওয়া যাবে, কর্ডেল অ্যান্ড ক্লেটন, জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ দিয়ে শুরু করুন )।

প্রধান অক্ষগুলি তৈরির পরে পিসিএ-তে ক্লাসিকাল পদ্ধতির অনুসরণ করা হয়, যা পর্যবেক্ষিত জিনোটাইপগুলির (এএ, এবি, বিবি; বি কে সব ক্ষেত্রেই ছোটখাট এলিল) বলে স্কেলড ম্যাট্রিক্স (এসএনপি দ্বারা ব্যক্তি) প্রয়োগ করা হয়, ব্যতিক্রম পর্যন্ত জনসংখ্যা বর্ধনের জন্য অ্যাকাউন্টে অতিরিক্ত সাধারণকরণ প্রয়োগ করা যেতে পারে। এটি সমস্তই ধরে নিয়েছে যে মাইনাল অ্যালিলের ফ্রিকোয়েন্সি ({0,1,2 in এর মান গ্রহণ করা) সংখ্যা হিসাবে বিবেচনা করা যেতে পারে, আমরা হ'ল আমরা একটি সংযোজনকারী মডেলের অধীনে কাজ করি (যার নাম অ্যালালিক ডোজও বলা হয়) বা যে কোনও সমতুল্য যা বোঝায় । যেহেতু ধারাবাহিক অরথোগোনাল পিসি সর্বাধিক বৈকল্পিকতার জন্য দায়বদ্ধ হবে, এটি ক্ষুদ্র অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি স্তরে পৃথক ব্যক্তিদের গ্রুপকে হাইলাইট করার একটি উপায় সরবরাহ করে। এর জন্য ব্যবহৃত সফ্টওয়্যারটি আইজেনস্ট্রেট নামে পরিচিত । এটি পাওয়া যায়egscore()GenABEL আর প্যাকেজ থেকে ফাংশন করুন ( GenABEL.org দেখুন )। এটি লক্ষণীয় যে জনসংখ্যার কাঠামো সনাক্ত করার জন্য অন্যান্য পদ্ধতিগুলি প্রস্তাবিত হয়েছিল, বিশেষভাবে মডেল-ভিত্তিক ক্লাস্টার পুনর্গঠনে (শেষে রেফারেন্স দেখুন)। আরো তথ্য ব্রাউজ করে খুঁজে পাওয়া যেতে পারে Hapmap প্রকল্প, এবং উপলব্ধ টিউটোরিয়াল থেকে আসছে Bioconductor প্রকল্পের। (গুগলে ভিন্স জে কেরি বা ডেভিড ক্লেটনের দুর্দান্ত টিউটোরিয়ালগুলি অনুসন্ধান করুন)।

$\pm 6$অন-লাইনে সাহায্যে জনসংখ্যা স্তরকরণ ।

ইজিজেনালাইসিস ব্যক্তিদের স্তরে কিছু কাঠামো উদ্ঘাটন করতে দেয় তা বিবেচনা করে, প্রদত্ত ফিনোটাইপ (বা বাইনারি মাপদণ্ড অনুসারে সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে যে কোনও বিতরণ, যেমন রোগ বা কেস-নিয়ন্ত্রণ) হিসাবে আমরা পর্যবেক্ষণের বিভিন্নতা ব্যাখ্যা করার চেষ্টা করার সময় আমরা এই তথ্যটি ব্যবহার করতে পারি পরিস্থিতি). বিশেষত, প্রাইস এট আল দ্বারা জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজের স্তরবিন্যাসের জন্য প্রধান উপাদানগুলির বিশ্লেষণ সংশোধন করে , আমরা সেই পিসিগুলির সাথে (যেমন, ব্যক্তিদের ফ্যাক্টর স্কোর) সাথে আমাদের বিশ্লেষণ সামঞ্জস্য করতে পারি । ( প্রকৃতি জেনেটিক্স 2006, 38 (8)), এবং পরবর্তীকালে কাজ (ইউরোপের অভ্যন্তরে জিন্সের আয়না ভূগোলে ইউরোপে জিনগত পরিবর্তনের অক্ষগুলি দেখানো একটি সুন্দর ছবি ছিল ; প্রকৃতি ২০০৮; চিত্র 1 এ নীচে পুনরুত্পাদন করা)। আরও দ্রষ্টব্য যে আরও একটি সমাধান হ'ল একটি স্তরিত বিশ্লেষণ করা (একটি জিএলএম-তে জাতিগততা অন্তর্ভুক্ত করে) - উদাহরণস্বরূপ, এটি স্ন্যাপম্যাট্রিক্স প্যাকেজে সহজেই উপলভ্য ।

তথ্যসূত্র

1. ড্যানিয়েল ফালুশ, ম্যাথু স্টিফেন্স এবং জনাথন কে প্রিচার্ড (2003)। মাল্টিলোকাস জিনোটাইপ ডেটা ব্যবহার করে জনসংখ্যার কাঠামোর অনুক্রম: লিঙ্কযুক্ত লোকি এবং পারস্পরিক সম্পর্কযুক্ত অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি । জেনেটিক্স , 164 (4): 1567–1587।
2. বি ডেভলিন এবং কে রোডার (1999)। সমিতি অধ্যয়নের জন্য জিনোমিক নিয়ন্ত্রণ । বায়োমেট্রিকস , 55 (4): 997–1004।
3. জে কে প্রিচার্ড, এম স্টিফেনস, এবং পি ডোনেলি (2000)। মাল্টিলোকাস জিনোটাইপ ডেটা ব্যবহার করে জনসংখ্যার কাঠামোর অনুক্রম । জিনেটিক্স , 155 (2): 945–959।
4. গ্যাং ঝেং, বোরিস ফ্রিডলিন, ঝাওহাই লি, এবং জোসেফ এল গ্যাসথার্থ (2005)। বিভিন্ন জেনেটিক মডেলের অধীনে সমিতি অধ্যয়নের জন্য জিনোমিক নিয়ন্ত্রণ । বায়োমেট্রিকস , 61 (1): 186–92।
5. চাও টিয়ান, পিটার কে। গ্রেগারসেন এবং মাইকেল এফ। সেল্ডিন ​​1 (২০০৮)। বংশের জন্য অ্যাকাউন্টিং: জনসংখ্যা কাঠামো এবং জিনোম-বিস্তৃত অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ । হিউম্যান মলিকুলার জেনেটিক্স , 17 (আর 2): আর 143-আর150।
6. কাই ইয়ু, জনসংখ্যা উপকাঠামো ও নিয়ন্ত্রণ নির্বাচন জিনোম ব্যাপী সমিতি গবেষণায় ।
7. অ্যালেক্স এল প্রাইস, নোয়া এ জাইটলেন, ডেভিড রেখ এবং নিক প্যাটারসন (২০১০)। জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে জনসংখ্যা স্তরবিন্যাসের জন্য নতুন পদ্ধতি , প্রকৃতি পর্যালোচনা জেনেটিক্স
8. চাও তিয়ান, ইত্যাদি। (2009)। ইউরোপীয় জনসংখ্যা জেনেটিক সাবস্ট্রাকচার: বিভিন্ন ইউরোপীয় জাতিগত গোষ্ঠীগুলির মধ্যে পার্থক্য করার জন্য পূর্বপুরুষের তথ্যমূলক চিহ্নিতকারীদের আরও সংজ্ঞা , আণবিক মেডিসিন, 15 (11-12): 371–383।

Comments

আপনাকে অনেক ধন্যবাদ. স্বাভাবিকভাবেই আরও প্রশ্ন অনুসরণ করা হয়: 1) আমি যদি পিসিএ উপেক্ষা করি এবং আমার জিডাব্লুএএস নমুনাটি কেবল জেন্ডার / রেস / এজিই দ্বারা স্থির করি এবং পিসিএ উপেক্ষা করি তবে কী হয়? এটি কীভাবে আমার সংস্থার বিশ্লেষণ এবং এর ফলাফলকে প্রতিফলিত করবে? ২) আমি যদি সত্যিই পিসিএ ব্যবহার করতে চাই তবে সত্যত পিসিএ করার জন্য আমার কতটা এসএনপিএস জিনোটাইপ করতে হবে? 200 যথেষ্ট? তাদের কি সমস্ত ক্রোমোজোমে সমানভাবে ছড়িয়ে দিতে হবে? 3) পিসিএতে কোন এসএনপি ব্যবহার করা হয়? এটি কি পূর্বনির্ধারিত সেট না কোনও?

— suvvisr

@ সুপ্রভিসর আমি ঠিক তখনই উত্তর দিতে পারি বা আমার প্রতিক্রিয়া আপডেট করতে পারি, তবে আমি মনে করি যে একটি নতুন প্রশ্ন জিজ্ঞাসা করা ভাল ("পিসিএ বনাম স্ট্র্যাটিফাইজিংয়ের সাথে সামঞ্জস্য করার পক্ষে এবং কৌশলগুলি) এবং এটির সাথে লিঙ্ক করা ভাল যাতে লোকেরা পরিষ্কারভাবে প্রয়োজনীয় সংযোগ তৈরি করতে পারেন।

— chl

: @AndyFrost রেফারেন্সড পরিসংখ্যান থাকতে পারে নিম্নলিখিত প্রস্তাব goo.gl/jNXx0x এবং ছবি যে আপনার উল্লেখ করতে পারে হতে পারে goo.gl/TcK3g8 ।

— গুং - মনিকা পুনরায়

@ সিএইচএল আপনি কি দয়া করে এর অর্থটি ব্যাখ্যা করতে পারেন: "সাধারণত এই ক্ষেত্রে যা করা হয় তা হ'ল পুনরাবৃত্তি পদ্ধতিতে পিসিএ প্রয়োগ করা, এবং যাদের স্কোর ± 6 ± 6 এর নীচে রয়েছে তাদের প্রথম 20 প্রধানের একজনকে সরিয়ে ফেলুন remove অক্ষ "। : আমি আমার পোস্টে কোন উত্তর এখানে খুঁজছেন ছিল biostars.org/p/180336

— MAPK