বিষয়ভিত্তিক দুটি কারণের জন্য আর-এ lme / lmer এর সাথে ANOVA পুনরাবৃত্তি করে


19

আমি ব্যবহার করার চেষ্টা করছি lmeথেকে nlmeথেকে প্রতিলিপি ফলাফলে প্যাকেজ aovপুনরাবৃত্তি পরিমাপ করে ANOVAs জন্য। আমি এটি একটি একক-ফ্যাক্টর পুনরাবৃত্তি ব্যবস্থা পরীক্ষার জন্য এবং একটি-বিষয় ফ্যাক্টর এবং একটি-বিষয় ফ্যাক্টরের মধ্যে একটি দ্বি-ফ্যাক্টর পরীক্ষার জন্য করেছি, তবে এর মধ্যে দুটি সহ একটি দ্বি-ফ্যাক্টর পরীক্ষার জন্য এটি করতে আমার সমস্যা হচ্ছে - সাবজেক্টস ফ্যাক্টর।

একটি উদাহরণ নীচে প্রদর্শিত হয়। Aএবং Bস্থির-প্রভাব কারণ এবং subjectএলোমেলো-প্রভাব ফ্যাক্টর।

set.seed(1)
d <- data.frame(
    Y = rnorm(48),
    subject = factor(rep(1:12, 4)),
    A = factor(rep(1:2, each=24)),
    B = factor(rep(rep(1:2, each=12), 2)))

summary(aov(Y ~ A*B + Error(subject/(A*B)), data=d))  # Standard repeated measures ANOVA

library(nlme)
# Attempts:
anova(lme(Y ~ A*B, data=d, random = ~ 1 | subject))  # not same as above
anova(lme(Y ~ A*B, data=d, random = ~ 1 | subject/(A+B)))  # gives error

আমি পিনহিরো এবং বেটস বইতে এর ব্যাখ্যা দেখতে পেলাম না তবে আমি এটি উপেক্ষা করেছি।

উত্তর:


15

আপনি যেটির সাথে ফিট করছেন সেটিকে aovস্ট্রিপ প্লট বলা হয় এবং এটি এলোমেলো করা জটিল lmeকারণ কারণ subject:Aএবং subject:Bএলোমেলো প্রভাবগুলি অতিক্রম করা হয়েছে।

আপনার প্রথম প্রচেষ্টাটি সমান aov(Y ~ A*B + Error(subject), data=d), যার মধ্যে সমস্ত এলোমেলো প্রভাব অন্তর্ভুক্ত নয়; আপনার দ্বিতীয় প্রচেষ্টাটি সঠিক ধারণা, তবে lme ব্যবহার করে ক্রস করা এলোমেলো প্রভাবের বাক্য গঠনটি খুব জটিল।

ব্যবহার lmeথেকে nlmeপ্যাকেজ, কোড হবে

lme(Y ~ A*B, random=list(subject=pdBlocked(list(~1, pdIdent(~A-1), pdIdent(~B-1)))), data=d)

ব্যবহার lmerথেকে lme4প্যাকেজ, কোড ভালো কিছু হবে

lmer(Y ~ A*B + (1|subject) + (1|A:subject) + (1|B:subject), data=d)    

আর-সাহায্যের এই থ্রেডগুলি সহায়ক হতে পারে (এবং ক্রেডিট দেওয়ার জন্য, আমি এখান থেকে nlmeকোড পেয়েছি)।

http://www.biostat.wustl.edu/archives/html/s-news/2005-01/msg00091.html

http://permalink.gmane.org/gmane.comp.lang.r.lme4.devel/3328

http://www.mail-archive.com/r-help@stat.math.ethz.ch/msg10843.html

এই শেষ লিঙ্কটি পিনেহিরো / বেটস এর p.165 বোঝায়; এটিও সহায়ক হতে পারে।

সম্পাদনা: এছাড়াও নোট করুন যে আপনার কাছে থাকা ডেটা সেটে কিছু বৈকল্পিক উপাদান নেতিবাচক, যা এলএমএর সাথে এলোমেলো প্রভাব ব্যবহারের অনুমতি নেই, সুতরাং ফলাফলগুলি পৃথক হয়। 8 এর বীজ ব্যবহার করে সমস্ত ধনাত্মক বৈকল্পিক উপাদানগুলির সাথে একটি ডেটা সেট করা যেতে পারে then ফলাফলগুলি পরে সম্মত হয়। বিস্তারিত জানার জন্য এই উত্তরটি দেখুন ।

এছাড়াও মনে রাখবেন যে lmeথেকে nlmeস্বাধীনতার ডিনোমিনেটর ডিগ্রিগুলি সঠিকভাবে গণনা করা যায় না, সুতরাং এফ-পরিসংখ্যানগুলি সম্মত হয় তবে পি-মানগুলি নয়, এবং এর lmerথেকে lme4খুব বেশি চেষ্টা করে না কারণ এটি ভারসাম্যহীন ক্রস করা এলোমেলো প্রভাবগুলির উপস্থিতিতে খুব জটিল, এবং নাও হতে পারে এমনকি একটি বুদ্ধিমান জিনিস করতে হবে। তবে আমি এখানে toুকতে চাইছি তার চেয়েও বেশি এটি।


হারুন, আমি মনে করি না যে আপনার লিমার কোডটি সঠিক। ওপিএস aovকলটি কেবল একটি স্ট্যান্ডার্ড পুনরাবৃত্তি-পরিমাপ নকশা, যা এক হিসাবে হালকা বিশ্লেষণ করবে lmer(Y~A*B+(1|subject))। (যদিও আরও জটিল মডেলগুলির জন্য এই উত্তরটি দেখুন যেগুলি পার্শ্ব -এস-এফেক্টের বৈচিত্র এবং পারস্পরিক সম্পর্কের প্রাক্কলন অনুমান করে: stats.stackexchange.com/questions/13166/rs-lmer-cheat-sheet/… )
মাইক লরেন্স

4
ওপির অ্যাওভ কলটিতে তিনটি এলোমেলো প্রভাব রয়েছে; lmerআমার উপরের কোডটি দিয়ে প্রতিলিপিটি সঠিক। আপনার lmerকোডটিতে কেবল একটির এলোমেলো প্রভাব রয়েছে। কোনটি সঠিক তা প্রসঙ্গে নির্ভর করবে।
অ্যারন - মনিকা পুনরায় ইনস্টল করুন

এছাড়াও মনে রাখবেন যে আপনি যে উত্তরটির সাথে লিঙ্ক করেছেন তার কোনও ক্রস এলোমেলো প্রভাবের উদাহরণ নেই।
অ্যারন - মনিকা

6

আপনার প্রথম প্রয়াসটি হ'ল সঠিক উত্তর যদি আপনি যা করার চেষ্টা করছেন সমস্ত কিছু। nlme () উপাদানগুলির মধ্যে এবং এর মধ্যে কাজ করে, আপনাকে সেগুলি নির্দিষ্ট করার দরকার নেই।

আপনি যে সমস্যাটির মধ্যে চলে যাচ্ছেন তা নয় কারণ আপনি মডেলটি কীভাবে নির্দিষ্ট করবেন তা জানেন না, কারণ বারবার ব্যবস্থা আনোভা এবং মিশ্র প্রভাবগুলি একই জিনিস নয়। কখনও কখনও আনোভা এবং মিশ্র প্রভাবগুলির মডেল থেকে ফলাফল মিলবে। এটি বিশেষত ক্ষেত্রে যখন আপনি নিজের ডেটা একত্রিত করেন যেমন আপনি একটি আনোভা হিসাবে যাবেন এবং সেখান থেকে উভয়ই গণনা করুন। তবে সাধারণত, যখন সঠিকভাবে সম্পন্ন করা হয়, যখন সিদ্ধান্তগুলি একই রকম হতে পারে ফলাফল প্রায় একই রকম হয় না। আপনার উদাহরণের ডেটা বাস্তব পুনরাবৃত্ত পদক্ষেপের মতো নয় যেখানে আপনার প্রায়শই এস এর মধ্যে প্রতিটি পরিমাপের প্রতিলিপি থাকে যখন আপনি কোনও আনোভা করেন সাধারণত প্রতিটি বিষয়টির প্রভাব সম্পর্কে অনুমানের জন্য আপনি সেই প্রতিলিপিগুলি জুড়ে সমষ্টি করেন। মিশ্র প্রভাবগুলির মডেলিংয়ে আপনি এ জাতীয় কোনও কাজ করেন না। আপনি কাঁচা তথ্য নিয়ে কাজ করেন। আপনি যখন এটি করেন আপনি '

[সরাইয়া হিসাবে, lme () এর পরিবর্তে lme () (lme4 প্যাকেজ থেকে) ব্যবহার করে () আমাকে এসএস এবং এমএসের মান দিন যা আপনার উদাহরণের সাথে প্রভাবের জন্য আনোভার সাথে হুবহু মিলে যায়, এটি কেবল এফ এর ভিন্ন]


1
আমি বিশ্বাস করি যে যদি সবকিছু মিশ্রিত মডেল ব্যবহার করে ফলাফলটি ভারসাম্যপূর্ণ হয় (তবে এটি এমএল বা আরইএমএল-এর সাথে অনুমান করা) এবং একটি এনওওএওয়ালা ব্যবহার করার ফলে (যা মুহুর্তের সাথে অনুমান করা) প্রায় অভিন্ন হবে। এই ক্ষেত্রে সমস্যা হ'ল উভয় পদ্ধতি ব্যবহার করে একই মডেলটিকে ফিট করার সিনট্যাক্স।
অ্যারন - মনিকা

আপনি কী অর্জন করতে চাইছেন তা আমি নিশ্চিত নই। দেখে মনে হচ্ছে আপনি সম্পর্কের আরও ভাল করে বোঝার জন্য ফলাফলগুলি কীভাবে প্রতিলিপি করতে হবে তা শিখার চেষ্টা করছেন। আপনি যা করতে চান তা এনএমএল দিয়ে করা যায় না। আমি কেবল পলকের দিকে চেয়েছিলাম এবং এটিও সম্ভব নয় (যদিও কমপক্ষে এটি আপনার প্রভাবগুলির জন্য এমওকে আনোভা অনুসারে রিপোর্ট করে)। আপনি যদি আনোভা ফলাফল চান, কেবল একটি আনোভা করুন। সত্যিকারের ডেটা সহ, সঠিকভাবে সম্পন্ন করে, দুটি প্রায় একই রকম হয় না।
জন

1
এছাড়াও মনে রাখবেন যে প্রথম প্রচেষ্টাটি সঠিক নয় কারণ এটি ক্রস করা এলোমেলো প্রভাবগুলির জন্য সঠিকভাবে অ্যাকাউন্ট করে না।
অ্যারন - মনিকা পুনরায় ইনস্টল করুন

1
জন, আপনার উত্তরের জন্য আপনাকে ধন্যবাদ। এটি করার জন্য আমার কারণটি হ'ল আমি এই সাইটে কোথাও পড়েছি যে পুনরায় বারবার ব্যবস্থাগুলি এএনওওওয়াকে সাধারণত আর সুপারিশ করা হয় না, মিশ্র-প্রভাবগুলির মডেলগুলি পছন্দ করা হয়। কোনও কারণে আমি এই ছাপে ছিলাম যে দুটি পদ্ধতি একটি ভারসাম্য নকশার জন্য একই ফল দেবে এবং আমি এটি নিশ্চিত করার চেষ্টা করছি।
999

হারুন, আমি মোটামুটি সমতুল্য বলে বিবেচিত হবে তার সঠিক উত্তর হিসাবে গ্রহণ করেছি। এটি সাধারণত যা পুনরাবৃত্তি ব্যবস্থাগুলির প্রতিরূপকরণের প্রথম পদক্ষেপ হিসাবে সুপারিশ করা হয়। নিখুঁত ম্যাচের মতো কোনও 'সঠিক' নেই। আরও এলোমেলো প্রভাব যুক্ত করা সমস্যার সমাধান করবে না। আমি নোট করেছি যে আপনি যে উত্তরগুলি উল্লেখ করেছেন সেগুলির মধ্যে একটি আপনার লিখিত সমাধানের প্রস্তাব দেয়। তবে, আমি যা বলেছিলাম তার চেয়ে কোন আনোভা ফলাফল (মডেলটি ভিন্ন তবে আনোভা নয়) একেবারেই আলাদা। আমি সন্দেহ করি যে লেখক ওপি যা জিজ্ঞাসা করছে তার সাথে কেবল মিল করার চেষ্টা করছে তবে এটি কোনও বোধগম্য মডেল নয়।
জন
আমাদের সাইট ব্যবহার করে, আপনি স্বীকার করেছেন যে আপনি আমাদের কুকি নীতি এবং গোপনীয়তা নীতিটি পড়েছেন এবং বুঝতে পেরেছেন ।
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.