গণনা বিজ্ঞান

আমার পটভূমি জিনোমিক্সে রয়েছে তবে আমি সম্প্রতি প্রোটিন কাঠামো সম্পর্কিত সমস্যা নিয়ে কাজ করছি। আমি সিটিতে কয়েকটি প্রাসঙ্গিক প্রোগ্রাম লিখেছি, প্রক্রিয়ায় স্ক্র্যাচ থেকে নিজের পিডিবি ফাইল পার্সার তৈরি করছি। আমি সত্যিই শক্তিশালী পার্সার তৈরির বিষয়ে চিন্তা করিনি, আমি কেবল জানতাম যে নিজেকে তৈরি করা হ'ল পিডিবি ফর্ম্যাটটি বোঝার জন্য নিজেকে …

17 computational-biology  pdb  c 

আমাদের ওয়ার্কগ্রুপ একটি ডেস্কটপ অ্যাপ্লিকেশন তৈরি করে যা বিল্ডিং এনার্জি পারফরম্যান্সের অনুকরণ করে। এটি একটি নেট অ্যাপ্লিকেশন এবং যখন ব্যবহারকারী প্রচুর সিমুলেশন চালাচ্ছেন, তারা বেশ সময় সাশ্রয়ী হতে পারেন। সিমুলেশনগুলি সম্পূর্ণরূপে সমান্তরাল, এবং আমাদের কাছে "অফিস" -তে বেশ কয়েকটি উল্লেখযোগ্য এইচপিসি কম্পিউটিং সংস্থান রয়েছে। একটি ধারণা আমাদের কাছে ছিল তা …

17 hpc  partitioning 

আমি জানি যে নিটসের পদ্ধতিটি একটি খুব আকর্ষণীয় পদ্ধতি কারণ এটি ডিগ্রিলেট টাইপ সীমানা শর্তগুলি বিবেচনায় নিতে পারে বা ল্যাগ্রেঞ্জ গুণকগুলি ব্যবহার না করে দুর্বল উপায়ে ঘর্ষণ সীমানা অবস্থার সাথে যোগাযোগ করতে দেয়। এবং এর সুবিধা, যা একটি ডাইরিচলেট সীমানা অবস্থাটিকে একইভাবে নিউউমন সীমানা শর্ত হিসাবে দুর্বল পদে রূপান্তরিত করা …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

লিনিয়ার সিস্টেম সমাধানের জন্য ম্যাট্রিক্সকে উল্টানো ভাল ধারণা নয়, যেহেতু এটি সরাসরি সিস্টেমটি সমাধান করার জন্য বা এলইউ, কোলেস্কি বা কিউআর পচন ব্যবহার করার মতো সঠিক এবং দক্ষ নয়। তবে, আমি এটি ব্যবহারিক উদাহরণ দিয়ে পরীক্ষা করতে পারিনি। আমি এই কোডটি চেষ্টা করেছি (ম্যাটল্যাবে) M = 500; A = rand(M,M); …

16 matrix  accuracy  inverse 

আমি ফিনাইট এলিমেন্ট পদ্ধতি সম্পর্কে শিখেছি (অন্যান্য সংখ্যার পদ্ধতিতেও একটু) তবে আমি জানি না যে এই দুটি ত্রুটি এবং তাদের মধ্যে পার্থক্যের ঠিক সংজ্ঞা কি?

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

শিক্ষার প্রয়োজনে আমার একক ভেরিয়েবলের অবিচ্ছিন্ন ক্রিয়াকলাপ প্রয়োজন যা বহুবচনগুলির সাথে অনুমান করা "কঠিন", অর্থাত্ এই ফাংশনটি ভালভাবে "ফিট" করার জন্য একটি পাওয়ার সিরিজে খুব উচ্চ শক্তির প্রয়োজন হবে। বিদ্যুত সিরিজ দিয়ে কী অর্জন করা যায় তার "সীমাবদ্ধতা" আমি আমার শিক্ষার্থীদের দেখানোর ইচ্ছা করি nd আমি কিছু "গোলমাল" করার কথা …

16 interpolation 

সম্প্রতি আমি স্কিপি থেকে বিভিন্ন অ-লিনিয়ার সলভারগুলির সাথে তুলনা করছি এবং বিশেষত স্কিপি কুকবুকের নিউটন-ক্রিলোভ উদাহরণ দিয়ে মুগ্ধ হয়েছি যেখানে তারা প্রায় 20 লাইনের কোডে অ-রৈখিক প্রতিক্রিয়া শব্দটির সাথে একটি দ্বিতীয় ক্রম ডিফারেনশিয়াল সমীকরণের সমাধান করে। আমি অর্ধপরিবাহী হিটারোস্ট্রাকচারের জন্য অ-রৈখিক পোইসন সমীকরণ ( যাকে পইসন-বোল্টজম্যান সমীকরণও বলা হয় , …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

যেহেতু এই প্রশ্নটি গণনার সাথে সম্পর্কিত, তাই আমি এখানে পোস্ট করার সিদ্ধান্ত নিয়েছি। আশা করি এটি যথাযথ হিসাবে দেখা হবে। আমি সবেমাত্র বায়ুমণ্ডলীয় এবং মহাসাগরীয় মডেলগুলি চালানো শুরু করেছি এবং আমি বুঝতে পারি যে আমার বর্তমান ডেস্কটপের চেয়ে আমার আরও বেশি কোর, মেমরি এবং ডিস্ক স্থান প্রয়োজন। আমার প্রতিষ্ঠানের একটি …

16 hpc 

আমি বৈজ্ঞানিক কম্পিউটিংয়ে পরীক্ষা-চালিত বিকাশের বিশাল সমর্থক। অনুশীলনে এটির ইউটিলিটিটি কেবল বিস্ময়কর এবং কোড বিকাশকারীরা যে ক্লাসিক ঝামেলাগুলি জানেন সেগুলি সত্যিই সরিয়ে দেয়। যাইহোক, বৈজ্ঞানিক কোডগুলি পরীক্ষা করার ক্ষেত্রে অন্তর্নিহিত অসুবিধা রয়েছে যা সাধারণ প্রোগ্রামিংয়ে দেখা হয় না, তাই টিডিডি পাঠ্য টিউটোরিয়াল হিসাবে ভয়ানক কার্যকর নয়। উদাহরণ স্বরূপ: সাধারণভাবে আপনি …

16 testing 

নিরিবিলিভাবে অনেক অন্তর্দৃষ্টি ফর্ম অভিজ্ঞতা অর্জন করা যেতে পারে, আমি কেবল ভাবছিলাম যে এর আগে কেউ এরকম কিছু দেখেছে কিনা। প্লটটি অ্যাডভেকশন-ডিফিউশন সমীকরণের প্রাথমিক অবস্থা (সবুজ) দেখায়, তারপরে পুনরাবৃত্তি 200 (নীল) এ সমাধান এবং তারপরে আবার পুনরাবৃত্তি 400 (লাল) হয়। অ্যাডভেকশন-ডিফিউশন সমীকরণের সমাধানটি কয়েক পুনরাবৃত্তির পরে ফুরিয়ে যায়। প্লেলেট নম্বর …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

আমি আমার বৈজ্ঞানিক কাজের জন্য বাণিজ্যিক সফ্টওয়্যার থেকে স্বাধীন হতে চাই। আমি নির্ভরতা একটি বাণিজ্যিক প্যাকেজ যেমন মাতলাব এবং এর সরঞ্জামবক্সগুলি অসন্তুষ্টকারী হিসাবে পাই, কারণ ভবিষ্যতে আমার মতলবতে অ্যাক্সেস থাকবে কিনা তা আমি জানি না এবং কারণ ভাষাটি আমার পছন্দ নয়। অতএব, আমি বিকল্পের সন্ধান করছি। সৌভাগ্যক্রমে, আমি পাইথনে বেশ …

16 python  machine-learning 

প্রোগ্রামিং ঘন ম্যাট্রিক্স গণনাগুলিতে, কলাম-প্রধান বিন্যাসের ওভারের একটি সারি-প্রধান বিন্যাস চয়ন করার কোনও কারণ আছে? আমি জানি যে নির্বাচিত ম্যাট্রিক্সের বিন্যাসের উপর নির্ভর করে গতির প্রয়োজনে ক্যাশে স্মৃতিগুলি কার্যকরভাবে ব্যবহার করতে আমাদের উপযুক্ত কোডটি লিখতে হবে। সারি-প্রধান বিন্যাসটি আরও প্রাকৃতিক এবং সহজ বলে মনে হচ্ছে (কমপক্ষে আমার কাছে)। তবে ল্যাপাকের …

16 matrix  fortran 

এটি সম্ভবত একটি ছাত্র স্তরের প্রশ্ন তবে আমি নিজের কাছে একে একে ক্লিট করতে পারি না। সংখ্যা পদ্ধতিতে অ-ইউনিফর্ম গ্রিড ব্যবহার করা কেন আরও সঠিক? আমি ফর্মের পিডিই জন্য কিছু সীমাবদ্ধ-পার্থক্য পদ্ধতির প্রসঙ্গে ভাবছি ut(x,t)=uxx(x,t)ut(x,t)=uxx(x,t)u_t(x,t)=u_{xx}(x,t)। আর অনুমান করছি যে সময়ে একটি সমাধান আগ্রহী । সুতরাং, আমি দেখতে পাচ্ছি যে আমি …

16 pde  finite-difference 

এমপিআই সম্পর্কে আমি যে জিনিসটি সবচেয়ে বেশি অপছন্দ করি তা হ'ল ডেটাটাইপগুলি (অর্থাত্ ডেটা ম্যাপ / মুখোশ) নিয়ে কাজ করে কারণ তারা এটিকে অবজেক্ট ওরিয়েন্টেড সি ++ এর সাথে পুরোপুরি ফিট করে না। boost::mpiতবে কেবল তাদের ওয়েবসাইট থেকে এমপিআই 1.1 সমর্থন করে: বুস্ট :: এমপিআই হ'ল স্ট্যান্ডার্ড মেসেজ পাসিং ইন্টারফেসের …

16 hpc  c++  mpi 

আমি উইকিপিডিয়ায় গণনা বিজ্ঞান সম্পর্কে পড়েছি, তবে আমার বোঝাপড়া খুব স্পষ্ট নয়। গণনা বিজ্ঞান প্রোগ্রামিং জড়িত? গণনা বিজ্ঞান গণনা _ ____ এর চেয়ে কতটা আলাদা , যেখানে ফাঁকা কোনও শৃঙ্খলা হতে পারে (পদার্থ বিজ্ঞান, প্রকৌশল, রসায়ন, জীববিজ্ঞান এবং অন্যান্য)? (আমি গণনা উপকরণ বিজ্ঞান করা হবে।)

16 computational-chemistry  education