প্রশ্ন ট্যাগ «molecular-dynamics»

আমি জানতে চাই যে অক্টোবায় দুটি ভেক্টরের ইউক্লিডিয়ান দূরত্ব গণনা করার দ্রুত উপায় আছে কিনা। দেখে মনে হচ্ছে যে এটির জন্য কোনও বিশেষ ক্রিয়াকলাপ নেই, তাই আমি কি কেবল সূত্রটি ব্যবহার করব sqrt?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

আমি একটি উবুন্টু লিনাক্স ক্লাস্টারে মন্টিকুলার ডায়নামিক্স (এমডি) কোডটি গ্রোম্যাক্স চালিত করেছি যাতে 24 ইনটেল সিওন সিপিইউ রয়েছে odes আমার বিশেষ আগ্রহের বিষয়টি ভাসমান পয়েন্ট গণিতের নির্ভুলতার জন্য কিছুটা সংবেদনশীল হতে দেখা যায়, সুতরাং ডাবল যথার্থতার উচ্চতর গণ্য ব্যয় সত্ত্বেও আমাকে গ্রোম্যাক্স একক নির্ভুলতার চেয়ে দ্বিগুণ নির্ভুলতায় চালাতে হয়েছিল। ক্লাস্টারে …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

আমি গ্রোম্যাকস এবং ডিএল_পল'এর মতো বেশ কয়েকটি সফ্টওয়্যার প্যাকেজ ব্যবহার করে মলিকুলার ডায়নামিক্স (এমডি) সিমুলেশনগুলি চালাচ্ছি। গ্রোম্যাকস এখন কণা পচন এবং ডোমেন পচন উভয়ই অ্যালগরিদম সমর্থন করে। ডিফল্টরূপে, গ্রোম্যাকস সিমুলেশনগুলি ডোমেন পচন ব্যবহার করে, যদিও বেশ কয়েক বছর ধরে, সাম্প্রতিক অবধি, গ্রোম্যাকসে কণার ক্ষয় একমাত্র পদ্ধতি প্রয়োগ করা হয়েছিল। গ্রোম্যাকস …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

আমি মলিকুলার ডায়নামিক্স (এমডি) সিমুলেশনে নতুন। সিমুলেশন সময়ের নিরিখে একটি আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশনের জটিলতা কী? অন্য কথায়, আমি যদি সিমুলেটেড সময়টি 10 ​​ন্যানোসেকেন্ড থেকে 20 ন্যানোসেকেন্ডে বাড়িয়ে তুলতে চাই, রানটাইম বৃদ্ধির ক্ষেত্রে আমি কী আশা করতে পারি?

14 molecular-dynamics  complexity 

এমন একটি সিস্টেমে যেখানে তাত্ত্বিকভাবে শক্তি সংরক্ষণ করা উচিত, সর্বাধিক নির্ভুল সিমুলেশন শক্তি সংরক্ষণ করবে (পাশাপাশি সঠিক অবস্থান প্রদান, বেগ এবং ইত্যাদি)। আরকে 4 লিপফ্রোগের চেয়ে আরও নির্ভুল, তবুও লিফফ্রোগ শক্তি সংরক্ষণ করে এবং আরকে 4 দেয় না। কেন?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

আমি পরীক্ষার উদ্দেশ্যে জলের আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশন চালাচ্ছি। বাক্সটি বেশ ছোট, যদি আপনি কোনও লোককে ক্লাসিকাল এমডি চালিয়ে জিজ্ঞাসা করেন, এবং তুলনামূলকভাবে বড় আপনি যদি কোনও ডিএফটি লোককে জিজ্ঞাসা করেন: আমার সময়সীমার সীমানা অবস্থায় 58 জলের অণু রয়েছে। সিপিইউর সময় সাশ্রয় করতে, আমি আব ডিভিও এমডি চালানোর আগে একটি ক্লাসিকাল …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory