প্রশ্ন ট্যাগ «genetics»

বৈশিষ্ট্য নির্বাচন এবং মেশিন লার্নিং সম্পর্কে আমি কিছুটা বিভ্রান্ত হয়ে পড়ছি এবং আমি ভাবছিলাম যে আপনি আমাকে সাহায্য করতে পারেন কিনা। আমার কাছে একটি মাইক্রোআরে ডেটাসেট রয়েছে যা দুটি গ্রুপে শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছে এবং বৈশিষ্ট্যগুলির সংখ্যা রয়েছে। আমার লক্ষ্য হ'ল একটি স্বাক্ষরে স্বল্প সংখ্যক জিন (আমার বৈশিষ্ট্য) (10-20) পাওয়া যে …

76 machine-learning  classification  cross-validation  feature-selection  genetics 

অন্য কথায়, নীচের উপর ভিত্তি করে, পি কি? এটিকে নৃবিজ্ঞান বা সামাজিক বিজ্ঞানের চেয়ে গণিতের সমস্যা তৈরি করার জন্য এবং সমস্যাটি সহজ করার জন্য, ধরে নেওয়া উচিত যে ভাইবোন এবং প্রথম চাচাত ভাইরা কখনও সঙ্গী হন না, এবং সঙ্গী সর্বদা একই থেকে নির্বাচিত হয়, জনগণের জুড়ে সমান সম্ভাবনার সাথে বাছাই …

26 probability  stochastic-processes  genetics 

আমার অনেকগুলি পরীক্ষার থেকে পি মান রয়েছে এবং একাধিক পরীক্ষার জন্য সংশোধন করার পরে বাস্তবে উল্লেখযোগ্য কিছু আছে কিনা তা জানতে চাই। জটিলতা: আমার পরীক্ষাগুলি স্বাধীন নয়। আমি যে পদ্ধতিটি সম্পর্কে ভাবছি (ফিশারের পণ্য পদ্ধতির একটি বৈকল্পিক, জায়কিন এট আল, জেনেট এপিডেমিওল , ২০০২) পি মানগুলির মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্ক প্রয়োজন। …

24 correlation  multiple-comparisons  statistical-significance  genetics 

যথার্থতা হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়: p = true positives / (true positives + false positives) এটি সঠিক যে, 0 true positivesএবং false positivesকাছে যাওয়ার সাথে সাথে নির্ভুলতা 1 এ পৌঁছেছে? প্রত্যাহার জন্য একই প্রশ্ন: r = true positives / (true positives + false negatives) আমি বর্তমানে একটি পরিসংখ্যানগত পরীক্ষা বাস্তবায়ন …

20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 

ইন জিনোম-যে ব্যাপক চর্চা (GWAS): প্রধান উপাদানগুলি কী কী? কেন তারা ব্যবহার করা হয়? তারা কিভাবে গণনা করা হয়? পিসিএ ব্যবহার না করে জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি করা যেতে পারে?

20 pca  genetics  gwas 

জিনের এক্সপ্রেশন অধ্যয়নগুলিতে মাইক্রোরেজে ব্যবহার করে, তীব্রতার ডেটাগুলিকে নরমাল করতে হয় যাতে তীব্রতার সাথে জিনের মধ্যে ব্যক্তিদের মধ্যে তুলনা করা যায়। ধারণাগতভাবে এবং অ্যালগোরিদমিকভাবে, "কোয়ান্টাইল নরমালাইজেশন" কীভাবে কাজ করে এবং আপনি কীভাবে এটি একটি অ-পরিসংখ্যানবিদকে ব্যাখ্যা করবেন?

15 genetics  normalization  microarray 

আশা করি জিন এক্সপ্রেশন অধ্যয়নের ক্ষেত্রে এই ফোরামগুলির কেউ আমাকে এই প্রাথমিক সমস্যাটি সম্পর্কে সহায়তা করতে পারেন। আমি একটি পরীক্ষামূলক এবং একটি নিয়ন্ত্রণ টিস্যু গভীর সিকোয়েন্সিং করেছি। আমি তখন নিয়ন্ত্রণের উপর পরীক্ষামূলক নমুনায় জিনগুলির ভাঁজ সমৃদ্ধকরণের মানগুলি অর্জন করি। রেফারেন্স জিনোমে ~ 15,000 জিন রয়েছে। নিয়ন্ত্রণের তুলনায় আমার আগ্রহের নমুনায় …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

জৈবিক পটভূমি সময়ের সাথে সাথে কিছু উদ্ভিদ প্রজাতি প্রতিটি জিনের অতিরিক্ত অনুলিপি অর্জন করে তাদের পুরো জিনোমগুলি নকল করে। এই সেটআপটির অস্থিরতার কারণে, এর মধ্যে অনেকগুলি জিনগুলি মুছে ফেলা হয় এবং জিনোম নিজেই পুনর্বিন্যাস হয় এবং স্থির হয়, আবার নকল তৈরির জন্য প্রস্তুত। এই সদৃশ ইভেন্টগুলি স্পেসিফিকেশন এবং আক্রমণের ইভেন্টগুলির …

11 generalized-linear-model  contingency-tables  fishers-exact  genetics  bioinformatics 

যদি আমি অনুমান করি যে কোনও জিন স্বাক্ষর পুনরাবৃত্তির কম ঝুঁকিতে বিষয়গুলি সনাক্ত করতে পারে, তবে এটি জনসংখ্যার 20% এর মধ্যে হারের হার 0.5% হ্রাস পাবে এবং আমি প্রত্যাবর্তনমূলক সমীক্ষা থেকে নমুনাগুলি ব্যবহার করতে চাই দুটি অনুমানীকৃত গোষ্ঠীতে অসম সংখ্যার জন্য নমুনার আকার সমন্বয় করা দরকার? উদাহরণস্বরূপ কোলেট, ডি ব্যবহার …

11 survival  power-analysis  genetics 

জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে কেউ কেন যুবা এবং বয়সের স্কোওয়ারেট হিসাবে ব্যবহার করবে? আমি বয়সের ব্যবহার বুঝতে পারি যদি এটি কোনও উল্লেখযোগ্য কোভারিয়েট হিসাবে চিহ্নিত করা হয় তবে বয়সের স্কোয়ার ব্যবহারের ক্ষেত্রে আমি ক্ষতিতে আছি।

11 multiple-regression  polynomial  predictor  bioinformatics  genetics 

আমি উচ্চ-মাত্রিক ডেটা সেটগুলি দিয়ে মাল্টিভারিয়েট বিশ্লেষণে এখন পর্যন্ত যা বুঝলাম তার সংক্ষিপ্ত করার চেষ্টা করছি এবং আমি এখনও নরম-প্রান্তিকের বনাম লাসো (বা ) সঠিক সংজ্ঞা অর্জনের মাধ্যমে সংগ্রাম করছি ।L1L1L_1 আরও স্পষ্টভাবে, আমি জিনোমিক ডেটা সহ 2-ব্লক ডেটা স্ট্রাকচার বিশ্লেষণ করতে স্পার্স পিএলএস রিগ্রেশন ব্যবহার করেছি ( একক নিউক্লিওটাইড …

11 multivariate-analysis  lasso  feature-selection  genetics 

আমার একটি ম্যাট্রিক্স রয়েছে, যেখানে হল জিনের সংখ্যা এবং রোগীর সংখ্যা। এই জাতীয় ডেটা নিয়ে যার সাথে কাজ করেছেন যে কেউ জানেন যে সর্বদা চেয়ে বড় । বৈশিষ্ট্য নির্বাচন ব্যবহার করে আমি আরও বেশি যুক্তিসঙ্গত সংখ্যায় নামিয়েছি, তবে এখনও চেয়ে বেশি ।n × পিএন×পিn\times pপিপিpএনএনnপিপিpএনএনnপিপিpপিপিpএনএনn আমি রোগীদের জেনেটিক প্রোফাইলের উপর …

10 correlation  pca  genetics  covariance  distance-functions 

প্রতিটি সমন্বিত আইডির সাথে 10,000 টি-মাত্রিক জায়গাতে 20 এলোমেলো পয়েন্ট নিন N(0,1)N(0,1)\mathcal N(0,1)। এগুলিকে 10 জোড়া ("দম্পতিরা") বিভক্ত করুন এবং প্রতিটি জোড়ের গড় ("একটি শিশু") ডেটাসেটে যুক্ত করুন। তারপরে 30 টি পয়েন্ট এবং প্লট PC1 বনাম PC2 তে পিসিএ করুন। একটি লক্ষণীয় জিনিস ঘটে: প্রতিটি "পরিবার" পয়েন্টগুলির একটি ট্রিপলেট তৈরি …

9 pca  python  high-dimensional  genetics  gwas 

জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি থেকে আমার কাছে দুটি ডেটাসেট রয়েছে। কেবলমাত্র উপলভ্য তথ্যগুলি হ'ল বিজোড় অনুপাত এবং প্রথম ডেটা সেটের জন্য পি-মান। দ্বিতীয় ডেটা সেটের জন্য আমার কাছে অডস অনুপাত, পি-মান এবং অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি রয়েছে (এএফডি = রোগ, এএফসি = নিয়ন্ত্রণ) (যেমন: 0.321)। আমি এই ডেটাগুলির একটি মেটা-বিশ্লেষণ করার চেষ্টা করছি …

9 meta-analysis  genetics 

জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি থেকে আমার কাছে দুটি ডেটাসেট রয়েছে। কেবলমাত্র উপলব্ধ তথ্য হ'ল প্রতিটি জিনোটাইপড এসএনপি-র জন্য বিজোড় অনুপাত এবং তাদের আত্মবিশ্বাসের অন্তর (95%)। আমার এই দুটি মতবিরোধের অনুপাতের সাথে তুলনা করে একটি বন প্লট উত্পন্ন করতে চাই, তবে সংক্ষিপ্ত প্রভাবগুলি দেখার জন্য সম্মিলিত আত্মবিশ্বাসের অন্তরগুলি গণনা করার উপায় আমি …

9 confidence-interval  meta-analysis  genetics  odds-ratio